gmx_d - متصل بالإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx - مجموعة محاكاة الديناميات الجزيئية

موجز

جي ام اكس [- [لا] ح] [- [لا] هادئ] [- نسخة [لا]] [- [لا] حقوق التأليف والنشر] [-لطيف ]
[- [لا] نسخة احتياطية]

الوصف

GROMACS عبارة عن مجموعة كاملة الميزات من البرامج لإجراء عمليات محاكاة الديناميكيات الجزيئية ،
أي لمحاكاة سلوك الأنظمة باستخدام مئات إلى ملايين الجسيمات
المعادلات النيوتونية للحركة. يتم استخدامه بشكل أساسي للبحث عن البروتينات والدهون و
البوليمرات ، ولكن يمكن تطبيقها على مجموعة متنوعة من الأبحاث الكيميائية والبيولوجية
الأسئلة.

OPTIONS

خيارات أخرى:

- [لا] ح (لا)
تعليمات الطباعة والإنهاء

- [لا] هادئ (لا)
لا تطبع معلومات بدء التشغيل الشائعة أو علامات الاقتباس

- نسخة [لا] (لا)
اطبع معلومات الإصدار الموسعة وقم بإنهاء

- [لا] حقوق التأليف والنشر (نعم)
طباعة معلومات حقوق النشر عند بدء التشغيل

-لطيف (19)
تعيين المستوى الجيد (الافتراضي يعتمد على الأمر)

- [لا] نسخة احتياطية (نعم)
كتابة نسخ احتياطية في حالة وجود ملفات الإخراج

GMX أوامر

الأوامر التالية متوفرة. يرجى الرجوع إلى صفحاتهم الفردية أو GMX
مساعدة لمزيد من التفاصيل.

مسار تحليل
gmx- غانغل(1)
احسب الزوايا

مسافة gmx(1)
احسب المسافات بين أزواج المواقف

خالية من gmx(1)
احسب الحجم الحر

gmx- زوجديست(1)
احسب المسافات الزوجية بين مجموعات المواضع

gmx-rdf(1)
حساب وظائف التوزيع الشعاعي

gmx- ساسا(1)
حساب مساحة السطح التي يمكن الوصول إليها بالمذيب

اختيار gmx(1)
طباعة معلومات عامة حول التحديدات

توليد علوم الهندسة اللاكمية و ينسق
gmx- اديتكونف(1)
حرر المربع واكتب مجموعات فرعية

gmx-x2top(1)
إنشاء طبولوجيا بدائية من الإحداثيات

gmx- مذيب(1)
حل نظام

إدراج جزيئات gmx(1)
أدخل الجزيئات في الوظائف الشاغرة

gmx- جينكونف(1)
اضرب التشكل في التوجهات "العشوائية"

gmx- الجيل(1)
توليد أيونات أحادية الذرة في مواقع مواتية بقوة

gmx- genrestr(1)
إنشاء قيود الموضع أو قيود المسافة لمجموعات الفهرس

gmx-pdb2gmx(1)
قم بتحويل ملفات الإحداثيات إلى ملفات تنسيق متوافقة مع طبولوجيا ومتوافقة مع FF

