gmx-energy - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-energy - يكتب الطاقات إلى ملفات xvg ويعرض المتوسطات

موجز

طاقة gmx [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-فيول [<.xvg>]] [-أزواج [<.xvg>]] [-أورا [<.xvg>]]
[-أورت [<.xvg>]] [-ودا [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-تن [<.xvg>]] [-كور [<.xvg>]]
[-فيس [<.xvg>]] [-راغ [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[حاليا] [-xvg ] [-[بدون رسوم]
[- فيتيم ] [-صفر ] [- [لا] مجموع] [- [لا] موانئ دبي]
[-نبمين ] [-نبماكس ] [- [لا] متحولة] [-يتخطى ]
[- متوسط ​​[لا]] [-نمول ] [- [لا] fluct_props]
[- [لا] دريفت كور] [- [لا] fluc] [- [لا] أو في النهاية] [- [لا] أوفيك]
[-تقلب ] [- [لا] تطبيع] [-P ]
[- فيتفن ] [-البدء ] [-نظافه ]

الوصف

GMX طاقة يستخرج مكونات الطاقة أو بيانات ضبط المسافة من ملف الطاقة. ال
يُطلب من المستخدم تحديد شروط الطاقة المطلوبة بشكل تفاعلي.

يتم حساب المتوسط ​​، RMSD ، والانجراف بدقة كاملة من المحاكاة (انظر
دليل مطبوع). يتم حساب الانجراف عن طريق إجراء ملاءمة المربعات الصغرى للبيانات إلى ملف
خط مستقيم. إجمالي الانجراف المبلغ عنه هو اختلاف الملاءمة في الأول والأخير
نقطة. يتم إعطاء تقدير الخطأ للمتوسط ​​بناءً على متوسطات الكتلة التي تزيد عن 5 كتل
باستخدام متوسطات الدقة الكاملة. يمكن إجراء تقدير الخطأ عبر كتلة متعددة
أطوال مع الخيارات -نبمين و -نبماكس. ملاحظات أنه في معظم الحالات ملفات الطاقة
يحتوي على متوسطات عبر جميع خطوات MD ، أو على نقاط أكثر بكثير من عدد الإطارات في
ملف الطاقة. هذا يجعل GMX طاقة إخراج الإحصاءات أكثر دقة من .xvg
انتاج. ذكرت الإحصاءات عندما لا تكون المعدلات الدقيقة موجودة في ملف الطاقة
أعلاه ببساطة فوق قيم الطاقة الفردية لكل إطار.

يعطي مصطلح التذبذب RMSD حول ملاءمة المربعات الصغرى.

يمكن حساب بعض الخصائص المعتمدة على التقلبات بشرط شروط الطاقة الصحيحة
، وأن خيار سطر الأوامر - fluct_props معطى. الأتى
سيتم احتساب الخصائص:

┌────────────────────────────────┬──────────────── ─────┐
│ الملكية شروط الطاقة المطلوبة │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│ السعة الحرارية C_p (NPT sims): المحتوى الحراري ، درجة الحرارة │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│ السعة الحرارية C_v (NVT sims): Etot ، Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
معامل التمدد الحراري. (معاهدة حظر الانتشار النووي): │ المحتوى الحراري ، المجلد ، درجة الحرارة │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│ الانضغاط الحراري: Vol ، Temp
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
معامل الحجم الأديباتي: Vol ، Temp │
└────────────────────────────────┴──────────────── ─────┘

تحتاج دائمًا إلى تعيين عدد الجزيئات -نمول. حسابات C_p / C_v تفعل ليس
تتضمن أي تصحيحات للتأثيرات الكمية. استخدم ال GMX دوس برنامج إذا كنت بحاجة إلى ذلك (و
أنت تفعل).

عندما -فيول يتم تعيين الخيار ، الوقت الذي يتم فيه تحديد الانتهاكات المتوسطة وتشغيلها
يتم إعادة حساب مجموع الانتهاكات اللحظية ومتوسط ​​الوقت. بالإضافة إلى تشغيل
يمكن رسم المسافات الزمنية المتوسطة واللحظية بين الأزواج المختارة باستخدام
-أزواج الخيار.

مزيد من الخيارات -أورا, -أورت, -ودا, -odr و -odt تستخدم لتحليل بيانات ضبط الاتجاه.
يرسم الخياران الأولان الاتجاه ، بينما يرسم الخياران الثلاثة الأخيران انحرافات
التوجهات من القيم التجريبية. الخيارات التي تنتهي بـ "a" ترسم
متوسط ​​بمرور الوقت كدالة لضبط النفس. الخيارات التي تنتهي بـ "t" تطالب بامتداد
مستخدم لأرقام تسمية التقييد ورسم البيانات كدالة للوقت. خيار -odr
يرسم انحراف RMS كدالة لضبط النفس. عندما يتم استخدام الوقت أو المجموعة
قيود الاتجاه المتوسط ​​، الخيار -أو يمكن استخدامها لتحليل اللحظية ،
لا توجهات وانحرافات متوسطية المجموعة بدلاً من الوقت والتجمع
المتوسطات.

