هذا هو الأمر genome-music-bmr-calc-covg-helperp الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
موسيقى الجينوم bmr calc-covg-helper - يستخدم calcRoiCovg.c لحساب القواعد المغطاة لكل جين
زوج من الورم الطبيعي من BAMs.
VERSION
تصف هذه الوثيقة موسيقى الجينوم bmr calc-covg-helper الإصدار 0.04 (2016/01/01 في
23: 10: 18)
موجز
موسيقى الجينوم bmr calc-covg-helper --roi-file=? --التسلسل المرجعي=؟
- زوج-ورم-بام-طبيعي =؟ [--output-file =؟] [--output-dir =؟] [--normal-min-deep =؟]
[- tumor-min-deep =؟] [--min-mapq =؟]
الاستخدام العام:
... موسيقى bmr calc-covg-helper \
--normal-tumor-bam-pair "مسار اسم العينة / إلى / مسار _bam العادي / إلى / tumor_bam" \
- إدخال تسلسل المرجع / all_sequences.fa \
- إخراج ملف - ملف الإخراج \
--roi-file input_dir / all_coding_exons.tsv
مطلوبة الحجج
roi- ملف نص
قائمة محددة بعلامات جدولة لعائدات الاستثمار [chr start stop gene_name] (انظر الوصف)
التسلسل المرجعي نص
المسار إلى التسلسل المرجعي بتنسيق FASTA
زوج عادي ورم بام نص
سطر محدد بعلامات جدولة مع اسم العينة والمسار إلى ملف bam العادي والمسار إلى بوم الورم
ملف (انظر الوصف)
اختياري الحجج
ملف إلاخراج نص
مسار ملف الإخراج. حدد إما ملف الإخراج أو دليل الإخراج.
الإخراج- دير نص
مسار دليل الإخراج. حدد إما ملف الإخراج أو دليل الإخراج
عادي دقيقة العمق عدد صحيح
الحد الأدنى لعمق القراءة لاعتبار قاعدة BAM العادية مغطاة
القيمة الافتراضية '6' إذا لم يتم تحديدها
ورم-مين-عمق عدد صحيح
الحد الأدنى لعمق القراءة لاعتبار قاعدة Tumor BAM مغطاة
القيمة الافتراضية '8' إذا لم يتم تحديدها
مين خريطة عدد صحيح
الحد الأدنى من جودة تعيين القراءات التي يجب مراعاتها في حساب عمق القراءة
القيمة الافتراضية '20' إذا لم يتم تحديدها
الوصف
يحسب هذا البرنامج النصي القواعد مع التغطية الكافية في ROIs لكل جين في المعطى
زوج من ملفات BAM الطبيعي للورم ويصنفها إلى - AT و CG (غير CpG) و CpG
العد. كما أنه يضيف هذه الأعداد الأساسية عبر جميع عوائد الاستثمار لكل جين في العينة ، ولكن
لا يتم احتساب القواعد المغطاة التي تقع ضمن عائد الاستثمار المتداخلة أكثر من مرة تجاهها
مجموع هذه التهم.
الحجج
- ملف-roi
عادةً ما تكون مناطق الاهتمام (ROIs) لكل جين هي المناطق المستهدفة
التسلسل أو دمج مواقع exon (من نصوص متعددة) للجينات ذات 2-bp
الأجنحة (تقاطعات لصق). يجب أن يتم سرد ROIs من نفس الكروموسوم بجوار
بعضها البعض في هذا الملف. يسمح هذا للكود الأساسي المستند إلى C بتشغيل أكثر من ذلك بكثير
بكفاءة وتجنب إعادة حساب القواعد التي شوهدت في تداخل عائد الاستثمار (للتغطية الشاملة
التهم الأساسية). بالنسبة للعدد الأساسي لكل جين ، سيتم حساب قاعدة متداخلة في كل مرة
يظهر في عائد الاستثمار لنفس الجين. لتجنب ذلك ، تأكد من الدمج معًا
تداخل عائد الاستثمار لنفس الجين. يمكن أن يساعد MergeBed BEDtools إذا تم استخدامه لكل جين.
- تسلسل المرجع
التسلسل المرجعي بتنسيق FASTA. إذا لم يتم العثور على فهرس التسلسل المرجعي
بجانب هذا الملف (ملف .fai) ، سيتم إنشاؤه.
- زوج الورم بام الطبيعي
"مسار اسم العينة / إلى مسار _bam / إلى / tumor_bam"
--ملف إلاخراج
حدد ملف الإخراج حيث سيتم كتابة الأعداد الأساسية المغطاة لكل عائد استثمار
استخدم genome-music-bmr-calc-covg-helperp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
