gsnap - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gsnap - برنامج محاذاة النوكليوتيدات الجينومية ذات القراءة القصيرة

موجز

com.gsnap [OPTIONS...] <فاستا ملف> ، or قطة | gmap [خيارات...]

OPTIONS

إدخال الخيارات (يجب تتضمن -d)
-D, - دير=دليل
دليل الجينوم. الافتراضي (كما هو محدد بواسطة --with-gmapdb إلى برنامج التكوين)
is /var/cache/gmap

-d, - ديسيبل=STRING
قاعدة بيانات الجينوم

--use-sarray=INT
ما إذا كان سيتم استخدام مصفوفة لاحقة، مما سيعطي سرعة متزايدة. القيم المسموح بها: 0
(لا)، 1 (نعم، بالإضافة إلى خوارزمية GSNAP/GMAP، الافتراضية)، أو 2 (نعم، واستخدم اللاحقة فقط
خوارزمية المصفوفة). لاحظ أن صفائف اللاحقة سوف تنحاز ضد أليلات SNP الموجودة
محاذاة متسامحة مع SNP.

-k, - كمر=INT
حجم الكيلومتر المراد استخدامه في قاعدة بيانات الجينوم (القيم المسموح بها: 16 أو أقل) إذا لم يتم تحديده،
سيجد البرنامج أعلى حجم متاح للكيلومترات في قاعدة بيانات الجينوم

--أخذ العينات=INT
أخذ العينات لاستخدامها في قاعدة بيانات الجينوم. إذا لم يتم تحديده، فسيقوم البرنامج بالعثور على الملف
أصغر قيمة أخذ عينات متاحة في قاعدة بيانات الجينوم ضمن حجم k-mer المحدد

-q, --جزء=INT/INT
قم بمعالجة i-th فقط من كل تسلسل n، على سبيل المثال، 0/100 أو 99/100 (مفيد لـ
توزيع الوظائف على مزرعة الكمبيوتر).

- حجم المخزن المؤقت للإدخال=INT
حجم المخزن المؤقت للإدخال (يقرأ البرنامج هذا العدد من التسلسلات في وقت واحد لتحقيق الكفاءة)
(الافتراضي 1000)

--طول الرمز الشريطي=INT
مقدار الباركود المراد إزالته من بداية القراءة (الافتراضي 0)

--اتجاه=STRING
اتجاه القراءات المزدوجة القيم المسموح بها: FR (fwd-rev، أو Illumina النموذجي؛
الافتراضي)، RF (rev-fwd، للإدراجات الدائرية)، أو FF (fwd-fwd، نفس الشريط)

--fastq-id-start=INT
موضع بداية المعرف في رأس FASTQ، مفصول بمسافة (>= 1)

--fastq-id-end=INT
موضع النهاية للمعرف في رأس FASTQ، مفصول بمسافة (>= 1)

أمثلة:

@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1
البداية=1، النهاية=1 (افتراضي) => المعرف هو HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0

@SRR001666.1 071112_SLXA-EAS1_s_7:5:1:817:345 length=36
البداية=1، النهاية=1 => المعرف هو SRR001666.1 البداية=2، النهاية=2 => المعرف هو
071112_SLXA-EAS1_s_7:5:1:817:345 البداية=1، النهاية=2 => المعرف هو SRR001666.1
071112_SLXA-EAS1_s_7:5:1:817:345

--قوة نهاية واحدة
عندما يتم توفير ملفات FASTQ متعددة في سطر الأوامر، يفترض GSNAP أنها كذلك
مطابقة الملفات ذات النهاية المقترنة. تتعامل هذه العلامة مع كل ملف على أنه ذو نهاية واحدة.

--تصفية العفة=STRING
يتخطى القراءات المميزة ببرنامج العفة Illumina. توقع سلسلة بعد
الانضمام الذي يحتوي على "Y" بعد النقطتين الأولتين، مثل هذا:

@ الانضمام 1:Y:0:CTTGTA
حيث يشير حرف "Y" إلى التصفية حسب العفة. القيم: إيقاف (افتراضي)، إما،
كلاهما. بالنسبة لـ "إما"، سيتم تصفية "Y" على طرفي القراءة المزدوجة.
بالنسبة إلى "كلاهما"، يلزم وجود "Y" على طرفي القراءة المزدوجة (أو على الطرف الوحيد
من قراءة واحدة نهاية).

