gmx-densorder - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-densorder - حساب تقلبات السطح

موجز

densorder gmx [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [أو [<.out> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
[-المشهد [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[حاليا] [- [لا] 1 د] [-وزن الجسم ]
[-bwn ] [-ترتيب ] [-محور ]
[-طريقة ] [- د 1 ] [- د 2 ]
[-tblock ] [-المستوى ]

الوصف

GMX دينسوردر يقلل من توزيع الكثافة على مرحلتين على طول المحور ، محسوبًا على MD
المسار ، إلى الأسطح ثنائية الأبعاد التي تتأرجح بمرور الوقت ، من خلال ملاءمتها لملف تعريف وظيفي لـ
الكثافات البينية. يمكن أن يكون التمثيل المكاني متوسط ​​الوقت للواجهات
الإخراج مع الخيار -تافج.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
xdr المحمولة تشغيل ملف الإدخال

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-n [<.ndx>] (index.ndx)
ملف الفهرس

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-o [<.dat>] (الكثافة4D.dat) (اختياري)
ملف بيانات عام

أو [<.out> [...]] (مرحبا خارج) (اختياري)
ملف الإخراج العام

-og [<.xpm> [...]] (واجهة xpm) (اختياري)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

-المشهد [<.out> [...]] (intfspect.out) (اختياري)
ملف الإخراج العام

خيارات أخرى:

-b 0
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e 0
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt 0
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

- [لا] 1 د (لا)
هندسة الواجهة الزائفة -1d

-وزن الجسم 0.2
عرض ثنائي لتوزيع الكثافة مماسي للواجهة

-bwn 0.05
عرض Binwidth لتوزيع الكثافة من الطبيعي إلى الواجهة

-ترتيب 0
ترتيب مرشح Gaussian ، الترتيب 0 يساوي عدم التصفية

-محور (Z)
اتجاه المحور - X ، Y أو Z

-طريقة (ينصف)
طريقة موقع الواجهة: شطر وظيفي

- د 1 0
مرحلة الكثافة الظاهرية 1 (صغير z)

- د 2 1000
مرحلة الكثافة الظاهرية 2 (كبيرة ض)

-tblock 100
عدد الإطارات في متوسط ​​كتلة زمنية واحدة

-المستوى 100
عدد مستويات الارتفاع في 2D - XPixMaps

استخدم gmx-densorder عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net