هذا هو الأمر geom الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
geom - يحلل مدخلات الهندسة الجزيئية في الإحداثيات الديكارتية.
الوصف
البرنامج Geom يقرأ مجموعة من الإحداثيات الديكارتية ويحدد منها الرابطة
المسافات (بوهر وأنجستروم) ، زوايا الرابطة ، زوايا الالتواء ، زوايا خارج الطائرة
(اختياري) ، لحظات القصور الذاتي ، وثوابت الدوران.
FILES مطلوبة
input.dat - ملف الإدخال
وواحد مما يلي:
geom.dat - ملف الهندسة
file11.dat - ملف هندسة / تدرج بتنسيق PSI
FILES ولدت
geom.out - ملف يحتوي على التحليل
INPUT OPTIONS
• Geom البرنامج يحتوي على الخيارات التالية:
-h طباعة معلومات التعليمات (هذه الخيارات).
الفراغات [اسم الملف]
اقرأ المدخلات بتنسيق إخراج ACES ، بحيث يتكون كل سطر من ذري
الرمز والرقم الذري والإحداثيات الديكارتية (في بوهر). الوسيطة الاختيارية
هو اسم ملف إدخال الهندسة ، والذي يتم تعيينه افتراضيًا على Geom.dat.
-قمشيم [اسم الملف]
اقرأ المدخلات بصيغة خرج QCHEM ، بحيث يتكون كل سطر من الذرة
الرقم والرمز الذري والإحداثيات الديكارتية (في أنجسترومس). الاختيارية
الوسيطة هي اسم ملف الإدخال الهندسي ، والذي يتم تعيينه افتراضيًا على Geom.dat.
-xyz [اسم الملف]
اقرأ الإدخال بتنسيق إخراج XYZ. السطر الأول يحتوي على عدد
ذرات والسطر الثاني عبارة عن سطر تعليق. تحتوي كل سطور لاحقة على الامتداد
الرمز الذري والإحداثيات الديكارتية XY و Z (في Angstroms). اختياري
الوسيطة هي اسم ملف الإدخال الهندسي ، والذي يتم تعيينه افتراضيًا على Geom.dat.
-وب اطبع زوايا خارج المستوى ، حيث يتم تعريف الزاوية abcd على أنها الزاوية المتكونة
بواسطة إعلان المتجه والمستوى المحدد بواسطة الذرات b و c و d.
افعل_OOP = منطقية
نفس حلقة تبديل سطر الأوامر الموصوفة أعلاه.
النظائر = البخور of ريالات / سلاسل
تستخدم لتحديد الكتل التي سيتم استخدامها في حساب مركز الكتلة و
ثوابت الدوران. يتم توفير مجموعة واحدة لكل متماثل ليتم حسابها.
يمكن للمصفوفات مزج أرقام الفاصلة العائمة مع السلاسل التي تحدد النظائر.
إذا لم يتم تقديم هذه المصفوفة وكان file11.dat موجودًا ، فستكون الجماهير
تم الحصول عليها عن طريق تحويل الأعداد الذرية في ملف 11. إذا لم يتم إعطاء الجماهير بواسطة
ISOTOPES أو file11 ، فلن يتم حساب الكميات المرتبطة بالكتلة.
-g [اسم الملف]
اقرأ الإحداثيات الديكارتية من ملف آخر غير file11.dat. إذا كان اسم الملف ليس كذلك
معطى ، الافتراضي هو geom.dat. من المفترض أن يكون الملف البديل بتنسيق
على غرار geom.dat الخاص بـ PSI. نظرًا لأن هذه الملفات لا تحتوي على أرقام ذرية ،
لم يتم حساب لحظات القصور الذاتي وثوابت الدوران إذا كان هذا الخيار
.
READ_GEOM = منطقية
يخبر هذا الخيار في input.dat Geom لقراءة الهندسة من geom.dat في PSI
تنسيق geom.dat.
-a معلمات الطباعة لجميع مسافات الزوج.
PRINT_ALL_DIST = منطقية
نفس العلم الموصوف أعلاه.
-d مسافة
فقط قم بطباعة المعلمات التي تتضمن أزواج من الذرات أقل من مسافة بور
بعيدًا (القيمة الافتراضية هي 4.0 بوهر).
PRINT_DISTANCE = قيمنا
نفس العلامة -d الموصوفة أعلاه.
-أنجستروم
إحداثيات الإدخال بالأنجستروم ، وليس بوهر.
أنجستروم = منطقية
If الحقيقة، إحداثيات الإدخال بالأنجستروم بدلاً من بوهر. الافتراضي هو
خاطئة.
المثال التالي لحساب المعلومات الهندسية للمياه باستخدام
عدة نظائر مختلفة. تتم قراءة الهندسة من geom.dat وليس من
file11.dat.
جيوم :(
read_geom = صحيح
النظائر = (
(أوهه)
(غريب)
(O18 1.007825 1.007825)
))
5 يونيو، 1998 Geom(1)
استخدم geom عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