--السماح بعدم تطابق الاسم
يسمح بأسماء الانضمام للقراءات بعدم التطابق في الملفات المزدوجة

- بندقية
قم بفك ضغط ملفات الإدخال المضغوطة

- بونزيب 2
قم بفك ضغط ملفات الإدخال المضغوطة بـ bzip2

خيارات الحساب

ملاحظة: يحتوي GSNAP على خوارزمية فائقة السرعة لحساب حالات عدم التطابق حتى و
بما فيها

((readlength+2)/kmer - 2) ("عدم التطابق فائق السرعة"). سيتم تشغيل البرنامج بشكل أسرع إذا
يقع الحد الأقصى لعدم التطابق (بالإضافة إلى المستويات دون المستوى الأمثل) ضمن تلك القيمة. أيضا، إندلس، على وجه الخصوص
indels النهائية، تستغرق وقتًا أطول للحساب، على الرغم من أن الخوارزمية لا تزال مصممة لتكون سريعة.

-B, --حزمة=INT
الوضع الدفعي (الافتراضي = 2)

الوضع يعوض مواضع مجموعة لاحقة الجينوم
0 انظر الملاحظة mmap mmap mmap
1 راجع الملاحظة mmap والتحميل المسبق mmap mmap
2 راجع الملاحظة mmap والتحميل المسبق mmap والتحميل المسبق mmap والتحميل المسبق
3 راجع الملاحظة: تخصيص mmap وتحميل مسبق mmap وتحميل مسبق
(افتراضي) 4 راجع الملاحظة، تخصيص، تخصيص mmap والتحميل المسبق
5 انظر الملاحظة تخصيص تخصيص تخصيص

ملاحظة: بالنسبة لتسلسل واحد، تستخدم كافة بنيات البيانات mmap
إذا لم يكن mmap متاحًا ولم يتم اختيار التخصيص، فسيتم استخدام fileio (بطيء جدًا)

ملاحظة حول الإزاحات: يمكن التحكم في توسيع الإزاحات
بشكل مستقل من قبل --توسيع الإزاحات علَم. ومع ذلك، يتم الوصول إلى الإزاحات
سريع نسبيًا في هذا الإصدار من GSNAP.

--استخدام الذاكرة المشتركة=INT
إذا كان 1 (افتراضي)، فستتم مشاركة الذاكرة المخصصة بين كافة العمليات الموجودة على هذه العقدة.
إذا كانت 0، فإن كل عملية لها ذاكرة خاصة مخصصة

--توسيع الإزاحات=INT
ما إذا كان سيتم توسيع قيم مؤشر الإزاحات الجينومية: 0 (لا، افتراضي)، أو 1 (نعم).
يوفر التوسيع محاذاة أسرع، ولكنه يتطلب المزيد من الذاكرة

-m, --الحد الأقصى لعدم التطابق=تطفو
الحد الأقصى لعدد حالات عدم التطابق المسموح بها (إذا لم يتم تحديدها، فسيتم تعيينها افتراضيًا على
مستوى فائق السرعة ((readlength+index_interval-1)/kmer - 2)) (افتراضيًا،
الفاصل الزمني لمؤشر الجينوم هو 3، ولكن يمكن تغيير ذلك عن طريق توفير قيمة مختلفة
لـ -q إلى gmap_build عند معالجة الجينوم.)

إذا تم تحديده بين 0.0 و1.0، فسيتم التعامل معه ككسر
من كل طول القراءة. وبخلاف ذلك، يتم التعامل معها على أنها عدد لا يتجزأ من حالات عدم التطابق
(بما في ذلك عقوبات indel والربط) بالنسبة لـ RNA-Seq، قد تحتاج إلى زيادة هذا
القيمة قليلاً لمحاذاة القراءات الممتدة بعد نهايات exon.

