هذا هو الأمر glam2 الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
glam2 - محاذاة محلية متقطعة للزخارف
موجز
جلام 2 [الخيارات] الأبجدية my_seqs.fa
أبجدية بخلاف p or n يتم تفسيره على أنه اسم ملف أبجدي.
الوصف
GLAM2 عبارة عن حزمة برامج للعثور على العناصر الزخرفية في تسلسلات، عادةً ما تكون عبارة عن أحماض أمينية أو
تسلسلات النيوكليوتيدات. الشكل عبارة عن نمط تسلسل متكرر: الأمثلة النموذجية هي
مربع TATA وعزر prenylation CAAX. الابتكار الرئيسي في GLAM2 هو أنه يسمح بذلك
الإدراج والحذف في الزخارف.
OPTIONS (تقصير إعدادات)
-h
عرض كل الخيارات وإعداداتها الافتراضية.
-o
ملف إلاخراج (المعياري).
-r
عدد عمليات المحاذاة (10).
-n
قم بإنهاء كل تشغيل بعد هذه التكرارات العديدة دون تحسين (10000).
-2
افحص كلا الخيوط - تكملة للأمام والخلف.
-z
الحد الأدنى لعدد التسلسلات في المحاذاة (2).
-a
الحد الأدنى لعدد الأعمدة المحاذاة (2).
-b
الحد الأقصى لعدد الأعمدة المحاذاة (50).
-w
العدد الأولي للأعمدة المحاذاة (20).
-d
ملف خليط ديريتشليت.
-D
حذف عدد زائف (0.1).
-E
عدد زائف بدون حذف (2.0).
-I
إدخال عدد زائف (0.02).
-J
عدد زائف بدون إدخال (1.0).
-q
الوزن بالنسبة لوفرة المخلفات العامة مقابل مجموعة التسلسل المحددة (1e + 99).
-t
درجة الحرارة الأولية (1.2).
-c
عامل التبريد في عدد مرات التكرار (1.44).
-u
الحد الأدنى لدرجة الحرارة (0.1).
-p
طباعة معلومات التقدم في كل تكرار.
-m
تحركات أخذ عينات الأعمدة لكل حركة أخذ عينات الموقع (1.0).
-x
خوارزمية أخذ عينات الموقع: 0=سريع 1=بطيء 2= تحويل سريع (0).
-s
بذور للأرقام العشوائية الزائفة (1).
استخدم glam2 عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
