fasttree - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

fasttree - إنشاء أشجار النشوء والتطور من محاذاة النوكليوتيدات أو تسلسل البروتين

الوصف

يستنتج fasttree أشجار النشوء والتطور ذات الاحتمالية القصوى تقريبًا من محاذاة
متواليات النوكليوتيدات أو البروتين. إنه يتعامل مع المحاذاة مع ما يصل إلى مليون تسلسل
في قدر معقول من الوقت والذاكرة.

Fasttree أكثر دقة من PhyML 3 مع الإعدادات الافتراضية ، وأكثر دقة من
طرق مصفوفة المسافات التي تُستخدم تقليديًا للمحاذاة الكبيرة. فاستتري
يستخدم Jukes-Cantor أو النماذج المعممة القابلة للانعكاس الزمني (GTR) لتطور النوكليوتيدات
ونموذج JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) لتطور الأحماض الأمينية. لحساب
متفاوتة معدلات التطور عبر المواقع ، فاستتري يستخدم معدل واحد لكل موقع (
تقريب "CAT"). لتقدير موثوقية كل انقسام في الشجرة بسرعة ،
يحسب fasttree قيم الدعم المحلية باستخدام اختبار Shimodaira-Hasegawa (هذه هي
مثل "الدعامات المحلية المشابهة لـ SH" الخاصة بـ PhyML 3).

موجز

فاستتري محاذاة البروتين > شجرة

فاستتري -لا nucleotide_alignment> شجرة

فاستتري -لا -Gtr شجرة <nucleotide_alignment>

يقبل fasttree المحاذاة بتنسيقات fasta أو phylip interleaved

مشترك الخيارات (يجب be قبل القادم اكتساب ملف):
-هادئ لمنع الإبلاغ عن المعلومات

-نوبر لقمع مؤشر التقدم

-سجل ملف تسجيل -- حفظ الأشجار الوسيطة والإعدادات وتفاصيل النموذج

-أسرع -- تسريع مرحلة انضمام الجار وتقليل استخدام الذاكرة

(موصى به لـ> 50,000 تسلسل)

-n لتحليل محاذاة متعددة (تنسيق phylip فقط)

(استخدم للتمهيد العالمي ، مع seqboot و CompareToBootstrap.pl)

-لا دعم لعدم حساب قيم الدعم

-شجرة newick_file لتعيين شجرة (شجرات) البداية

- الشجرة 1 newick_file لاستخدام شجرة البداية هذه لجميع المحاذاة

(للحصول على تمهيد عالمي أسرع على محاذاة ضخمة)

-مستعار لاستخدام الأعداد الزائفة (موصى به للتسلسلات ذات الفراغات العالية)

-Gtr -- نموذج عام قابل للعكس (محاذاة النوكليوتيدات فقط)

-هز -- نموذج Whelan-And-Goldman 2001 (محاذاة الأحماض الأمينية فقط)

-اقتبس -- السماح بالمسافات والأحرف المقيدة الأخرى (لكن ليس الأحرف) في

أسماء التسلسل وأسماء الاقتباس في شجرة الإخراج (إدخال fasta فقط ؛ fasttree سوف
لن تكون قادرًا على قراءة هذه الأشجار مرة أخرى

-نومل لإيقاف تشغيل أقصى احتمال

-Nome لإيقاف تشغيل NNIs و SPRs ذات الحد الأدنى من التطور

(يوصى به في حالة تشغيل ML NNIs إضافية مع -شجرة)

-Nome -ملن مع -شجرة لتحسين أطوال الفروع لطوبولوجيا ثابتة

-قط # لتحديد عدد فئات معدل المواقع (الافتراضي 20)

or -نوكات لاستخدام معدلات ثابتة

-جمّا -- بعد تحسين الشجرة وفقًا لتقريب CAT ،

إعادة قياس الأطوال لتحسين احتمالية Gamma20

-القيود قيود على محاذاة لتقييد بحث الهيكل

يجب أن تحتوي المحاذاة على 1s أو 0s للإشارة إلى الانقسامات

-خبير -- رؤية المزيد من الخيارات

مفصل استعمال لـ فاستتري 2.1.4 SSE3:
fasttree [-nt] [-n 100] [-اقتباس] [-pseudo | -مستعار 1.0]

