gmap - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmap - برنامج رسم الخرائط والمحاذاة الجينومية

موجز

com.gmap [OPTIONS...] <فاستا ملفات >, or قطة | gmap [خيارات...]

OPTIONS

إدخال الخيارات (يجب تتضمن -d or -g)
-D, - دير=دليل
دليل الجينوم. الافتراضي (كما هو محدد بواسطة --with-gmapdb إلى برنامج التكوين)
is /var/cache/gmap

-d, - ديسيبل=STRING
قاعدة بيانات الجينوم. إذا كانت الحجة هي "؟" (مع علامتي الاقتباس)، يسرد هذا الأمر
قواعد البيانات المتاحة.

-k, - كمر=INT
حجم الكيلومتر المستخدم في قاعدة بيانات الجينوم (القيم المسموح بها: 16 أو أقل). ان لم
المحدد، سيجد البرنامج أعلى حجم كيلومتر متاح في الجينوم
قاعدة بيانات

--أخذ العينات=INT
أخذ العينات لاستخدامها في قاعدة بيانات الجينوم. إذا لم يتم تحديده، فسيقوم البرنامج بالعثور على الملف
أصغر قيمة أخذ عينات متاحة في قاعدة بيانات الجينوم ضمن حجم k-mer المحدد

-G, --جينومفول
استخدم الجينوم الكامل (جميع أحرف ASCII مسموح بها؛ تم إنشاؤها بشكل صريح أثناء الإعداد)، وليس
نسخة مضغوطة

-g, --gseg=اسم الملف
الجزء الجينومي المقدم من قبل المستخدم

-1, --selfalign
قم بمحاذاة تسلسل واحد ضد نفسه بتنسيق FASTA عبر stdin (مفيد للحصول على
ترجمة البروتين لتسلسل النيوكليوتيدات)

-2, --pairalign
قم بمحاذاة تسلسلين بتنسيق FASTA عبر stdin، الأول هو الجينومي والثاني
واحد يجري [كدنا].

- cmdline=STRING،خيط
قم بمحاذاة هذين التسلسلين المقدمين في سطر الأوامر، الأول هو الجينومي و
الثاني هو [كدنا].

-q, --جزء=INT/INT
قم بمعالجة i-th فقط من كل تسلسل n، على سبيل المثال، 0/100 أو 99/100 (مفيد لـ
توزيع الوظائف على مزرعة الكمبيوتر).

- حجم المخزن المؤقت للإدخال=INT
حجم المخزن المؤقت للإدخال (يقرأ البرنامج هذا العدد من التسلسلات في وقت واحد لتحقيق الكفاءة)
(الافتراضي 1000)

خيارات الحساب

-B, --حزمة=INT
الوضع الدفعي (الافتراضي = 2)

وضع يعوض مواقف الجينوم
0 انظر الملاحظة mmap mmap
1 راجع الملاحظة mmap والتحميل المسبق mmap
(افتراضي) 2 راجع الملاحظة mmap & التحميل المسبق mmap & التحميل المسبق
3 راجع ملاحظة تخصيص mmap والتحميل المسبق
4 انظر الملاحظة تخصيص تخصيص
5 توسيع تخصيص تخصيص

ملاحظة: بالنسبة لتسلسل واحد، تستخدم كافة بنيات البيانات mmap
إذا لم يكن mmap متاحًا ولم يتم اختيار التخصيص، فسيتم استخدام fileio (بطيء جدًا)

ملاحظة حول --حزمة والإزاحات: يمكن التحكم في توسيع الإزاحات
بشكل مستقل من قبل --توسيع الإزاحات علم. ال --حزمة=5 الخيار يعادل
--حزمة=4 المزيد --توسيع الإزاحات=1

--توسيع الإزاحات=INT
ما إذا كان سيتم توسيع قيم مؤشر الإزاحات الجينومية: 0 (لا، افتراضي)، أو 1 (نعم).
يوفر التوسيع محاذاة أسرع، ولكنه يتطلب المزيد من الذاكرة

--nosplicing
إيقاف الربط (مفيد لمحاذاة تسلسلات الجينوم على الجينوم)

--min-intronlength=INT
الحد الأدنى لطول إنترون داخلي واحد (الافتراضي 9). وتحت هذا الحجم توجد فجوة جينية
سيتم اعتباره حذفًا وليس إنترونًا.

