هذا هو الأمر gtf2gff3p الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gtf2gff3 - يحول الملفات بتنسيق GTF إلى ملفات GFF3 صالحة
VERSION
يصف هذا المستند الإصدار 0.1
موجز
gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file> gff3_file
الوصف
سيقوم هذا البرنامج النصي بتحويل الملفات بتنسيق GTF إلى ملفات صالحة بتنسيق GFF3. سوف الخريطة
القيمة الموجودة في العمود 3 (العمود \ "النوع \") إلى SO صالحة ، ولكن لأن العديد من المصطلح غير قياسي
قد تظهر في هذا العمود في ملفات GTF ، يمكنك تحرير ملف التكوين لتقديم الملف الخاص بك
ميزة GTF لرسم خرائط SO. سيقوم البرنامج النصي أيضًا ببناء نماذج جينية من exons و CDS و
الميزات الأخرى الواردة في ملف GTF. يتم اختباره حاليًا على Ensemble و Twinscan
GTF ، ويجب أن يعمل على أي ملفات أخرى تتبع نفس المواصفات. نعم هو كذلك
لا تعمل على GTF من مستعرض جدول UCSC لأن هذه الملفات تستخدم نفس المعرف للجين
ونسخة ، لذلك من المستحيل تجميع نسخ متعددة لجين. انظر
اقرأني الذي جاء مع البرنامج النصي لمزيد من المعلومات.
والخيارات:
- cfg
قم بتوفير اسم الملف لملف التكوين. انظر ملف التكوين المقدم مع هذا
البرنامج النصي لتفاصيل التنسيق. استخدم ملف التكوين هذا لتعديل سلوك ملف
النصي. إذا لم يتم توفير ملف التكوين ، فإنه يبحث عن ./gtf2gff3.cfg ، ~ / gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg بهذا الترتيب.
--مساعدة
قم بتوفير رسالة تعليمات مفصلة حول نمط صفحة الدليل ثم قم بإنهاء.
DIAGNOSTICS
"خطأ: سمات مفقودة أو غير قياسية: parse_attributes"
لا يحتوي السطر في ملف GTF على أي سمات ، أو أن عمود السمات كان
غير قابل للتحليل.
"خطأ: ميزة الجينات غير المكتوبة غير مدعومة. يُرجى الاتصال بالمؤلف للحصول على الدعم:
build_gene "
يشير هذا التحذير إلى أنه تم تخطي سطر لأنه يحتوي على نص غير نصي
الجين ، والكود غير مجهز حاليًا للتعامل مع هذا النوع من الميزات.
ربما لا يصعب إضافة هذا ، لذا اتصل بي إذا تلقيت هذا الخطأ وستفعل ذلك
ترغب في دعم هذه الميزات.
"خطأ: يجب أن يكون لديك على الأقل exons أو CDS لإنشاء نسخة: build_trnsc"
تحتوي بعض الميزات على transcript_id ومع ذلك لم تكن هناك exons أو CDS مرتبطة بها
أن transcript_id لذلك فشل البرنامج النصي في إنشاء نسخة.
"خطأ: تعارض seq_id: validate_and_finish_trnsc"
تم العثور على ميزتين في نفس النص لا يشتركان في نفس seq_id.
"خطأ: تعارض المصدر: Validate_and_finish_trnsc"
تم العثور على ميزتين في نفس النص لا يشتركان في نفس المصدر.
"خطأ: نوع التعارض: Validate_and_finish_trnsc"
تم العثور على ميزتين في نفس النص كان من المتوقع مشاركتهما
اكتب ومع ذلك لم يفعلوا.
"خطأ: تعارض strand: validate_and_finish_trnsc"
تم العثور على ميزتين في نفس النص لا يشتركان في نفس الخيط.
"خطأ: تعارض seq_id: validate_and_build_gene"
تم العثور على ميزتين في نفس الجين لا يشتركان في نفس seq_id.
"خطأ: تعارض المصدر: Validate_and_build_gene"
تم العثور على سمتين في نفس الجين لا يشتركان في نفس المصدر.
"خطأ: تعارض strand: validate_and_build_gene"
وجدت سمتين في نفس الجين لا تشتركان في نفس الخيط.
"خطأ: تعارض gene_id: Validate_and_build_gene"
تم العثور على سمتين في نفس الجين لا يشتركان في نفس معرف الجين.
"FATAL: لا يمكن فتح ملف GTF: file_name للقراءة."
تعذر فتح ملف GTF للقراءة.
"فادح: بحاجة إلى exons أو CDS لإنشاء النصوص: process_start"
تم وضع تعليقات توضيحية على ميزة start_codon ومع ذلك لم تكن هناك exons أو CDS مرتبطة
مع معرف_الترنس_هذا لذا فشل النص البرمجي.
"FATAL: رمز لم يتم اختباره في process_start. اتصل بأورثور للحصول على الدعم."
تمت كتابة البرنامج النصي لاستنتاج كودون البدء بناءً على وجود 5 'UTR ، لكننا
لم يكن لدينا مثال GTF من هذا النوع عندما كتبنا الكود ، لذلك قتلنا العملية بدلاً من ذلك
من تشغيل التعليمات البرمجية غير المختبرة. اتصل بالمؤلف للحصول على الدعم.