[-التمهيد 1000 | -لا دعم] [- بدء_شجرة_ملف_شجرة | - الشجرة 1
start_tree_file] [-هادئ | -نوبر] [-nni 10] [-spr 2] [-noml | -ملن | -ملني
10] [-ملاك 2] [-قطة 20 | -نوكات] [-جاما] [-بطيئة | -أسرع] [-2 | -الثاني]
[-slownni] [-بذور 1253] [-أعلى | -لا أعلى] [-القمة 1.0 [-الإغلاق 0.75] [-التحديث 0.8]]
[-مصفوفة مصفوفة | -نوماتريكس] [-نج | -بيونج] [-wag] [-nt] [-gtr] [-gtrrates ac ag at
cg ct gt] [-gtrfreq ACGT] [ -القيود القيد المحاذاة [ الوزن
100.0]] [-ملف سجل]

[ملف_المحاذاة]

> newick_tree

or

fasttree [-nt] [-مصفوفة مصفوفة | -نوماتريكس] [-الفنان] -ماكيماتريكس [انتقام]

[-n 100]> phylip_distance_matrix

fasttree يدعم محاذاة fasta أو phylip معشق بشكل افتراضي fasttree
تتوقع محاذاة البروتين والاستخدام -لا للنيوكليوتيدات يقرأ fasttree المدخلات القياسية
إذا لم يتم تقديم ملف محاذاة

الإدخال / الإخراج الخيارات:
-n -- قراءة في محاذاة متعددة في. هذا فقط

يعمل مع تنسيق phylip معشق. على سبيل المثال ، يمكنك استخدامه مع الإخراج
من seqboot phylip. كما ترى -n، ستكتب Fasttree شجرة واحدة لكل سطر
الإخراج القياسي.

-شجرة newickfile -- قراءة شجرة البداية من newickfile.

يتم تجاهل أي أطوال فرع في بداية الأشجار.

-شجرة مع -n سيقرأ شجرة انطلاق منفصلة لكل محاذاة.

- الشجرة 1 newickfile -- اقرأ نفس شجرة البداية لكل محاذاة

-هادئ -- لا تكتب إلى الخطأ القياسي أثناء التشغيل العادي (لا يوجد تقدم

مؤشر ، لا يوجد ملخص خيارات ، لا توجد قيم احتمالية ، إلخ.)

-نوبر -- لا تكتب مؤشر التقدم إلى stderr

-سجل ملف تسجيل -- حفظ الأشجار الوسيطة حتى تتمكن من استخراجها

الأشجار وإعادة تشغيل الوظائف طويلة الأمد إذا تحطمت -سجل تقارير أيضا
الأسعار لكل موقع (1 يعني أبطأ فئة)

-اقتبس -- اقتباس أسماء تسلسل في الإخراج والسماح بمسافات وفواصل ،

الأقواس والنقطتان بداخلهما ولكن ليس الأحرف (ملفات فاستا فقط)

مسافات:
الافتراضي: لتسلسل البروتين ، والمسافات المصححة بسجل و

مصفوفة اختلاف الأحماض الأمينية المشتقة من BLOSUM45

أو لتسلسل النوكليوتيدات ، مسافات جوكس كانتور لتحديد مصفوفة مختلفة ،
تستخدم -مصفوفة FilePrefix أو -نوماتريكس استعمل -فراق لإيقاف تشغيل تصحيح السجل أو
لاستخدام٪ مختلف بدلاً من Jukes-Cantor

-مستعار [وزن] -- استخدم العد الكاذب لتقدير المسافات بين

متواليات مع تداخل ضئيل أو بدون تداخل. (إيقاف افتراضيًا.) يوصى به في حالة تحليل ملف
المحاذاة لها تسلسلات مع تداخل قليل أو بدون تداخل. إذا لم يتم تحديد الوزن ،
إنه 1.0

طبيعة الكابل التنقيح:
بشكل افتراضي ، يحاول fasttree تحسين الشجرة بما يصل إلى 4 * جولات من log2 (N)
الحد الأدنى للتطور أقرب تقاطعات الجوار (NNI) ، حيث N هو عدد
تسلسل فريد من نوعه ، جولتان من حركات تقليم الشجرة الفرعية (SPR) (أيضًا min. evo.) ،
وما يصل إلى 2 * جولات تسجيل (N) من NNIs ذات الاحتمالية القصوى. يستخدم -ني لتعيين الرقم
من جولات دقيقة. ايفو. NNIs و -spr لتعيين جولات SPRs. يستخدم -نومل للإلتفاف
قبالة كل من NNIs و SPRs min-evo (مفيد في حالة التنقية

شجرة احتمالية قصوى تقريبًا مع مزيد من NNI)