--دقيقة التغطية=تطفو
الحد الأدنى من التغطية المطلوبة للمحاذاة. إذا تم تحديده بين 0.0 و 1.0، إذن
يتم التعامل معها على أنها جزء من كل طول قراءة. وبخلاف ذلك، تعامل على أنها جزء لا يتجزأ
عدد أزواج القاعدة. القيمة الافتراضية هي 0.0.

--query-unk-mismatch=INT
ما إذا كان سيتم حساب الأحرف غير المعروفة (N) في الاستعلام باعتبارها غير متطابقة (0=لا (افتراضي)،
1=نعم)

- عدم تطابق الجينوم=INT
ما إذا كان سيتم حساب الأحرف غير المعروفة (N) في الجينوم باعتبارها غير متطابقة (0 = لا، 1 = نعم
(تقصير))

--maxsearch=INT
الحد الأقصى لعدد المحاذاة التي يمكن العثور عليها (الافتراضي 1000). يجب أن يكون أكبر من --npaths,
وهو الرقم الذي يجب الإبلاغ عنه. إن إبقاء هذا الرقم كبيرًا سيسمح بالعشوائية
الاختيار بين محاذاة متعددة. ويمكن أن يؤدي تقليل هذا العدد إلى تسريع عملية
برنامج.

-i, --indel-عقوبة=INT
عقوبة indel (الافتراضي 2). يسمح بالعد ضد حالات عدم التطابق. لايجاد
indels، اجعل عقوبة indel أقل من أو تساوي الحد الأقصى لعدم التطابق. قيمة <2 يمكن
يؤدي إلى نتائج إيجابية كاذبة في نهايات القراءة

--indel-endlength=INT
الحد الأدنى للطول المطلوب في النهاية لمحاذاة indel (الافتراضي 4)

-y, --max-middle-insertions=INT
الحد الأقصى لعدد الإدخالات الوسطى المسموح بها (الافتراضي 9)

-z, --الحد الأقصى للحذف الأوسط=INT الحد الأقصى لعدد عمليات الحذف الوسطى المسموح بها (الافتراضي 30)

-Y, --max-end-insertions=INT
الحد الأقصى لعدد عمليات الإدراج النهائية المسموح بها (الافتراضي 3)

-Z, --max-end-deletions=INT
الحد الأقصى لعدد عمليات الحذف النهائية المسموح بها (الافتراضي 6)

-M, --مستويات دون المستوى الأمثل=INT
قم بالإبلاغ عن النتائج دون المستوى الأمثل بما يتجاوز أفضل النتائج (الافتراضي 0) جميع النتائج التي حصلت على أفضل نتيجة زائد
تم الإبلاغ عن مستويات دون المستوى الأمثل

-a, --شريط المحول=STRING
طريقة إزالة المحولات من القراءات. القيم المسموح بها حاليًا: إيقاف، مقترن.
الافتراضي هو "إيقاف". للتشغيل، حدد "المقترن"، الذي يزيل المحولات من
يقرأ الطرف المزدوج إذا بدا أنه موجود.

--تقليم عدم تطابق النتيجة=INT
النتيجة المستخدمة في حالات عدم التطابق عند التشذيب عند الأطراف (الافتراضي هو -3; لإيقاف التشغيل
التشذيب، حدد 0). تحذير: إيقاف عملية التشذيب سيعطي نتيجة إيجابية كاذبة
عدم التطابق في نهايات القراءات

--trim-indel-score=INT
النتيجة المستخدمة في indels عند التشذيب عند الأطراف (الافتراضي هو -2; لإيقاف التشذيب ،
حدد 0). تحذير: سيؤدي إيقاف التشذيب إلى إعطاء مؤشرات إيجابية كاذبة عند
نهايات القراءات

-V, --snpsdir=STRING
دليل ملفات فهرس SNPs (التي تم إنشاؤها باستخدام snpindex) (الافتراضي هو موقع
ملفات فهرس الجينوم المحددة باستخدام -D و -d)

