getcds.pl - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

getcds.pl - استخراج أقراص CDS من تنسيقات التعليقات التوضيحية المختلفة

موجز

getcds.pl [خيارات] ملف الإدخال [ملف الإخراج] [ملف الإدخال [ملف الإخراج] ...]

OPTIONS

خيارات تشمل ما يلي:
redirect => تمكين إعادة التوجيه في وقت التشغيل. موضح أدناه.
Force => يسمح لكتابة ملفات .cds فارغة

إذا كان [ملف الإخراج] غير محدد ، فسيتم استخدام "[ملف الإدخال] .cds".

هناك الكثير من السحر المظلم الذي يمكن إجراؤه باستخدام ملفات إعادة توجيه. يتم استخدام عمليات إعادة التوجيه
لتعديل السلوك العادي ويمكن تطبيقه على أساس عالمي (ملف إعادة توجيه بتنسيق
نفس الدليل مثل [ملف الإدخال]) ، و / أو على أساس كل إدخال ([ملف الإدخال]. إعادة التوجيه).
تتم قراءة عمليات إعادة التوجيه بهذا الترتيب بحيث يتم تطبيق تأثيرات كل إدخال على المستوى العام
الآثار.

إذا تركت اسم الملف كما هو من تحميل Ensembl ، فإن Ensembl DB المناسب
سيتم تخمين المصدر تلقائيًا.

عمليات إعادة التوجيه المحتملة:

CDS - يغير نوع العلامة التي يتم البحث عنها عند التشغيل على ملفات bioperl (الافتراضي هو CDS)
تعويض - أضف بعض القيمة إلى جميع الإحداثيات
+ bioperl - بالإضافة إلى أي بيانات أخرى قائمة على إعادة التوجيه ، يمكنك أيضًا استخراج التعليقات التوضيحية عبر bioperl
(باستخدام مباشر يعطل محلل bioperl افتراضيًا)
ensembl_build - الحصول على البيانات من المجموعة (في المخطط المحدد)
ucsc_build - الحصول على البيانات من (في المخطط المحدد)
murasaki_synth - تجميع بيانات التعليقات التوضيحية لكل نقطة ارتساء من المحاذاة (إذا كان هذا
دليل ، ثم يتم فحص كل ملف إدخال (على سبيل المثال input.lav) بحثًا عن ملف .anchors مطابق
ملف (على سبيل المثال المدخلات.
أساسي - ما هو نوع العلامات المراد إنشاؤها من البيانات التي تم جمعها من البيانات الخارجية (على سبيل المثال:
ensembl أو ucsc أو murasaki). الافتراضي هو نفس إعادة توجيه الأقراص المدمجة.
الكروموسوم - يفرض كروموسومًا محددًا بدلاً من الاشتقاق من اسم الملف
gtf - استخراج التعليق التوضيحي من ملف .gtf

استخدم getcds.pl عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net