الركض a محاكاة
gmx- جرومب(1)
قم بعمل ملف إدخال تشغيل

gmx- مدرون(1)
قم بإجراء محاكاة أو تحليل الوضع العادي أو تقليل الطاقة

gmx- تحويل- tpr(1)
قم بعمل ملف إدخال تشغيل معدل

مشاهدة المسارات
gmx-nmtraj(1)
قم بتوليد مسار متذبذب افتراضي من ناقل eigenvector

عرض gmx(1)
اعرض مسارًا على محطة X-Windows

اﻟﻤﻌﺎﻟﺠﺔ الطاقات
gmx- حقنه(1)
استخرج مصفوفة الطاقة من ملف الطاقة

gmx الطاقة(1)
يكتب الطاقات إلى ملفات xvg ويعرض المتوسطات

gmx- مدرون(1)
(إعادة) حساب الطاقات لإطارات المسار مع -Rerun

التحول ملفات
gmx- اديتكونف(1)
تحويل ومعالجة ملفات الهيكل

gmx- eneconv(1)
تحويل ملفات الطاقة

gmx- سيجيبس(1)
تحويل مجموعات c6 / 12 أو c6 / cn من وإلى sigma / epsilon

gmx- trjcat(1)
ملفات المسار المتسلسلة

gmx- trjconv(1)
تحويل ومعالجة ملفات المسار

gmx-xpm2ps(1)
تحويل مصفوفات XPM (XPixelMap) إلى بوستسكريبت أو XPM

الأدوات
gmx- تحليل(1)
تحليل مجموعات البيانات

gmx- dyndom(1)
استيفاء واستقراء دورات الهيكل

مرشح gmx(1)
مسارات مرشح التردد ، مفيدة لصنع أفلام سلسة

gmx- كذبة(1)
تقدير الطاقة الحرة من التوليفات الخطية

gmx- مورف(1)
أقحم خطيًا بين المطابقات

gmx-pme_error(1)
تقدير خطأ استخدام PME مع ملف إدخال معين

جي إم إكس الشام(1)
حساب الطاقات الحرة أو الرسوم البيانية الأخرى من الرسوم البيانية

جمكس المكاني(1)
احسب دالة التوزيع المكاني

جمكس تراج(1)
قطعة الأرض x ، v ، f ، الصندوق ، درجة الحرارة والطاقة الدورانية من المسارات

gmx- tune_pme(1)
الوقت mdrun كدالة لصفوف PME لتحسين الإعدادات

جمكس إضرب(1)
إجراء تحليل الرسم البياني الموزون بعد أخذ العينات المظلة

gmx- الاختيار(1)
افحص الملفات وقارن بينها

gmx- تفريغ(1)
اجعل الملفات الثنائية قابلة للقراءة

gmx-make_ndx(1)
اصنع ملفات الفهرس

gmx- mk_angndx(1)
إنشاء ملفات فهرس لزاوية gmx

gmx- trjorder(1)
رتب الجزيئات وفقًا لبعدها عن المجموعة

gmx-xpm2ps(1)
تحويل مصفوفات XPM (XPixelMap) إلى بوستسكريبت أو XPM

المسافات ما بين الهياكل
جمكس الكتلة(1)
الهياكل العنقودية

gmx- confrms(1)
تناسب هيكلين وحساب RMSD

جمكس- rms(1)
احسب RMSDs بهيكل مرجعي ومصفوفات RMSD

gmx- rmsf(1)
احسب التقلبات الذرية

المسافات in الهياكل على مدى الوقت
gmx-mindist(1)
احسب المسافة الدنيا بين مجموعتين

gmx- مدمات(1)
حساب خرائط الاتصال المتبقية

gmx- بوليستات(1)
حساب الخصائص الثابتة للبوليمرات

gmx- rmsdist(1)
حساب مسافات زوج الذرة بمتوسط ​​القوة -2 أو -3 أو -6

كتلة توزيع HAS على مدى الوقت
gmx- جيراتي(1)
احسب نصف قطر الدوران

gmx-msd(1)
يحسب متوسط ​​إزاحة المربعات

gmx- بوليستات(1)
حساب الخصائص الثابتة للبوليمرات

gmx-rdf(1)
حساب وظائف التوزيع الشعاعي

جمكس روتاكف(1)
احسب دالة الارتباط الدوراني للجزيئات

GMX- روتمات(1)
ارسم مصفوفة الدوران لتلائم هيكل مرجعي

gmx- بلا(1)
حساب أطياف نثر النيوترونات ذات الزاوية الصغيرة

جمكس ساكسس(1)
حساب أطياف نثر الأشعة السينية ذات الزاوية الصغيرة

جمكس تراج(1)
قطعة الأرض x ، v ، f ، الصندوق ، درجة الحرارة والطاقة الدورانية من المسارات

جي إم إكس فانهوف(1)
حساب وظائف الإزاحة والارتباط في Van Hove

تحليل المستعبدين التفاعلات
زاوية gmx(1)
احسب التوزيعات والارتباطات للزوايا والثنائيات السطوح

