هذا هو الأمر genome-music-bmr-calc-wig-covgp الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
موسيقى الجينوم bmr calc-wig-covg - عد القواعد المغطاة لكل جين لكل مسار تذبذب معين
تنسيق الملف.
VERSION
يصف هذا المستند موسيقى الجينوم bmr calc-wig-covg الإصدار 0.04 (2016-01-01 at
23: 10: 18)
موجز
موسيقى الجينوم bmr calc-wig-covg -roi-file =؟ - تسلسل المرجع =؟ - قائمة شعر مستعار =؟
- إخراج- دير =؟
الاستخدام العام:
... موسيقى bmr calc-wig-covg \
- wig-list input_dir / wig_list \
- إخراج- دير output_dir / \
- إدخال تسلسل المرجع / all_sequences.fa \
--roi-file input_dir / all_coding_exons.tsv
مطلوبة الحجج
roi- ملف نص
قائمة بـ ROIs محددة بعلامات جدولة [chr start stop gene_name] (انظر الوصف)
التسلسل المرجعي نص
المسار إلى التسلسل المرجعي بتنسيق FASTA
قائمة شعر مستعار نص
قائمة محددة بعلامات جدولة لملفات WIG [sample_name wig_file] (انظر الوصف)
الإخراج- دير نص
الدليل حيث سيتم كتابة ملفات الإخراج والأدلة الفرعية
الوصف
يحسب هذا البرنامج النصي القواعد مع تغطية كافية في ROIs لكل جين من معين
تذبذب ملفات تنسيق المسار ، ويصنفها إلى - AT و CG (غير CpG) و CpG.
كما أنها تجمع هذه الأعداد الأساسية عبر جميع عوائد الاستثمار لكل جين لكل عينة ، ولكن
لا يتم احتساب القواعد المغطاة التي تقع ضمن عائد الاستثمار المتداخلة أكثر من مرة تجاهها
مجموع هذه التهم.
الحجج
- ملف-roi
عادةً ما تكون مناطق الاهتمام (ROIs) لكل جين هي المناطق المستهدفة
التسلسل أو دمج مواقع exon (من نصوص متعددة) للجينات ذات 2-bp
الأجنحة (تقاطعات لصق). بالنسبة لتعداد القاعدة لكل جين ، ستكون القاعدة المتداخلة
تحسب في كل مرة تظهر في عائد استثمار لنفس الجين. لتجنب هذا ، تأكد من
دمج عائدات الاستثمار المتداخلة من نفس الجين معًا. يمكن أن يساعدك mergeBed BEDtools إذا تم استخدامه
لكل جين.
- تسلسل المرجع
التسلسل المرجعي بتنسيق FASTA. إذا لم يتم العثور على فهرس التسلسل المرجعي
بجانب هذا الملف (ملف .fai) ، سيتم إنشاؤه.
- قائمة شعر مستعار
قدّم ملفًا يحتوي على نماذج من الأسماء ومواقع ملفات تنسيق المسار المتذبذب لـ
كل. استخدم التنسيق المحدد بعلامات جدولة [sample_name wig_file] لكل سطر. أعمدة إضافية
مثل البيانات السريرية مسموح بها ، ولكن يتم تجاهلها. يجب أن يكون sample_name هو نفسه ملف
أسماء عينات الورم المستخدمة في ملف MAF (العمود السادس عشر ، مع الرأس
Tumor_Sample_Barcode).
- إخراج دير
حدد دليل الإخراج حيث سيتم إنشاء / كتابة ما يلي: roi_covgs:
دليل فرعي يحتوي على التهم الأساسية لكل عائد استثمار مغطاة لكل عينة. gene_covgs:
دليل فرعي يحتوي على التهم الأساسية المغطاة لكل جين لكل عينة. إجمالي_حجم الإنتاج:
ملف يحتوي على التغطيات الشاملة غير المتداخلة لكل عينة.
استخدم genome-music-bmr-calc-wig-covgp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