استعمل الطول تعيين الحد الأقصى لطول حركة SPR (الافتراضي 10) استخدم -ملني لتعيين
عدد جولات استخدام NNIs ذات الاحتمالية القصوى -ملاك 2 أو -ملاك 3 دائما
تحسين جميع الفروع الخمسة في كل NNI ،

ولتحسين جميع الفروع الخمسة في جولتين أو ثلاث جولات

استعمل -ملن لتحسين أطوال الفروع دون استخدام ML NNIs -ملن -Nome مع -شجرة
لتحسين أطوال الفروع باستخدام طبولوجيا ثابتة -سلوني لإيقاف الاستدلال
لتجنب الأشجار الفرعية الثابتة (يؤثر على كليهما

ML و ME NNIs)

أقصى أرجحية نموذج الخيارات:
-هز -- نموذج Whelan-And-Goldman 2001 بدلاً من نموذج Jones-Taylor-Thorton 1992 (الافتراضي)
(أأ فقط)

-Gtr -- معمم يمكن عكسه بدلاً من (افتراضي) جوكس كانتور (NT فقط)

-قط # -- تحديد عدد فئات الأسعار للمواقع (الافتراضي 20)

-نوكات -- لا يوجد نموذج CAT (فئة واحدة فقط)

-جمّا -- بعد الجولة الأخيرة من تحسين أطوال الفروع باستخدام نموذج CAT ،

الإبلاغ عن الاحتمالية بموجب نموذج جاما المنفصل بنفس العدد من
فئات. يستخدم fasttree نفس أطوال الفروع ولكنه يحسن شكل جاما
المعلمة ومقياس الأطوال. سيكون للشجرة النهائية أطوال متغيرة.
يستعمل مع -سجل، هذا أيضًا يولد احتمالات لكل موقع للاستخدام مع CONSEL ، انظر
GammaLogToPaup.pl والتوثيق على موقع الويب fasttree.

الدعم قيمنا الخيارات:
بشكل افتراضي ، يحسب Fasttree قيم الدعم المحلي عن طريق إعادة تشكيل الموقع
احتمالية 1,000 مرة واختبار شيمودايرا هاسيغاوا. إذا حددت -Nome، فإنه
سوف يحسب الحد الأدنى من التطور الذي يدعمه bootstrap بدلاً من ذلك في كلتا الحالتين ، فإن
قيم الدعم هي نسب تتراوح من 0 إلى 1

استعمل -لا دعم لإيقاف قيم الدعم أو -حذاء طويل 100 لاستخدام 100 عينة فقط
استعمل -بذرة لتهيئة مولد الأرقام العشوائية

البحث لـ القادم أفضل انضم:
بشكل افتراضي ، تجمع fasttree بين "المجموعة المرئية" للانضمام السريع للجوار مع

تسلق التل المحلي كما هو الحال في الانضمام إلى الجار المريح

-بطيء -- بحث شامل (مثل NJ أو BIONJ ، لكن معالجة فجوات مختلفة)

-بطيء يستغرق نصف ساعة بدلاً من 8 ثوانٍ لـ 1,250 بروتينًا

-أسرع -- ابحث في المجموعة المرئية (أعلى نتيجة لكل عقدة) فقط

على عكس الانضمام السريع إلى الجار الأصلي ، -أسرع التحديثات مرئية (C) بعد
الانضمام A و B إذا كان الانضمام (AB ، C) أفضل من الانضمام (C ، مرئي (C)) -أسرع أيضا
يقوم بتحديث المسافات البعيدة بطريقة كسولة للغاية ، -أسرع اطقم كامله -2 على كذلك ، استخدم
-أسرع -No2nd لتجنب هذا

كبار ضرب الاستدلال:
بشكل افتراضي ، يستخدم fasttree قائمة أفضل النتائج لتسريع استخدام البحث -لا أعلى (أو -بطيء)
لإيقاف تشغيل هذه الميزة

ومقارنة جميع الأوراق ببعضها البعض ، وجميع العقد المرتبطة الجديدة ببعضها البعض

- توبم 1.0 -- اضبط حجم قائمة أعلى النتائج على المعلمة * sqrt (N)

يقدر fasttree الضربات الأعلى م من ورقة من أعلى 2 * م يضرب "قريب"
الجار ، حيث يتم تعريف القرب على أنه d (بذرة ، قريبة) <0.75 * د (بذرة ، ضرب من رتبة
2 * م) ، ويقوم بتحديث أفضل الأغاني مع استمرار عمليات الانضمام