-K, --intronlength=INT
الحد الأقصى لطول إنترون داخلي واحد (افتراضي 200000)

-w, --localsplicedist=INT
الحد الأقصى لطول مواقع الوصلات المعروفة في نهايات التسلسل (افتراضي 2000000)

-L, --الطول الاجمالي=INT
الحد الأقصى لطول الإنترون الإجمالي (الافتراضي 2400000)

-x, --الهامش الوهمي=INT
مقدار التسلسل غير المحاذي الذي يؤدي إلى البحث عن التسلسل المتبقي
(الافتراضي 30). يتيح محاذاة القراءات الخيمرية، وقد يساعد في بعض الأمور
يقرأ غير كيميري. لإيقاف التشغيل، اضبطه على الصفر.

- لا الوهم
يطفئ العثور على الوهم. نفس التأثير كما --الهامش الوهمي=0

-t, - nthread=INT
عدد خيوط العامل

-c, --chrsubset=سلسلة
قصر البحث على كروموسوم معين

-z, --اتجاه=STRING
اتجاه [كدنا] (sense_force، antisense_force، Sens_filter، antisense_filter، أو
تلقائي (افتراضي))

-H, --trimendexons=INT
قطع exons النهاية مع عدد أقل من عدد التطابقات المحدد (في nt، الافتراضي 9)

--الوضع الكنسي=INT
مكافأة الإنترونات الأساسية وشبه القانونية 0 = مكافأة منخفضة، 1 = مكافأة عالية
(افتراضي)، 2 = مكافأة منخفضة للتسلسلات عالية الهوية ومكافأة عالية بخلاف ذلك

- عبر الأنواع
استخدم بحثًا أكثر حساسية عن الربط القانوني، والذي يساعد بشكل خاص في
محاذاة الأنواع المتقاطعة والحالات الصعبة الأخرى

--السماح بإغلاق indels=INT
السماح بالإدراج والحذف بالقرب من بعضهما البعض (0=لا، 1=نعم (افتراضي)، 2=فقط
لمحاذاة عالية الجودة)

--microexon-spliceprob=تطفو
السماح بالميكروسونات فقط إذا كان أحد احتمالات موقع الوصلة أكبر من هذا
القيمة (الافتراضي 0.95)

--cmetdir=STRING
دليل ملفات فهرس الميثيل سيتوزين (تم إنشاؤه باستخدام cmetindex) (الافتراضي هو
موقع ملفات فهرس الجينوم المحددة باستخدام -D, -Vو -d)

--atoidir=STRING
دليل لملفات فهرس تحرير A-to-I RNA (التي تم إنشاؤها باستخدام atoiindex) (الافتراضي هو
موقع ملفات فهرس الجينوم المحددة باستخدام -D, -Vو -d)

--الوضع=STRING
وضع المحاذاة: قياسي (افتراضي)، مجدول cmet، مجدول cmet، مجدول atoi،
atoi-nonstranded، ttoc-stranded، أو ttoc-nonstranded. تتطلب الأوضاع غير القياسية
يجب أن تكون قد قمت مسبقًا بتشغيل برامج cmetindex أو atoiindex (والتي تغطي أيضًا
أوضاع ttoc) على الجينوم

-p, --Prunelevel
مستوى التقليم: 0= لا يوجد تقليم (افتراضي)، 1= تسلسلات رديئة، 2= تسلسلات متكررة، 3= تسلسلات رديئة و
تكرارية

أنواع الإخراج

-S, --ملخص
إظهار ملخص التوافقات فقط

-A, - محاذاة
إظهار المحاذاة

-3, --مستمر
إظهار المحاذاة في ثلاثة خطوط متواصلة

-4, --مستمر بواسطة إكسون
إظهار المحاذاة في ثلاثة أسطر لكل إكسون

-Z, --ضغط
طباعة الإخراج بتنسيق مضغوط

-E, --exons=STRING
طباعة الإكسونات ("cdna" أو "الجينوم")

-P, --protein_dna
طباعة تسلسل البروتين (cDNA)

-Q, --protein_gen
طباعة تسلسل البروتين (الجينومي)

-f, --صيغة=INT
تنسيق آخر للإخراج (لاحظ أيضًا ملف -A و -S الخيارات والخيارات الأخرى المدرجة
ضمن أنواع المخرجات):
بسل (أو 1) = تنسيق بسل (بلات)،
gff3_gene (أو 2) = تنسيق الجين GFF3،
gff3_match_cdna (أو 3) = تنسيق GFF3 cDNA_match،
gff3_match_est (أو 4) = تنسيق GFF3 EST_match،
مواقع التوصيل (أو 6) = مخرجات مواقع التوصيل (لملف الربط GSNAP)،
introns = إخراج introns (لملف الربط GSNAP)،
Map_exons (أو 7) = تنسيق خريطة IIT FASTA exon،
Map_ranges (أو 8) = تنسيق خريطة النطاق IIT FASTA،
الإحداثيات (أو 9) = الإحداثيات بتنسيق الجدول،
sampe = تنسيق SAM (إعداد بتات القراءة المقترنة في العلامة)،
samse = تنسيق SAM (بدون تعيين بتات القراءة المقترنة)

