هذا هو الأمر gff2ps الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gff2ps - ينتج مخرجات رسومية PostScript من ملفات GFF.
موجز
gff2ps [خيارات] - gff_files
الوصف
يقوم هذا البرنامج برسم DotPlots المليئة بالألوان من الملفات التي تحتوي على حقول بيانات بتنسيق gff. ال
يأخذ البرنامج كإدخال الميزات المشروحة على التسلسل الجيني بتنسيق GFF ، و
ينتج مخرجات مرئية في PostScript.
OPTIONS
-h إظهار ملخص الخيارات.
-H
يظهر المساعدة فقط للخيار المحدد.
-V وضع Verbose ، يتم إرسال تقرير كامل إلى الخطأ القياسي (الافتراضي يرسل فقط
تحذيرات).
-v الوضع الصامت: تعطيل جميع التحذيرات ، وعدم إرسال رسائل إلى الخطأ القياسي.
-d اكتب (أو أعد كتابته إن وجد) ملف مخصص افتراضي.
-D
قم بإنشاء ملف مخصص افتراضي جديد باسم الملف المحدد.
-C
تحميل ملف مخصص معين وإلحاقه بالملف المخصص الافتراضي (.gff2psrc).
-s
مفيد لتعديل حجم الصفحة (الافتراضي هو a4).
-p يبدل اتجاه الصفحة إلى عمودي (الافتراضي هو أفقي).
-G
يضبط لون FOREGROUND (الافتراضي هو الأسود).
-g
يضبط لون BACKGROUND (الافتراضي هو الأبيض).
-P <#> يضبط عدد الصفحات المطلوبة لتقسيم الإخراج (الافتراضي هو واحد).
-S <#> تكبير النوكليوتيدات الأولى (الافتراضي هو أصل التسلسل).
-E <#> تكبير النوكليوتيدات الأخيرة (الافتراضي هو طول التسلسل).
-B <#> تعيين الكتل في الصفحة (الافتراضي واحد).
-N <#> يضبط النيوكليوتيدات في كل سطر (الافتراضي هو أكبر موضع تسلسل من الإدخال gff-
الملفات).
-b الكتل من اليسار إلى اليمين ومن أعلى إلى أسفل (الإعداد الافتراضي هو من أعلى إلى أسفل أولاً).
-L قم بإيقاف تشغيل الرأس (منطقة العنوان).
-T
تحديد العنوان (الافتراضي هو إدخال اسم ملف gff).
-t
تحديد العنوان الفرعي (الافتراضي هو لا شيء).
-l لا تظهر ترقيم الصفحات.
-O لا يظهر التاريخ.
-o لا تظهر الوقت.
-M <#> عدد العلامات الرئيسية في كل سطر (الافتراضي 10).
-K <#> مقياس العلامات الرئيسية في النيوكليوتيدات ، الافتراضي هو طول النيوكليوتيدات للخطوط
مقسومًا على عدد علامات التجزئة الرئيسية (انظر الخيار -T).
-m <#> عدد العلامات الصغيرة بين علامات التجزئة الرئيسية (الافتراضي 10).
-k <#> مقياس العلامات الصغيرة في النوكليوتيدات الافتراضي هو حجم علامات التجزئة الرئيسي مقسومًا على
عدد العلامات الصغيرة (انظر الخيار -t).
-w ، -f أوقف تشغيل عرض عناصر Watson.
-c ، -r أوقف تشغيل عرض عناصر الشريط العكسي (كريك).
-i أوقف تشغيل عرض العناصر المستقلة عن حبلا.
-0
يضبط لون الإطار "0" (الافتراضي هو الأزرق).
-1 يضبط لون الإطار "1" (الافتراضي هو الأحمر).
-2 يضبط لون الإطار "2" (الافتراضي هو الأخضر).
-3 يضبط لون الإطار "." (الافتراضي هو البرتقالي).
-n أوقف تشغيل التسميات لمواضع العناصر.
-a قم بإيقاف تشغيل خط CopyRight على قطعة الأرض.
البيئة المتغيرات
هناك ثلاثة متغيرات بيئية يمكن للمستخدمين تعيينها في سياقاتهم المسبقة:
+ يمكنك تحديد المسار حيث يمكن لـ GFF2PS العثور على الملفات الافتراضية مع shell
متغير "GFF2PS_CFDIR". القيمة الافتراضية هي المسار حيث تقوم بتشغيل GFF2PS.
+ يمكنك أيضًا تحديد اسم الملف المخصص الافتراضي الذي تريده باستخدام المتغير
"GFF2PS_CUSTOMFILE" ، اسم البرنامج الافتراضي للملف المخصص هو ".gff2psrc".
+ GFF2PS يحتاج إلى كتابة بعض الملفات المؤقتة في دليل مع أذونات الحالية
مستخدم للقراءة والكتابة. تم تعيين مسار الدليل المؤقت الافتراضي على "/ تمة /" ولكن يمكنك
قم بتعيين مسار دليل مؤقت مختلف باستخدام المتغير "GFF2PS_TMP".
ضبط تلك المتغيرات في Bourne-shell (bash):
تصدير GFF2PS_CFDIR = "المسار"
تصدير GFF2PS_CUSTOMFILE = "اسم_الملف"
تصدير GFF2PS_TMP = "المسار"
باستخدام C-Shell (csh):
"مسار" setenv GFF2PS_CFDIR
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "اسم_الملف"
"مسار" setenv GFF2PS_TMP
تعليقات
* الألوان المحددة هي:
الألوان الأساسية: أبيض أسود
ألوان متغيرة: رمادي أرجواني بنفسجي أزرق سماوي أزرق سماوي أخضر أخضر ليمون أخضر أصفر
برتقالي أحمر بني
يمكنك الحصول على خمسة ألوان من الألوان المتغيرة مع "داكن جدًا" و "داكن" و "فاتح" و
بادئات "خفيفة جدًا". مثال: جدا ، داكن ، أخضر ، داكن ، صقر ، أخضر ، أخضر فاتح ، أخضر
جدا
* أحجام الصفحة المحددة هي:
من A0 إلى A10 ، من B0 إلى B10 ، 10x14 ، تنفيذي ، فوليو ، دفتر الأستاذ ، قانوني ، حرف ، رباعي ،
البيان والصحف الشعبية.
استخدم gff2ps عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