-v, --use-snps=STRING
استخدم قاعدة البيانات التي تحتوي على SNPs المعروفة (in .iit، تم إنشاؤه مسبقًا باستخدام
snpindex) للتسامح مع SNPs

--cmetdir=STRING
دليل ملفات فهرس الميثيل سيتوزين (تم إنشاؤه باستخدام cmetindex) (الافتراضي هو
موقع ملفات فهرس الجينوم المحددة باستخدام -D, -Vو -d)

--atoidir=STRING
دليل لملفات فهرس تحرير A-to-I RNA (التي تم إنشاؤها باستخدام atoiindex) (الافتراضي هو
موقع ملفات فهرس الجينوم المحددة باستخدام -D, -Vو -d)

--الوضع=STRING
وضع المحاذاة: قياسي (افتراضي)، مجدول cmet، مجدول cmet، مجدول atoi،
atoi-nonstranded، ttoc-stranded، أو ttoc-nonstranded. تتطلب الأوضاع غير القياسية
يجب أن تكون قد قمت مسبقًا بتشغيل برامج cmetindex أو atoiindex (والتي تغطي أيضًا
أوضاع ttoc) على الجينوم

-t, - nthread=INT
عدد خيوط العامل

خيارات لمحاذاة GMAP داخل GSNAP

--gmap-mode=STRING
حالات استخدام GMAP للمحاذاة المعقدة التي تحتوي على وصلات أو indels متعددة
القيم المسموح بها: لا شيء، الكل، البحث الزوجي، indel_knownsplice، المحطة الطرفية، التحسين

(أو قيم متعددة، مفصولة بفواصل).
الافتراضي: الكل، على سبيل المثال، Pairsearch,indel_knownsplice,terminal,improve

--trigger-score-for-gmap=INT
جرب البحث الزوجي GMAP في المناطق الجينومية القريبة إذا كانت أفضل نتيجة (إجمالي كلا الطرفين
إذا كانت النهاية مقترنة) تتجاوز هذه القيمة (الافتراضي 5)

- خرائط دقيقة بطول المباراة=INT
استمر في ضرب GMAP فقط إذا كان يحتوي على العديد من التطابقات المتتالية (الافتراضي 20)

--gmap-بدل=INT
عدم التطابق/درجة indel الإضافية المسموح بها لمحاذاة GMAP (الافتراضي 3)

--max-gmap-pairsearch=INT
قم بإجراء بحث ثنائي GMAP في المناطق الجينومية القريبة حتى هذا العدد الكبير من المرشحين
ينتهي (الافتراضي 50). يتطلب البحث الزوجي في --gmap-mode

--max-gmap-terminal=INT
تنفيذ محطة GMAP في المناطق الجينومية القريبة حتى هذه الغايات المرشحة
(الافتراضي 50). يتطلب محطة في --gmap-mode

--max-gmap-improvement=INT
قم بإجراء تحسين GMAP على المناطق الجينومية القريبة حتى هذه الغايات المرشحة العديدة
(الافتراضي 5). يتطلب تحسين في --gmap-mode

--microexon-spliceprob=تطفو
السماح بالميكروسونات فقط إذا كان أحد احتمالات موقع الوصلة أكبر من هذا
القيمة (الافتراضي 0.95)

خيارات الربط لـ DNA-Seq

--find-dna-chimeras=INT
ابحث عن الربط البعيد في بيانات DNA-Seq (0=لا (افتراضي)، 1=نعم) تلقائيًا
تم تعطيله لبيانات RNA-Seq إذا -N or -s تم تحديدها)

خيارات الربط لـ RNA-Seq

-N, --روايات الربط=INT
ابحث عن الربط الجديد (0=لا (افتراضي)، 1=نعم)

--splicingdir=STRING
دليل الربط الذي يتضمن مواقع معروفة أو إنترونات معروفة، كما هو محدد بواسطة
-s or --استخدام الربط العلم (الافتراضي هو الدليل المحسوب من -D و -d الأعلام).
ملاحظة: يمكن فقط إعطاء اسم المسار الكامل لملف -s العلم بدلا من ذلك.