خيارات الإخراج

-n, --npaths=INT
الحد الأقصى لعدد المسارات المراد إظهارها (الافتراضي 5). إذا تم التعيين على 1، فلن يقوم GMAP بالإبلاغ
محاذاة خيالية، لأن تلك تنطوي على مسارين. إذا كنت تريد محاذاة واحدة
بالإضافة إلى محاذاة خيالية، ثم قم بتعيين هذا ليكون 0.

--درجة دون المستوى الأمثل=INT
قم بالإبلاغ فقط عن المسارات التي تقع درجاتها ضمن قيمة أفضل مسار. بشكل افتراضي،
إذا لم يتم توفير هذا الخيار،
يقوم البرنامج بطباعة جميع المسارات التي تم العثور عليها.

-O, --أمر
طباعة المخرجات بنفس ترتيب الإدخال (مناسب فقط إذا كان هناك أكثر من عامل واحد
مسلك)

-5, --md5
طباعة المجموع الاختباري MD5 لكل تسلسل استعلام

-o, --التداخل الوهمي
التداخل لإظهاره، إن وجد، عند نقطة توقف الوهم

--فشل فقط
طباعة المحاذاة الفاشلة فقط، تلك التي ليس لها نتائج

--nofils
استبعاد طباعة المحاذاة الفاشلة

-V, --snpsdir=STRING
دليل ملفات فهرس SNPs (التي تم إنشاؤها باستخدام snpindex) (الافتراضي هو موقع
ملفات فهرس الجينوم المحددة باستخدام -D و -d)

-v, --use-snps=STRING
استخدم قاعدة البيانات التي تحتوي على SNPs المعروفة (in .iit، تم إنشاؤه مسبقًا باستخدام
snpindex) للتسامح مع SNPs

--تقسيم الإخراج=STRING
الاسم الأساسي لإخراج الملفات المتعددة، بشكل منفصل للتسمية،
uniq، mult، (و الوهم، إذا --الهامش الوهمي تم الإختيار)

--فشل الإدخال=STRING
قم بطباعة المحاذاة الفاشلة تمامًا كمدخل بتنسيق FASTA أو FASTQ إلى المعطى
ملف. إذا كان --تقسيم الإخراج يتم إعطاء العلم أيضًا، ويتم إنشاء هذا الملف بالإضافة إلى ذلك
إلى الإخراج في ملف .nomapping.

- إلحاق الإخراج
متى --تقسيم الإخراج or --failinput يتم إعطاء هذه العلامة، وسوف تقوم بإلحاق الإخراج إلى
الملفات الموجودة. وإلا، فإن الإعداد الافتراضي هو إنشاء ملفات جديدة.

--حجم المخزن المؤقت للإخراج=INT
حجم المخزن المؤقت، في الاستعلامات، لسلسلة الإخراج (الافتراضي 1000). عندما يكون عدد
تتجاوز النتائج المراد طباعتها هذا الحجم، ويتم إيقاف سلاسل العمليات حتى
يتم مسح التراكم

-F, --مكتمل الطول
افترض البروتين كامل الطول، بدءًا من Met

-a, --cdsstart=INT
ترجمة الكودونات من نيوكليوتيدات معينة (معتمدة على 1)

-T, - اقتطاع
اقتطاع المحاذاة حول البروتين كامل الطول، يعني ذلك التوقف -F العلم.

-Y, --متسامح
يترجم [كدنا] مع التصحيحات لتغييرات الإطارات

خيارات لإخراج GFF3

--gff3-add-separators=INT
ما إذا كان سيتم إضافة فاصل ### بعد كل تسلسل استعلام القيم: 0 (لا)، 1 (نعم،
إفتراضي)

خيارات لإخراج SAM

--no-sam-headers
لا تطبع الرؤوس التي تبدأ بـ "@"

--sam-use-0M
أدخل 0M في CIGAR بين عمليات الإدراج والحذف المجاورة التي يتطلبها Picard،
ولكن يمكن أن يسبب أخطاء في الأدوات الأخرى

--force-xs-dir
بالنسبة لمحاذاة RNA-Seq، لا يسمح بـ XS:A:؟ عندما يكون الاتجاه الحسي غير واضح، و
يستبدل هذه القيمة بشكل تعسفي بـ XS:A:+. قد يكون مفيدا لبعض البرامج، مثل
مثل أزرار الأكمام، التي لا يمكنها التعامل مع XS:A:؟. ومع ذلك، إذا كنت تستخدم هذا العلم، فإن
لن تكون القيمة المبلغ عنها لـ XS:A:+ ذات معنى.

