هذا هو الأمر dcmstack الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
dcmstack - محول DICOM إلى NIfTI
الوصف
الاستخدام: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]
[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--ناقل-فار VECTOR_VAR] [--ترتيب الوقت TIME_ORDER] [--ترتيب المتجهات VECTOR_ORDER]
[-l] [--تعطيل المترجم DISABLE_TRANSLATOR] [--استخراج خاص] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--التعبيرات الافتراضية] [-v] [--صارم] [--إصدار]
[src_dirs [src_dirs ...]]
قم بتجميع ملفات DICOM من كل دليل مصدر في مجلدات ثنائية إلى خماسية الأبعاد، مع إمكانية استخراجها بشكل اختياري
البيانات الوصفية.
الموضعية الحجج:
src_dirs
الدلائل المصدر التي تحتوي على ملفات DICOM.
اختياري الحجج:
-h, --مساعدة
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج
إدخال الخيارات:
- فرض القراءة
حاول قراءة جميع الملفات بتنسيق DICOM، حتى لو كانت تفتقد المقدمة.
--ملف تحويلة FILE_EXT
حاول فقط قراءة الملفات ذات الامتداد المحدد. الافتراضي: .dcm
--السماح للدمى
السماح لملفات DICOM التي تفتقد بيانات البكسل، بملء تلك الشريحة من المخرجات
nifti بأقصى قيمة قابلة للتمثيل.
الناتج الخيارات:
- ديست دير DEST_DIR
دليل الوجهة، الافتراضي هو الدليل المصدر.
-o OUTPUT_NAME، - اسم الإخراج OUTPUT_NAME
تحدد سلسلة تنسيق Python أسماء ملفات الإخراج بناءً على علامات DICOM.
--output-ext OUTPUT_EXT
الامتداد لنوع ملف الإخراج. الافتراضي: .nii.gz
-d, - تفريغ ميتا
قم بتفريغ بيانات التعريف المستخرجة في ملف JSON بنفس الاسم الأساسي لملف
ولدت نيفتي
--embed-meta
قم بتضمين بيانات التعريف المستخرجة في ملحق رأس Nifti (بتنسيق JSON).
التراص خيارات:
-g مجموعة من، --مجموعة من مجموعة من
قائمة مفصولة بفواصل لمفاتيح بيانات التعريف لتجميع ملفات الإدخال في مكدسات.
--voxel-order VOXEL_ORDER
ترتيب voxels بحيث تبدأ المؤشرات المكانية من هذه الاتجاهات في المريض
فضاء. ينبغي إعطاء التوجيهات في مساحة المريض كرمز مكون من ثلاثة أحرف:
(ل) يسار، (ص) يمين، (أ) داخلي، (ع) خلفي، (ق) علوي، (ط) أدنى. تمرير فارغة
سيتم تعطيل إعادة التوجيه. الافتراضي: جامعة الدول العربية
-t TIME_VAR، --time-var TIME_VAR
الكلمة الأساسية لعنصر DICOM التي سيتم استخدامها لترتيب المكدس على طول البعد الزمني.
--vector-var VECTOR_VAR
الكلمة الأساسية لعنصر DICOM المطلوب استخدامها لترتيب المكدس على طول البعد المتجه.
--الترتيب الزمني TIME_ORDER
قم بتوفير ملف نصي بالترتيب المطلوب لقيم (واحدة لكل سطر) للملف
السمة المستخدمة كمتغير الوقت. نادرا ما تكون هناك حاجة لهذا الخيار.
--ناقل النظام VECTOR_ORDER
قم بتوفير ملف نصي بالترتيب المطلوب لقيم (واحدة لكل سطر) للملف
السمة المستخدمة كمتغير المتجه. نادرا ما تكون هناك حاجة لهذا الخيار.
مييتااا استخلاص و تصفية خيارات:
-l, --قائمة المترجمين
قائمة المترجمين تمكين والخروج
--تعطيل المترجم تعطيل_المترجم
قم بتعطيل المترجمين للعلامات المتوفرة. يجب أن تعطى العلامات في الشكل
"0x0_0x0". يمكن إعطاء أكثر من واحد في قائمة مفصولة بفواصل. إذا كانت كلمة "كل"
يتم توفيره، سيتم تعطيل جميع المترجمين.
--استخراج خاص
استخراج البيانات الوصفية من العناصر الخاصة، حتى لو لم يكن هناك مترجم. إذا
تحتوي قيمة العنصر على بايتات غير ascii وسيظل يتم تجاهلها. ال
ربما لا يزال من الممكن تصفية البيانات التعريفية المستخرجة بواسطة التعبيرات العادية.
-i INCLUDE_REGEX، - بما في ذلك regex INCLUDE_REGEX
قم بتضمين أي بيانات وصفية حيث يتطابق المفتاح مع التعبير العادي المقدم. هذا
سوف يتجاوز أي استبعاد التعبيرات. ينطبق على كافة البيانات التعريفية.
-e EXCLUDE_REGEX، --استبعاد regex EXCLUDE_REGEX
استبعد أي بيانات وصفية حيث يتطابق المفتاح مع التعبير العادي المقدم. هذا
سوف يكمل تعبيرات الاستبعاد الافتراضية. ينطبق على كافة البيانات التعريفية.
--default-regexes
اطبع قائمة التضمين والاستبعاد الافتراضية للتعبيرات العادية والخروج.
العلاجات العامة خيارات:
-v, - الإسراف
اطبع معلومات إضافية.
--صارم
فشل في الاستثناء الأول بدلاً من إظهار تحذير.
--الإصدار
إظهار الإصدار والخروج.
تقع على عاتقك مسؤولية معرفة ما إذا كانت هناك معلومات صحية خاصة في البيانات الوصفية
المستخرجة من هذا البرنامج.
استخدم dcmstack عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