-s, --استخدام الربط=STRING
ابحث عن الربط الذي يتضمن مواقع معروفة أو إنترونات معروفة (في .iit)، في
المسافات القصيرة أو الطويلة راجع تعليمات التمهيد للتمييز بين المسافات المعروفة
المواقع والإنترونات المعروفة

--ambig-splice-noclip
بالنسبة للربط الغامض المعروف في نهايات القراءة، لا تقم بالقص في موقع الربط،
ولكن تمتد بدلا من ذلك إلى الإنترون. هذه العلامة منطقية فقط إذا قمت بتوفير
--استخدام الربط العلم، وأنت تحاول إزالة جميع القصاصات الناعمة باستخدام
--تقليم عدم تطابق النتيجة=0

-w, --localsplicedist=INT
تعريف حدث الربط الجديد المحلي (الافتراضي 200000)

--رواية الربط=INT
المسافة للبحث عن وصلات جديدة في نهايات القراءات (الافتراضي 50000)

-e, -- عقوبة لصق محلية=INT
عقوبة الوصلة المحلية (الافتراضي 0). يسمح بالعد ضد حالات عدم التطابق

-E, - عقوبة لصق بعيدة=INT
عقوبة الوصلة البعيدة (الافتراضي 1). الوصلة البعيدة هي التي يوجد فيها الإنترون
الطول يتجاوز قيمة -w أو --localsplicedist، أو هو انقلاب، التدافع،
أو الانتقال بين اثنين من الكروموسومات المختلفة يتم احتسابه ضد عدم التطابق
سمح

-K, --distant-splice-endlength=INT
الحد الأدنى للطول المطلوب في النهاية للمحاذاة المقسمة البعيدة (افتراضي 20، دقيقة
المسموح به هو قيمة -k، أو حجم كيلومتر)

-l, --shortend-splice-endlength=INT
الحد الأدنى للطول المطلوب في النهاية للمحاذاة المقسمة ذات النهاية القصيرة (الافتراضي 2، ولكن
ما لم يتم توفير مواقع لصق معروفة مع -s العلم، قد لا يزال GSNAP بحاجة إلى
طول النهاية لتكون قيمة -kأو حجم كيلومتر للعثور على لصق معين

--هوية لصق بعيدة=تطفو
الحد الأدنى من الهوية في النهاية مطلوب للمحاذاة المقسمة البعيدة (الافتراضي 0.95)

--عقوبة متناقضة=INT
(غير مطبق حاليا لأنه يؤدي إلى نتائج سيئة) عقوبة
الربط المضاد عند استخدام بروتوكولات RNA-Seq المجدولة. قيمة إيجابية،
مثل 1، يتوقع التناقض في القراءة الأولى والشعور في القراءة الثانية.
القيمة الافتراضية هي 0، والتي تتعامل مع المعنى والمعنى بشكل متساوٍ

--merge-distant-samechr
قم بالإبلاغ عن التوصيلات البعيدة على نفس الكروموسوم كوصلة واحدة، إن أمكن.
سيتم إنتاج خط SAM واحد بدلاً من خطين SAM، وهو ما يتم أيضًا من أجله
عمليات النقل والانقلابات وأحداث التدافع

خيارات للقراءات نهاية المقترنة

--pairmax-dna=INT
الحد الأقصى لطول الجينوم الإجمالي لقراءات DNA-Seq المقترنة، أو القراءات الأخرى دون الربط
(الافتراضي 1000). تستخدم إذا -N or -s غير محدد.

--pairmax-rna=INT
الحد الأقصى لطول الجينوم الإجمالي لقراءات RNA-Seq المقترنة، أو القراءات الأخرى التي يمكن أن تحتوي على
لصق (الافتراضي 200000). تستخدم إذا -N or -s محدد. ربما ينبغي أن تتطابق مع
قيمة ل -w, --localsplicedist.

--pairexpect=INT
طول الطرف المزدوج المتوقع، يستخدم لاستدعاء التوصيلات في الجزء الأوسط من الطرف المزدوج
يقرأ (الافتراضي 200). تم إيقافه في الإصدارات السابقة، ولكن تم إعادته.