--md-أحرف صغيرة-snp
في سلسلة MD، عندما يتم إعطاء SNPs المعروفة بواسطة -v العلم،
يطبع اختلاف النيوكليوتيدات بأحرف صغيرة عندما تكون،
تختلف عن المرجع ولكنها تتطابق مع أليل بديل معروف

--الإجراء-إذا-خطأ-السيجار
الإجراء الذي يجب اتخاذه في حالة وجود خلاف بين طول السيجار وطول التسلسل
القيم المسموح بها: تجاهل، تحذير (افتراضي)، إحباط

--قراءة معرف المجموعة=STRING
القيمة المراد وضعها في حقل معرف مجموعة القراءة (RG-ID).

--قراءة اسم المجموعة=STRING
القيمة المراد وضعها في حقل اسم مجموعة القراءة (RG-SM).

--قراءة-مكتبة المجموعة=STRING
القيمة المطلوب وضعها في حقل مكتبة مجموعة القراءة (RG-LB).

--قراءة منصة المجموعة=STRING
القيمة المراد وضعها في حقل مكتبة مجموعة القراءة (RG-PL).

خيارات لنقاط الجودة

--بروتوكول الجودة=STRING
بروتوكول لدرجات جودة المدخلات. القيم المسموح بها: الإضاءة (ASCII 64-126)
(أي ما يعادل -J 64 -j -31) سانجر (ASCII 33-126) (أي ما يعادل -J 33 -j 0)

الافتراضي هو سانجر (لا يوجد تغيير في جودة الطباعة)
يجب أن تحتوي ملفات إخراج SAM على درجات الجودة في بروتوكول سانجر

أو يمكنك تحديد إزاحة الطباعة باستخدام هذه العلامة:

-j, --جودة الطباعة-التحول=INT
تحويل درجات الجودة FASTQ بهذا المقدار في الإخراج (الافتراضي هو 0 لـ sanger
بروتوكول؛ لتغيير إدخال Illumina إلى إخراج Sanger، حدد -31)

خيارات ملف الخريطة الخارجية

-M, --mapdir=دليل
دليل الخريطة

-m, --خريطة=com.iitfile
ملف الخريطة. إذا كانت الحجة هي "؟" (مع الاقتباسات)،
يسرد هذا ملفات الخريطة المتوفرة.

-e, --mapexons
قم بتعيين كل إكسون على حدة

-b, --mapboth
تقرير الزيارات من كلا فرعي الجينوم

-u, --المجاورة=INT
إظهار الضربات المحيطة (الافتراضي 0)

- طباعة تعليق
إظهار سطر التعليق لكل نتيجة

خيارات إخراج المحاذاة

-N, --لا أطوال
لا توجد أطوال إنترون في المحاذاة

-I, --invertmode=INT
وضع المحاذاة للشريط الجينومي (-): 0=لا تقلب cDNA (افتراضي)
1=عكس [كدنا] وطباعة الجينوم (-) حبلا 2=عكس [كدنا] وطباعة الجينوم (+)
ساحل

-i, --introngap=INT
النيوكليوتيدات التي ستظهر على طرفي الإنترون (الافتراضي 3)

-l, --wraplength=INT
طول الالتفاف للمحاذاة (الافتراضي 50)

تصفية خيارات الإخراج

--الحد الأدنى من التغطية=تطفو
لا تطبع محاذاة بتغطية مشذبة أقل من هذه القيمة (القيمة الافتراضية = 0.0، والتي
يعني عدم وجود تصفية) لاحظ أنه سيتم إخراج المحاذاة الخيمرية بغض النظر عن ذلك
تصفية

--min-identity=تطفو
لا تقم بطباعة محاذاة ذات هوية أقل من هذه القيمة (الافتراضي = 0.0، مما يعني لا
التصفية) لاحظ أنه سيتم إخراج المحاذاة الخيمرية بغض النظر عن هذا المرشح
خيارات المساعدة

--التحقق من
التحقق من افتراضات المترجم

--الإصدار
عرض الإصدار

--مساعدة إظهار رسالة المساعدة هذه

توجد أدوات أخرى لمجموعة GMAP في / usr / lib / gmap

استخدم gmap عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net