gff2aplot - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

؛ gff2aplot - تحويل ملفات GFF للمحاذاة الزوجية إلى PostScript.

موجز

gff2aplot [خيارات]

الوصف

توثق صفحة الدليل هذه بإيجاز ملف gff2aplot أمر.

gff2aplot هو برنامج يرسم مخططات محاذاة مليئة بالألوان من ملفات GFF لذلك
محاذاة واثنين من الشروح المتتالية.

OPTIONS

تشير الشرطة المزدوجة على نفسها "-" إلى نهاية الخيارات وبداية أسماء الملفات (if
حاضر). يمكنك استخدام شرطة واحدة "-" كعنصر نائب STDIN. الخيارات المتاحة و
وصف قصير مدرج هنا:

-ح ، --مساعدة
إظهار ملخص الخيارات.

--الإصدار
يظهر الإصدار الحالي والمخارج.

-الخامس، - الإسراف
وضع Verbose ، يتم إرسال تقرير كامل إلى الخطأ القياسي (يتم تعيين الإعداد الافتراضي على العرض
فقط تحذيرات).

-الخامس، --logs-filename
يتم كتابة التقرير في ملف السجل.

-q ، --هادئ
الوضع الصامت ، لا تظهر أي رسالة / تحذير للخطأ القياسي (الإبلاغ فقط
أخطاء).

-p ، --مقاس الصفحه
تعيين حجم الصفحة بين تلك المحددة مسبقًا انظر أدناه للحصول على قائمة بالصفحات المتاحة
الأشكال).

- هامش اليسار

- الهامش الأيمن

- الهامش العلوي

- الهامش السفلي
تعيين هامش كل صفحة إلى . إذا لم يتم توفير وحدات ، يتم افتراض النقاط ،
يمكنك استخدام النقاط أو المليمترات أو السنتيمترات أو البوصات (نقطة ، مم ، سم أو بوصة ،
على التوالي).

-ب، --لون الخلفية
لون الخلفية.

-F، - لون المقدمة
لون المقدمة.

-T ، --لقب
تعريف عنوان قطعة الأرض.

-t ، - عنوان فرعي
تعريف العنوان الفرعي للحبكة.

-X ، --x- التسمية
تحديد تسمية المحور س.

- ص ، --y- التسمية
تحديد تسمية المحور ص.

-L ، - نسبة مربع التسمية
تحديد تسمية مربع النسبة المئوية.

-ل ، - تسمية مربع إضافي
تعريف تسمية الصندوق الإضافي.

-x ، - x- تسلسل الحبال

-س، - تسلسل البدء- x
يحدد تسلسل X النوكليوتيد الأول.

-E ، - نهاية- تسلسل
يحدد تسلسل X النوكليوتيد الأخير.

-ص ، - سلسلة- y- coords

-س، - تسلسل البدء ص
يضبط النوكليوتيدات الأولى على التسلسل Y.

-e، - نهاية- ص- التسلسل
يحدد تسلسل Y النوكليوتيد الأخير.

--x- تسلسل التكبير

- ص تسلسل التكبير

-Z ، --تكبير [ [-س ] [-E ] [-س ] [-ه ] ]
يعمل هذا الخيار على تكبير المنطقة التي حددتها بـ -S و -E و -s و -e (جميعها اختيارية).

-z ، - منطقة التكبير [ [-س ] [-E ] [-س ] [-ه ] ]
يحدد هذا الخيار منطقة تكبير / تصغير على قطعة الأرض الخاصة بك ، لكنه لا يعمل على تكبير / تصغير.

-أ، - اسم المحاذاة
تحديد المحاذاة التي سيتم رسمها إذا كان لديك أكثر من محاذاة
في مدخلات gff الخاصة بك.

-ن، --x- اسم التسلسل
تحديد التسلسل الذي سيتم رسمه على المحور السيني.

-ن، - اسم التسلسل
تحديد التسلسل الذي سيتم رسمه على المحور ص.

-r ، --aplot-xy-noteq
افتراضيًا ، يكون لمحور X و Y نفس الطول ، وهذا الخيار يعطل مثل هذا السلوك ، لذلك X
و Y سيكون للتسلسل أطوال محاور تتناسب مع أطوال النيوكليوتيدات.

-R ، - xy-axes-scale <X/Y نسبة>
يتيح هذا الخيار للفرد تعيين مقياس مختلف بين أطوال المحاور X و Y (بواسطة
الافتراضي هو "1"). القيم الأقل من 1 تجعل Y أكبر من X ، وتكون النتيجة أكبر من 1
الحصول على X أكبر من Y. # يجب شرحه بشكل أفضل.

-W ، - - مقياس - عرض
قياس نقاط العرض لخطوط Aplot.

-w ، --aln-scale-color
قياس النتيجة على لون خطوط Aplot.

-ك، - شرائط العرض
يجب أن تكون شرائط جميع الميزات على المحاور: (N) واحد ، (L) ines ، (R) شرائط ، (B) إلخ.