--pairdev=INT
الانحراف المسموح به عن طول الطرف المزدوج المتوقع، المستخدم لاستدعاء التوصيلات
الجزء الأوسط من القراءات المزدوجة (الافتراضي 100). تم إيقافه في السابق
الإصدارات، ولكن أعيد.

خيارات لنقاط الجودة

--بروتوكول الجودة=STRING
بروتوكول لدرجات جودة المدخلات. القيم المسموح بها: الإضاءة (ASCII 64-126)
(أي ما يعادل -J 64 -j -31) سانجر (ASCII 33-126) (أي ما يعادل -J 33 -j 0)

الافتراضي هو سانجر (لا يوجد تغيير في جودة الطباعة)
يجب أن تحتوي ملفات إخراج SAM على درجات الجودة في بروتوكول سانجر

أو يمكنك تخصيص هذا السلوك باستخدام هذه العلامات:

-J, --الجودة-درجة الصفر=INT
درجات جودة FASTQ هي صفر عند قيمة ASCII (الافتراضي هو 33 لـ sanger
بروتوكول؛ بالنسبة لـ Illumina، حدد 64)

-j, --جودة الطباعة-التحول=INT
تحويل درجات الجودة FASTQ بهذا المقدار في الإخراج (الافتراضي هو 0 لـ sanger
بروتوكول؛ لتغيير إدخال Illumina إلى إخراج Sanger، حدد -31)

خيارات الإخراج

-n, --npaths=INT
الحد الأقصى لعدد المسارات للطباعة (الافتراضي 100).

-Q, --هادئ إذا كان مفرطا
إذا تم العثور على أكثر من الحد الأقصى لعدد المسارات، فلن تتم طباعة أي شيء.

-O, --أمر
طباعة المخرجات بنفس ترتيب الإدخال (مناسب فقط إذا كان هناك أكثر من عامل واحد
مسلك)

--show-refdiff
بالنسبة لمخرجات GSNAP في محاذاة متسامحة مع SNP، يُظهر جميع الاختلافات المتعلقة بـ
الجينوم المرجعي كحالة صغيرة (وإلا فإنه يظهر جميع الاختلافات المتعلقة بـ
كل من المرجع والجينوم البديل)

--clip-overlap
بالنسبة للقراءات ذات النهاية المقترنة التي تتداخل محاذاةها، قم بقص المنطقة المتداخلة.

--دمج التداخل
بالنسبة للقراءات ذات النهاية المقترنة التي تتداخل محاذاةها، قم بدمج الطرفين في نهاية واحدة
(تنفيذ بيتا)

--طباعة snps
طباعة معلومات مفصلة حول SNPs في القراءات (يعمل فقط إذا -v تم التحديد أيضًا)
(لم يتم تنفيذه بالكامل بعد)

--فشل فقط
طباعة المحاذاة الفاشلة فقط، تلك التي ليس لها نتائج

--nofils
استبعاد طباعة المحاذاة الفاشلة

-A, --صيغة=STRING
نوع تنسيق آخر غير الافتراضي. المطبق حاليًا: sam، m8 (BLAST
تنسيق جدولي)

--تقسيم الإخراج=STRING
الاسم الأساسي لإخراج ملفات متعددة، بشكل منفصل لـ nomapping، halfmapping_uniq،
halfmapping_mult، unpaired_uniq، unpaired_mult، Paired_uniq، Paired_mult،
نتائج concordant_uniq وconcordant_mult

-o, --ملف إلاخراج=STRING
اسم الملف لدفق واحد من نتائج الإخراج.

--فشل الإدخال=STRING
قم بطباعة المحاذاة الفاشلة تمامًا كمدخل بتنسيق FASTA أو FASTQ، إلى المعطى
ملف، بإلحاق .1 أو .2، للبيانات المقترنة. إذا --تقسيم الإخراج العلم هو أيضا
نظرًا لأنه يتم إنشاء هذا الملف بالإضافة إلى الإخراج الموجود في الملف ‎.nomapping.

