هذا هو الأمر gmx -ensity الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
كثافة gmx - احسب كثافة النظام
موجز
كثافة جمكس [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-اي [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[حاليا] [-xvg ] [-d ]
[-سل ] [- الأعداد ] [-ng ] [- [لا] مركز]
[- [لا] symm] [- [لا] قريب]
الوصف
GMX كثافة يحسب الكثافات الجزئية عبر المربع ، باستخدام ملف فهرس.
بالنسبة للكثافة الإجمالية لمحاكاة NPT ، استخدم GMX طاقة بدلا من ذلك.
خيار -مركز ينفذ تجميع المدرج التكراري بالنسبة إلى مركز تعسفي
المجموعة ، في إحداثيات المربع المطلق. إذا كنت تقوم بحساب ملفات التعريف على طول مربع المحور Z.
البعد bZ ، سيكون الإخراج من -bZ / 2 إلى bZ / 2 إذا كنت مركزًا بناءً على النظام بأكمله.
لاحظ أنه تم تغيير هذا السلوك في GROMACS 5.0؛ كانت الإصدارات السابقة تؤدي فقط ملف
binning ثابت في (0 ، bZ) وتحويل الإخراج. الآن نحسب المركز لكل إطار
وحاوية في (-bZ / 2 ، bZ / 2).
خيار -سم تناسق الإخراج حول المركز. سيتم تشغيل هذا تلقائيًا
-مركز أيضاً. خيار -نسبي ينفذ binning بشكل نسبي بدلاً من المربع المطلق
ينسق ويقيس الناتج النهائي بمتوسط أبعاد الصندوق على طول الإخراج
محور. يمكن استخدام هذا بالاشتراك مع -مركز.
تكون الكثافات بالكيلو جرام / م ^ 3 ، ويمكن أيضًا أن تكون كثافات الأعداد أو كثافة الإلكترون
محسوب. بالنسبة لكثافات الإلكترون ، ملف يصف عدد الإلكترونات لكل منها
يجب توفير نوع الذرة باستخدام -اي. يجب أن يبدو كما يلي:
2
اسم الذرة = nrelectrons
اسم الذرة = nrelectrons
يحتوي السطر الأول على عدد الأسطر المراد قراءتها من الملف. يجب أن يكون هناك واحد
لكل اسم ذرة فريد في نظامك. عدد الإلكترونات لكل ذرة هو
المعدلة بواسطة شحنتها الذرية الجزئية.
اعتبارات مهمة للطبقات الثنائية
أحد سيناريوهات الاستخدام الأكثر شيوعًا هو حساب كثافة المجموعات المختلفة
عبر طبقة دهنية ثنائية ، عادةً ما يكون المحور z هو الاتجاه الطبيعي. لفترة قصيرة
ستعمل عمليات المحاكاة والأنظمة الصغيرة وأحجام الصناديق الثابتة بشكل جيد ، ولكن بالنسبة إلى المزيد
يمكن أن تكون طبقات الدهون الثنائية للحالة العامة معقدة. المشكلة الأولى أنه بينما كلاهما
البروتينات والدهون لها حجم انضغاطي منخفض ، والدهون لها مساحة عالية جدًا
الانضغاطية. هذا يعني أن شكل الصندوق (السماكة والمساحة / الدهون) سيتقلب
إلى حد كبير حتى بالنسبة لنظام مريح تمامًا. نظرًا لأن GROMACS يضع المربع بين ملف
الأصل والإحداثيات الموجبة ، وهذا بدوره يعني أن طبقة ثنائية تتمحور في الصندوق
سوف يتحرك قليلاً لأعلى / لأسفل بسبب هذه التقلبات ، ويلطخ ملفك الشخصي. الأسهل
طريقة إصلاح هذا (إذا كنت تريد اقتران الضغط) هي استخدام -مركز الخيار الذي
يحسب ملف تعريف الكثافة فيما يتعلق بمركز الصندوق. لاحظ أنه يمكنك ذلك
لا يزال مركزًا على الجزء ثنائي الطبقة حتى إذا كان لديك نظام معقد غير متماثل بامتداد
البروتينات ثنائية الطبقة ، وعلى سبيل المثال ، البروتينات الغشائية - عندئذٍ سيكون لمخرجاتنا ببساطة المزيد من القيم على واحد
جانب مرجع الأصل (الوسط).
حتى الحساب المركزي سيؤدي إلى تلطيخ بعض ملفات تعريف الإخراج ، مثل
يتم ضغط الدهون نفسها وتوسيعها. في معظم الحالات ، ربما تريد هذا (منذ ذلك الحين
إنه يتوافق مع التجارب العيانية) ، ولكن إذا كنت تريد إلقاء نظرة على التفاصيل الجزيئية
يمكنك استعمال ال -نسبي خيار لمحاولة إزالة المزيد من تأثيرات الحجم
تقلبات.
أخيرًا ، ستظهر الطبقات الثنائية الكبيرة التي لا تخضع لتوتر سطحي متموجة
تقلبات ، حيث توجد "موجات" تتشكل في النظام. هذا أمر أساسي
للنظام البيولوجي ، وإذا كنت تقارن بالتجارب فمن المحتمل
تريد أن تشمل تأثير تلطيخ التموج.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية
-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
xdr المحمولة تشغيل ملف الإدخال
-اي [<.dat>] (إلكترونات دات) (اختياري)
ملف بيانات عام
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-o [<.xvg>] (كثافة. xvg)
xvgr / xmgr
خيارات أخرى:
-b 0
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار
-e 0
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار
-dt 0
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)
-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات
-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء
-d (Z)
خذ الوضع الطبيعي على الغشاء في الاتجاه X أو Y أو Z.
-سل 50
قسّم المربع في هذا العدد من الشرائح.
- الأعداد (كتلة)
الكثافة: الكتلة ، العدد ، الشحنة ، الإلكترون
-ng 1
عدد المجموعات المطلوب حساب الكثافات منها.
- [لا] مركز (لا)
قم بإجراء التجميع بالنسبة لمركز المربع (المتغير). مفيد ل
طبقات ثنائية.
- [لا] symm (لا)
تناسق الكثافة على طول المحور ، فيما يتعلق بالمركز. مفيد ل
طبقات ثنائية.
- [لا] قريب (لا)
استخدم الإحداثيات النسبية لتغيير المربعات وقياس الناتج حسب متوسط الأبعاد.
معروف قضايا
· عند حساب كثافة الإلكترون ، يتم استخدام الأسماء الذرية بدلاً من الأنواع. هذا سيء.
استخدم gmx -ensity عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
