هذا هو أمر gaeval الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gaeval - حساب درجات التغطية و intergrity للنماذج الجينية بناءً على النص
المحاذاة
موجز
جايفال [الخيارات] محاذاة. gff3 الجينات. gff3 [moregenes.gff3 ...]
الوصف
الخيارات الأساسية:
-h| --مساعدة
اطبع رسالة المساعدة هذه واخرج
-v| - الإصدار
طباعة رقم النسخة والخروج
أوزان حساب درجة النزاهة (يجب أن يكون مجموعها 1.0):
-a| --الفا: مزدوج
أكدت إنترونات ، أو٪ طول CDS المتوقع للجينات أحادية exon ؛ الافتراضي هو 0.6
-b| --بيتا: مزدوج
تغطية إكسون الافتراضي هو 0.3
-g| --غاما: مزدوج
توقعت٪ 5 طول UTR ؛ الافتراضي هو 0.05
-e| --بسيلون: مزدوج
توقعت٪ 3 طول UTR ؛ الافتراضي هو 0.05
أطوال الميزة المتوقعة لحساب درجة النزاهة:
-c| --exp-cds: INT
طول CDS المتوقع (بي بي) ؛ الافتراضي هو 400
-5| --exp-5putr: INT
المتوقع 5 'طول UTR ؛ الافتراضي هو 200
-3| --exp-3putr: INT
المتوقع 3 'طول UTR ؛ الافتراضي هو 100
استخدم gaeval عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net