"FATAL: مجموعة ميزات غير صالحة: process_start"
حاولنا النظر في جميع الطرق الممكنة لاستنتاج كودون البدء أو استنتاج aa non-
الجين الترميز ، ومع ذلك فقد فشلنا. تركيبة الميزات الجينية الخاصة بك لا تصنع
بمعنى لنا. يجب ألا تحصل على هذا الخطأ أبدًا ، وإذا حدث ذلك ، فنحن نرغب حقًا في رؤيته
ملف GTF الذي أنشأه. يرجى الاتصال بالمؤلف للحصول على الدعم.
"فادح: بحاجة إلى exons أو CDS لإنشاء النصوص: process_stop"
تم وضع تعليقات توضيحية على ميزة stop_codon ومع ذلك لم تكن هناك exons أو CDS مرتبطة بها
أن transcript_id لذلك فشل البرنامج النصي.
"FATAL: رمز لم يتم اختباره في process_stop. اتصل بأورثور للحصول على الدعم."
تمت كتابة البرنامج النصي لاستنتاج رمز التوقف بناءً على وجود 3 'UTR ، لكننا
لم يكن لدينا مثال GTF من هذا النوع عندما كتبنا الكود ، لذلك قتلنا العملية بدلاً من ذلك
من تشغيل التعليمات البرمجية غير المختبرة. اتصل بالمؤلف للحصول على الدعم.
"FATAL: مجموعة ميزات غير صالحة: process_stop"
حاولنا النظر في جميع الطرق الممكنة لاستنتاج كودون التوقف أو استنتاج aa non-
الجين الترميز ، ومع ذلك فقد فشلنا. تركيبة الميزات الجينية الخاصة بك لا تصنع
بمعنى لنا. يجب ألا تحصل على هذا الخطأ أبدًا ، وإذا حدث ذلك ، فنحن نرغب حقًا في رؤيته
ملف GTF الذي أنشأه. يرجى الاتصال بالمؤلف للحصول على الدعم.
"فادح: مجموعة ميزات غير صالحة: process_exon_CDS_UTR"
لقد حاولنا النظر في جميع الطرق الممكنة لاستنتاج exons و CDS و UTRs ومع ذلك فقد قمنا بذلك
فشل. تركيبة ميزاتك الجينية ليست منطقية بالنسبة لنا. أنت حقا
يجب أن يظهر هذا الخطأ على الإطلاق ، وإذا حدث ذلك ، فنحن نرغب حقًا في رؤية ملف GTF
ولدت ذلك. يرجى الاتصال بالمؤلف للحصول على الدعم.
"FATAL: مرجع صفيف مطلوب: sort_features."
يجب ألا يكون المستخدم قادرًا على تشغيل هذا الخطأ. يكاد يكون من المؤكد أنه يشير إلى أ
علة البرمجيات. يرجى الاتصال بالمؤلف.
"FATAL: لا يمكن تحديد حبلا في: sort_feature_types."
قد يشير هذا إلى أن ملف GTF الخاص بك لا يشير إلى حبلا للميزات التي
تطلب ذلك. قد يشير أيضًا إلى خطأ في البرنامج. الرجاء الاتصال بالمؤلف.
"FATAL: مرجع تجزئة مطلوب: sort_feature_types."
يجب ألا يكون المستخدم قادرًا على تشغيل هذا الخطأ. يكاد يكون من المؤكد أنه يشير إلى أ
علة البرمجيات. يرجى الاتصال بالمؤلف.
"FATAL: تم تمرير قيمة غير صالحة إلى حبلا: حبلا."
قد يشير هذا إلى أن ملف GTF الخاص بك لا يشير إلى حبلا للميزات التي
تطلب ذلك. ضع في اعتبارك استخدام المعلمة DEFAULT_STRAND في ملف التكوين. ممكن
يشير أيضًا إلى خطأ في البرنامج. الرجاء الاتصال بالمؤلف.
CONFIGURATION لأي لبس البيئة
يتم توفير ملف التكوين مع هذا البرنامج النصي. السيناريو سوف يبحث عن ذلك
ملف التكوين بتنسيق ./gtf2gff3.cfg ، ~ / gtf2gff3.cfg أو /etc/gtf2gff3.cfg بهذا الترتيب.
إذا لم يتم العثور على ملف التكوين في أحد هذه المواقع ولم يتم توفير واحد
عبر علامة --cfg ستحاول اختيار بعض الإعدادات الافتراضية المعقولة ، لكن يجب عليك فعلاً توفيرها
ملف التكوين. انظر ملف التكوين المقدم نفسه بالإضافة إلى الملف التمهيدي
التي تأتي مع هذه الحزمة للتنسيق والتفاصيل حول ملف التكوين.
التبعيات
يتطلب هذا البرنامج النصي حزم perl التالية المتوفرة من CPAN
(www.cpan.org).
Getopt :: Long؛ استخدام التكوين :: الأمراض المنقولة جنسيا ؛
عدم التوافق
بلا ذكرت.
استخدم gtf2gff3p عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