-أغلق 0.75 -- تعديل الكشف عن مجريات الأمور القريبة ، والأقل تحفظًا

- تحديث 0.8 -- قارن عقدة مرتبطة بجميع العقد الأخرى إذا كانت

تكون قائمة أفضل النتائج أقل من 80٪ من الطول المطلوب ، أو إذا كان عمر صاحب أعلى نتيجة
القائمة log2(م) أو أكبر

-2 or -No2nd لتشغيل إرشادات المستوى الثاني من أفضل النتائج أو إيقاف تشغيلها

هذا يقلل من استخدام الذاكرة ووقت التشغيل ولكنه قد يؤدي إلى تخفيضات هامشية في
جودة الشجرة. (بشكل افتراضي، -أسرع يشغل -2.)

انضم إلى أكثر من الخيارات:
-نيجى: عادي (غير مرجح) ربط الجوار (افتراضي)

-بيونج: صلات مرجحة كما في BIONJ

Fasttree سوف ينضم أيضًا إلى الوزن أثناء NNIs

مقيدة طوبولوجيا يبحث الخيارات:
-القيود ملف المحاذاة -- محاذاة بقيم 0 و 1 و -

لا يلزم وجود جميع التسلسلات. عمود من 0 و 1 يحدد مقيد
الانقسام. قد يتم انتهاك بعض القيود (انظر "انتهاك القيود:" في المعيار
خطأ).

الوزن -- مدى قوة وزن القيود. قيمة 1

يعني عقوبة قدرها 1 في طول الشجرة لانتهاك أحد القيود الافتراضي: 100.0

لمزيد من المعلومات، راجع http://www.microbesonline.org/fasttree/

أو التعليقات في التعليمات البرمجية المصدر

fasttree protein_alignment> شجرة fasttree -لا nucleotide_alignment> شجرة Fasttree
-لا -Gtr شجرة <nucleotide_alignment>

يقبل fasttree المحاذاة بتنسيقات fasta أو phylip interleaved

مشترك الخيارات (يجب be قبل القادم اكتساب ملف):
-هادئ لمنع الإبلاغ عن المعلومات

-نوبر لقمع مؤشر التقدم

-سجل ملف تسجيل -- حفظ الأشجار الوسيطة والإعدادات وتفاصيل النموذج

-أسرع -- تسريع مرحلة انضمام الجار وتقليل استخدام الذاكرة

(موصى به لـ> 50,000 تسلسل)

-n لتحليل محاذاة متعددة (تنسيق phylip فقط)

(استخدم للتمهيد العالمي ، مع seqboot و CompareToBootstrap.pl)

-لا دعم لعدم حساب قيم الدعم

-شجرة newick_file لتعيين شجرة (شجرات) البداية

- الشجرة 1 newick_file لاستخدام شجرة البداية هذه لجميع المحاذاة

(للحصول على تمهيد عالمي أسرع على محاذاة ضخمة)

-مستعار لاستخدام الأعداد الزائفة (موصى به للتسلسلات ذات الفراغات العالية)

-Gtr -- نموذج عام قابل للعكس (محاذاة النوكليوتيدات فقط)

-هز -- نموذج Whelan-And-Goldman 2001 (محاذاة الأحماض الأمينية فقط)

-اقتبس -- السماح بالمسافات والأحرف المقيدة الأخرى (لكن ليس الأحرف) في

أسماء التسلسل وأسماء الاقتباس في شجرة الإخراج (إدخال fasta فقط ؛ fasttree سوف
لن تكون قادرًا على قراءة هذه الأشجار مرة أخرى

-نومل لإيقاف تشغيل أقصى احتمال

-Nome لإيقاف تشغيل NNIs و SPRs ذات الحد الأدنى من التطور

(يوصى به في حالة تشغيل ML NNIs إضافية مع -شجرة)

-Nome -ملن مع -شجرة لتحسين أطوال الفروع لطوبولوجيا ثابتة

-قط # لتحديد عدد فئات معدل المواقع (الافتراضي 20)

or -نوكات لاستخدام معدلات ثابتة

-جمّا -- بعد تحسين الشجرة وفقًا لتقريب CAT ،

إعادة قياس الأطوال لتحسين احتمالية Gamma20

-القيود قيود على محاذاة لتقييد بحث الهيكل

يجب أن تحتوي المحاذاة على 1s أو 0s للإشارة إلى الانقسامات

-خبير -- رؤية المزيد من الخيارات

لمزيد من المعلومات، راجع http://www.microbesonline.org/fasttree/

استخدم Fasttree عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net