gmx- mk_angndx(1)
إنشاء ملفات فهرس لزاوية gmx

بنيوي HAS
gmx- أنادوك(1)
الهياكل العنقودية من تشغيل Autodock

حزمة gmx(1)
تحليل حزم المحاور ، على سبيل المثال ، الحلزونات

gmx- الكتلة(1)
احسب توزيعات الحجم للعناقيد الذرية

gmx- disre(1)
تحليل قيود المسافة

gmx- hbond(1)
حساب وتحليل الروابط الهيدروجينية

ترتيب gmx(1)
حساب معلمة الطلب لكل ذرة لذيول الكربون

المدير العام(1)
احسب محاور القصور الذاتي لمجموعة من الذرات

gmx-rdf(1)
حساب وظائف التوزيع الشعاعي

جمكس-سالتبر(1)
احسب جسور الملح

gmx- سورينت(1)
تحليل اتجاه المذيب حول المواد المذابة

gmx- spol(1)
تحليل اتجاه المذيب ثنائي القطب والاستقطاب حول المواد المذابة

حركي HAS
شريط gmx(1)
احسب تقديرات فرق الطاقة المجانية من خلال نسبة قبول بينيت

gmx الحالي(1)
حساب ثوابت العزل ووظيفة الارتباط التلقائي الحالية

جمكس دوس(1)
تحليل كثافة الحالات والخصائص بناءً على ذلك

gmx-dyecoupl(1)
استخراج ديناميات الصبغ من المسارات

المدير العام(1)
احسب محاور القصور الذاتي لمجموعة من الذرات

gmx- تكاف(1)
احسب لزوجة السوائل

جمكس تراج(1)
قطعة الأرض x ، v ، f ، الصندوق ، درجة الحرارة والطاقة الدورانية من المسارات

جي إم إكس فانهوف(1)
حساب وظائف الإزاحة والارتباط في Van Hove

gmx- فيلاك(1)
حساب وظائف الارتباط التلقائي للسرعة

كهرباء HAS
gmx الحالي(1)
حساب ثوابت العزل ووظيفة الارتباط التلقائي الحالية

جمكس عازل(1)
حساب الثوابت العازلة المعتمدة على التردد

ثنائيات الأقطاب gmx(1)
حساب إجمالي ثنائي القطب زائد التقلبات

إمكانيات جي إم إكس(1)
احسب الجهد الكهربائي عبر الصندوق

gmx- spol(1)
تحليل اتجاه المذيب ثنائي القطب والاستقطاب حول المواد المذابة

gmx- الجيل(1)
توليد أيونات أحادية الذرة في مواقع مواتية بقوة

خاص بالبروتين تحليل
gmx-do_dssp(1)
قم بتعيين هيكل ثانوي وحساب مساحة السطح التي يمكن الوصول إليها بواسطة المذيب

جي إم إكس تشي(1)
احسب كل ما تريد معرفته عن تشي وثنائيات السطوح الأخرى

gmx- الحلزون(1)
حساب الخصائص الأساسية لحلزونات ألفا

gmx- حلزون(1)
حساب الملعب المحلي / الانحناء / الدوران / الاتجاه داخل الحلزونات

gmx- راما(1)
احسب مؤامرات راماشاندران

عجلة gmx(1)
مؤامرة عجلات حلزونية

واجهات
حزمة gmx(1)
تحليل حزم المحاور ، على سبيل المثال ، الحلزونات

كثافة جمكس(1)
احسب كثافة النظام

gmx- densmap(1)
احسب خرائط الكثافة المستوية أو المحورية الشعاعية ثنائية الأبعاد

مكثف gmx(1)
احسب تقلبات السطح

gmx-h2order(1)
احسب اتجاه جزيئات الماء

gmx- hydorder(1)
حساب معلمات رباعي السطوح حول ذرة معينة

ترتيب gmx(1)
حساب معلمة الطلب لكل ذرة لذيول الكربون

إمكانيات جي إم إكس(1)
احسب الجهد الكهربائي عبر الصندوق

التغاير تحليل
gmx- أنايج(1)
تحليل المتجهات الذاتية

جمكس كوفار(1)
احسب وقطِّر مصفوفة التغاير

gmx-make_edi(1)
إنشاء ملفات الإدخال لأخذ العينات الديناميكيات الأساسية

خرسانة عادية وسائط
gmx- أنايج(1)
تحليل الأوضاع العادية

gmx- نميج(1)
قطري Hessian لتحليل الوضع العادي

gmx-nmtraj(1)
قم بتوليد مسار متذبذب افتراضي من ناقل eigenvector

gmx-nmens(1)
قم بإنشاء مجموعة من الهياكل من الأوضاع العادية

gmx- جرومب(1)
قم بعمل ملف إدخال تشغيل

gmx- مدرون(1)
أوجد الحد الأدنى من الطاقة الكامنة واحسب الخيشوم

حقوق الطبع والنشر

2015 فريق تطوير GROMACS

استخدم gmx_d عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net