- إلحاق الإخراج
متى --تقسيم الإخراج or --فشل الإدخال يتم إعطاء هذه العلامة، وسوف تقوم بإلحاق الإخراج إلى
الملفات الموجودة. وإلا، فإن الإعداد الافتراضي هو إنشاء ملفات جديدة.

--الترتيب بين الأفضل=STRING
من بين التحالفات المرتبطة بأفضل النقاط، قم بترتيب تلك التحالفات بهذا الترتيب.
القيم المسموح بها: الجينومية والعشوائية (افتراضي)

--حجم المخزن المؤقت للإخراج=INT
حجم المخزن المؤقت، في الاستعلامات، لسلسلة الإخراج (الافتراضي 1000). عندما يكون عدد
تتجاوز النتائج المراد طباعتها هذا الحجم، ويتم إيقاف سلاسل العمليات حتى
يتم مسح التراكم

خيارات لإخراج SAM

--no-sam-headers
لا تطبع الرؤوس التي تبدأ بـ "@"

--add-paired-nomappers
قم بإضافة خطوط nomapper حسب الحاجة لجعل جميع نتائج النهاية المزدوجة تتناوب بين النتائج الأولى
النهاية والنهاية الثانية

--العلم المقترن يعني المتوافقة=INT
ما إذا كانت البتة المقترنة في أعلام SAM تعني متوافقة فقط (1) أو زائد مقترنة
متوافق (0، افتراضي)

--sam-headers-batch=INT
رؤوس الطباعة فقط لهذه الدفعة، كما هو محدد بواسطة -q

--sam-use-0M
أدخل 0M في CIGAR بين عمليات الإدراج والحذف المجاورة التي يتطلبها Picard،
ولكن يمكن أن يسبب أخطاء في الأدوات الأخرى

--sam-multiple-primary
يسمح بوضع علامة على التحالفات المتعددة على أنها أساسية إذا كانت جيدة بنفس القدر
عشرات رسم الخرائط

--force-xs-dir
بالنسبة لمحاذاة RNA-Seq، لا يسمح بـ XS:A:؟ عندما يكون الاتجاه الحسي غير واضح، و
يستبدل هذه القيمة بشكل تعسفي بـ XS:A:+. قد يكون مفيدا لبعض البرامج، مثل
مثل أزرار الأكمام، التي لا يمكنها التعامل مع XS:A:؟. ومع ذلك، إذا كنت تستخدم هذا العلم، فإن
لن تكون القيمة المبلغ عنها لـ XS:A:+ ذات معنى.

--md-أحرف صغيرة-snp
في سلسلة MD، عندما يتم إعطاء SNPs المعروفة بواسطة -v العلم، يطبع الفرق
تكون النيوكليوتيدات بأحرف صغيرة عندما تختلف عن المرجع ولكنها تتطابق مع معلومة معروفة
أليل بديل

--تمديد-مقاطع ناعمة
يوسع المحاذاة من خلال المناطق المقطوعة بشكل ناعم

--الإجراء-إذا-خطأ-السيجار
الإجراء الذي يجب اتخاذه في حالة وجود خلاف بين طول السيجار وطول التسلسل
القيم المسموح بها: تجاهل، تحذير، noprint (افتراضي)، إحباط

--قراءة معرف المجموعة=STRING
القيمة المراد وضعها في حقل معرف مجموعة القراءة (RG-ID).

--قراءة اسم المجموعة=STRING
القيمة المراد وضعها في حقل اسم مجموعة القراءة (RG-SM).

--قراءة-مكتبة المجموعة=STRING
القيمة المطلوب وضعها في حقل مكتبة مجموعة القراءة (RG-LB).

--قراءة منصة المجموعة=STRING
القيمة المراد وضعها في حقل مكتبة مجموعة القراءة (RG-PL).

خيارات المساعدة

--التحقق من
التحقق من افتراضات المترجم

--الإصدار
عرض الإصدار

--مساعدة إظهار رسالة المساعدة هذه

توجد أدوات أخرى لمجموعة GMAP في / usr / lib / gmap

استخدم gsnap عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net