خيار -تن يرسم القيم الذاتية لموتر الترتيب الجزيئي لكل اتجاه
تجربة ضبط النفس. مع خيار -وفيك كما يتم رسم المتجهات الذاتية.

خيار -odh يستخرج ويرسم بيانات الطاقة المجانية (اختلافات Hamiltoian و / أو
مشتق هاميلتوني dhdl) من ener.edr ملف.

بدافع -مصاريف يتم حساب تقدير لفرق الطاقة الحرة مع الغاز المثالي
حالة:

دلتا أ = A (N ، V ، T) - A_idealgas (N ، V ، T) = kT ln ( )
دلتا G = G (N ، p ، T) - G_idealgas (N ، p ، T) = kT ln ( )

حيث k هو ثابت بولتزمان ، يتم تعيين T بواسطة - فيتيم والمتوسط ​​فوق المجموعة
(أو الوقت في المسار). لاحظ أن هذا صحيح من حيث المبدأ فقط عند حساب المتوسط
على كل مجموعة (Boltzmann) واستخدام الطاقة الكامنة. هذا يسمح أيضًا لـ
تقدير الانتروبيا باستخدام:

دلتا S (N ، V ، T) = S (N ، V ، T) - S_idealgas (N ، V ، T) = ( - دلتا أ) / ت
دلتا S (N ، p ، T) = S (N ، p ، T) - S_idealgas (N ، p ، T) = ( + pV - دلتا G) / T.

عندما يتم تحديد ملف الطاقة الثاني (-f2) ، يتم حساب فرق الطاقة الحرة:

مدافع = -kT ln ( _أ) ،

حيث E_A و E_B هما الطاقات من ملفي الطاقة الأول والثاني ، والمتوسط
فوق المجموعة أ. تتم طباعة متوسط ​​فرق الطاقة الحرة على أ
الملف المحدد بواسطة -راغ. ملاحظات أن كلا الطاقات يجب أن تحسب من نفس
مسار.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.edr>] (ener.edr)
ملف الطاقة

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (اختياري)
ملف الطاقة

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (اختياري)
xdr المحمولة تشغيل ملف الإدخال

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-o [<.xvg>] (طاقة. xvg)
xvgr / xmgr

-فيول [<.xvg>] (violaver.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-أزواج [<.xvg>] (أزواج. xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-أورا [<.xvg>] (orienta.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-أورت [<.xvg>] (orientt.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-ودا [<.xvg>] (orideva.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-odt [<.xvg>] (أوريدفت.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-تن [<.xvg>] (اوريتين.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-كور [<.xvg>] (enecorr.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-فيس [<.xvg>] (visco.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-راغ [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-odh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

خيارات أخرى:

-b 0
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e 0
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

-[بدون رسوم (لا)
قم بعمل تقدير مجاني للطاقة

- فيتيم 300
درجة الحرارة المرجعية لحساب الطاقة المجانية

-صفر 0
اطرح طاقة نقطة الصفر

- [لا] مجموع (لا)
اجمع مصطلحات الطاقة المختارة بدلاً من عرضها جميعًا

- [لا] موانئ دبي (لا)
طاقات طباعة بدقة عالية

-نبمين 5
الحد الأدنى لعدد الكتل لتقدير الخطأ

-نبماكس 5
العدد الأقصى للكتل لتقدير الخطأ

- [لا] متحولة (لا)
احسب عزم ثنائي القطب الكلي من المكونات

-يتخطى 0
تخطي عدد الإطارات بين نقاط البيانات

- متوسط ​​[لا] (لا)
قم أيضًا بطباعة المتوسط ​​الدقيق و rmsd المخزنة في إطارات الطاقة (فقط عند مصطلح واحد
مطلوب)

-نمول 1
عدد الجزيئات في عينتك: الطاقات مقسومة على هذا الرقم

- [لا] fluct_props (لا)
حساب الخصائص على أساس تقلبات الطاقة ، مثل السعة الحرارية

- [لا] دريفت كور (لا)
مفيد فقط لحساب خصائص التذبذب. الانجراف في
سيتم طرح العناصر القابلة للملاحظة قبل حساب خصائص التذبذب.

- [لا] fluc (لا)
احسب الارتباط التلقائي لتقلبات الطاقة بدلاً من الطاقة نفسها

- [لا] أو في النهاية (لا)
تحليل بيانات التوجيه اللحظية

- [لا] أوفيك (لا)
ارسم أيضًا المتجهات الذاتية باستخدام -تن

-تقلب (-1)
طول ACF ، الافتراضي هو نصف عدد الإطارات

- [لا] تطبيع (نعم)
تطبيع ACF

-P 0
ترتيب متعدد الحدود Legendre لـ ACF (0 يشير إلى لا شيء): 0 ، 1 ، 2 ، 3

- فيتفن (لا يوجد)
وظيفة مناسبة: لا شيء ، إكسب ، أكسب ، إكسب_كسب ، إكسب 5 ، إكسب 7 ، إكسب 9

-البدء 0
حان الوقت لبدء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط

-نظافه (-1)
الوقت الذي يتم فيه إنهاء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط ، -1 حتى
النهاية

استخدم gmx-energy عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net