gmx-sham - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-sham - حساب الطاقات الحرة أو الرسوم البيانية الأخرى من الرسوم البيانية

موجز

صور gmx [-f [<.xvg>]] [- جي [<.xvg>]] [-يني [<.xvg>]] [-طبيب [<.xvg>]]
[- التاريخ [<.xvg>]] [-سلة مهملات [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-لس [<.xpm>]] [-لش [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-LS3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[حاليا] [-xvg ]
[- [لا] وقت] [-b ] [-e ] [-تول ]
[-n ] [- [لا] د] [- [لا] صورية] [-تشام ]
[-pmin ] [-ديم ] [-نجريد ]
[-xmin ] [-xmax ] [-بماكس ]
[-جماكس ] [-من ] [ماكس ]
[-المستويات ]

الوصف

GMX الشام يصنع مؤامرات متعددة الأبعاد خالية من الطاقة والمحتوى الحراري والإنتروبيا. GMX الشام يقرأ
واحد أو أكثر .xvg ملفات ويحلل مجموعات البيانات. الغرض الأساسي من GMX الشام هو المؤامرة
المناظر الطبيعية الخالية من الطاقة في جيبس ​​(خيار -لس) بواسطة Bolzmann قلب متعدد الأبعاد
الرسوم البيانية (خيار -lp) ، ولكن يمكنها أيضًا أن تصنع المحتوى الحراري (خيار -لش) والإنتروبيا (خيار
-lss) المؤامرات. يمكن عمل الرسوم البيانية لأي كميات يوفرها المستخدم. خط في
قد يبدأ ملف الإدخال بوقت (انظر الخيار -زمن) وأي عدد من y-يمكن للقيم
يتبع. يمكن أيضًا قراءة مجموعات متعددة عندما تكون مفصولة بـ & (option -n)، في هذا
حالة واحدة فقط y- تتم قراءة القيمة من كل سطر. كل الأسطر التي تبدأ بـ # و @ هي
تم تخطيه.

خيار - جي يمكن استخدامها لتزويد ملف بالطاقات الحرة عندما لا تكون المجموعة بامتداد
فرقة بولتزمان ، ولكن يجب أن تكون متحيزة بهذه الطاقة الحرة. واحد قيمة الطاقة الحرة
مطلوب لكل نقطة بيانات (متعددة الأبعاد) في -f إدخال.

خيار -يني يمكن استخدامها لتزويد ملف بالطاقات. تستخدم هذه الطاقات كملف
دالة الترجيح في طريقة تحليل الرسم البياني الفردي بواسطة Kumar et al. متى
يتم توفير درجات الحرارة (كعمود ثان في الملف) ، ترجيح تجريبي
يتم تطبيق المخطط. بالإضافة إلى ذلك ، تُستخدم الصمامات في صنع مؤامرات المحتوى الحراري والإنتروبيا.

مع خيار -ديميمكن إعطاء أبعاد للمسافات. عندما تكون المسافة 2- أو
ثلاثي الأبعاد ، يزداد المحيط أو السطح المأخوذ من جسيمين مع
زيادة المسافة. اعتمادًا على ما يود المرء إظهاره ، يمكن للمرء أن يختار التصحيح
الرسم البياني والطاقة الحرة لتأثير الحجم هذا. يتم تطبيع الاحتمال بواسطة r
و r ^ 2 للأبعاد 2 و 3 على التوالي. يتم استخدام القيمة -1 للإشارة إلى
الزاوية بالدرجات بين متجهين: سيتم تطبيق تسوية الخطيئة (الزاوية). ملاحظات
بالنسبة للزوايا بين المتجهات ، يكون المنتج الداخلي أو جيب التمام هو الكمية الطبيعية لـ
استخدم ، حيث سينتج صناديق من نفس الحجم.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.xvg>] (رسم بياني xvg)
xvgr / xmgr

- جي [<.xvg>] (جيبس.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-يني [<.xvg>] (esham.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-طبيب [<.xvg>] (ener.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

- التاريخ [<.xvg>] (edist.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-سلة مهملات [<.ndx>] (bindex.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

-lp [<.xpm>] (احتمال xpm) (اختياري)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

-لس [<.xpm>] (جيبس.xpm) (اختياري)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

-لش [<.xpm>] (المحتوى الحراري. xpm) (اختياري)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

-lss [<.xpm>] (الانتروبيا.xpm) (اختياري)
ملف مصفوفة متوافق مع X PixMap

-LS3 [<.pdb>] (جيبس3.pdb) (اختياري)
ملف بنك بيانات البروتين

-g [<.log>] (shamlog.log) (اختياري)
ملف تسجيل

خيارات أخرى:

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS و .pdb ملفات

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

- [لا] وقت (نعم)
توقع وقتًا في الإدخال

-b (-1)
أول مرة للقراءة من المجموعة

-e (-1)
آخر وقت للقراءة من المجموعة

-تول 0
التسامح في الوقت المحدد بالوحدات المناسبة (عادةً ملاحظة)

-n 1
اقرأ هذا العدد من المجموعات مفصولة بأسطر تحتوي فقط على علامة العطف

- [لا] د (لا)
استخدم المشتق

- [لا] صورية (نعم)
قم بإيقاف تشغيل ترجيح الطاقة حتى لو تم توفير الطاقات

-تشام 298.15
درجة الحرارة لتحليل الرسم البياني الفردي

-pmin 0
الاحتمال الأدنى. أي شيء أقل من هذا سيتم ضبطه على صفر

-ديم (1 1 1)
مقاييس المسافات المستخدمة لتصحيح الحجم (3 قيم كحد أقصى ، الأبعاد> 3
سيحصل على نفس القيمة السابقة)

-نجريد (32 32 32)
عدد الصناديق للمناظر الطبيعية للطاقة (بحد أقصى 3 قيم ، والأبعاد> 3 ستحصل على
نفس القيمة السابقة)

-xmin (0 0 0)
الحد الأدنى للمحاور في المناظر الطبيعية للطاقة (انظر أعلاه> 3 أبعاد)

-xmax (1 1 1)
الحد الأقصى للمحاور في المناظر الطبيعية للطاقة (انظر أعلاه> 3 أبعاد)

-بماكس 0
الاحتمال الأقصى في الناتج ، الافتراضي هو الحساب

-جماكس 0
الحد الأقصى للطاقة الحرة في الناتج ، يتم حساب الافتراضي

-من 0
الحد الأدنى من المحتوى الحراري في الإخراج ، يتم حساب الافتراضي

ماكس 0
المحتوى الحراري الأقصى في المخرجات ، الافتراضي هو الحساب

-المستويات 25
عدد مستويات الطاقة الطبيعية

استخدم gmx-sham عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net