-G ، --اظهر الخطوط
تبديل "على" الشبكة (الافتراضي هو "إيقاف").

-g ، - إخفاء الشبكة
يقوم بإيقاف تشغيل الشبكة (إذا تم تشغيله من ملفات التخصيص).

-أنا، - إظهار-في المئة مربع
يقوم بتبديل مربع النسبة المئوية (الإعداد الافتراضي هو "إيقاف التشغيل").

-أنا، - إخفاء في المئة مربع
يقوم بإيقاف تشغيل مربع النسبة المئوية (إذا تم تعيينه على "تشغيل" في الملفات المخصصة).

-O ، - إظهار-صندوق إضافي
يقوم بتشغيل "صندوق إضافي" (الإعداد الافتراضي هو "إيقاف التشغيل").

-o ، - إخفاء صندوق إضافي
يقوم بإيقاف تشغيل "المربع الإضافي" (إذا تم ضبطه على "تشغيل" في الملفات المخصصة).

-د، - لون مربع آبل
لون خلفية المربع الرئيسي Aplot.

-د، - مربع اللون نسبة مئوية
لون خلفية مربع النسبة المئوية.

-ب، - مربع إضافي اللون
لون خلفية الصندوق الإضافي.

- تحذيرات
أوقف تشغيل التحذيرات التي قد تظهر في شكل PostScript النهائي عند تسلسل X ،
تسلسل Y و / أو بيانات إدخال المحاذاة مفقودة.

-a، - إخفاء-الاعتمادات
قم بإيقاف تشغيل سطر ائتمانات gff2aplot على قطعة الأرض.

--Debug
الإبلاغ عن محتويات متغيرة عند اختبار البرنامج. يتطلب ملف تقرير السجل هذا
تم تنشيط الخيار أيضًا.

--تخطيط- فار " "

- النتائج- فار " "

--source-var " "

--ستراند فار " "

- المجموعة فار " "

--ميزة فار " "
تحميل ميزة / مجموعة / حبلا / مصدر / تسلسل / متغير تخصيص التخطيط من
سطر الأوامر. يمكنك تعيين عدة متغيرات بتكرار أي من هذه الخيارات ،
بمعنى آخر:
... --feature-var 'cds :: feature_shape = box'
--feature-var 'cds :: feature_color = blue' ...

-C ، --اسم ملف مخصص
تحميل معلمات التخصيص من ملف معين (إذا كان افتراضيًا ".gff2aplotrc"
موجود قبله).

هذه هي الألوان المحددة في gff2aplot:
+ الألوان الافتراضية: أسود أبيض.
+ لوحة الألوان:
رمادي وردي أرجواني بنفسجي أزرق سماوي أزرق سماوي seagreen
أخضر ليمجرين أصفر برتقالي أحمر بني
يمكنك الحصول على ما يصل إلى تسعة ألوان من Variable Colors مع "verydeep" ،
البادئات "عميق" و "داكن جدًا" و "داكن" و "فاتح" و "فاتح جدًا" و "شاحب" و "باهت جدًا" ،
كمثال:
verydeepblue ، deepblue ، جداأزرق غامق ، أزرق غامق ، أزرق ، lightblue ، verylightblue ،
أزرق شاحب وأزرق جدًا.
+ ألوان ديناميكية: قوس قزح متدرج.

تتوفر أحجام الصفحات التالية: من A0 إلى A10 ، من B0 إلى B10 ، 10x14 ،
تنفيذي ، فوليو ، دفتر الأستاذ ، قانوني ، خطاب ، رباعي ، بيان وصحيفة تابلويد.

البيئة المتغيرات

هناك نوعان من المتغيرات البيئية التي يمكن للمستخدمين تعيينها لتفضيلاتهم:
+ يمكنك تحديد المسار حيث يمكن لـ gff2aplot العثور على الملفات الافتراضية مع shell
متغير "GFF2APLOT_CUSTOMPATH". القيمة الافتراضية هي المسار الذي تقوم بتشغيله
gff2aplot.
+ يمكنك أيضًا تحديد اسم الملف المخصص الافتراضي الذي تريده باستخدام المتغير
"GFF2APLOT_CUSTOMFILE" ، اسم البرنامج الافتراضي للملف المخصص هو ".gff2aplotrc".
+ الآن لا يحتاج gff2aplot إلى كتابة أي ملف مؤقت ، لذا فإن الإصدارات السابقة
لم يعد متغير مسار الدليل المؤقت الافتراضي ("GFF2APLOT_TMP") مستخدمًا.
+ ضبط تلك المتغيرات في Bourne-shell و C-shell:
o استخدام Bourne-Shell (مثل bash):
تصدير GFF2APLOT_CUSTOMPATH = "مسار" تصدير GFF2APLOT_CUSTOMFILE = "اسم_الملف"
o استخدام C-Shell:
setenv GFF2APLOT_CUSTOMPATH "مسار" setenv GFF2APLOT_CUSTOMFILE "اسم_الملف"

استخدم gff2aplot عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net