هذه هي أوامر headPolishes التي يمكن تشغيلها في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
sim4dbutils - أدوات مساعدة للعمل مع ملفات المحاذاة التي تم إنشاؤها بواسطة sim4db
convertPolishes - التحويل بين تنسيقات sim4db و GFF3
ملمعات التصفية - محاذاة المرشح بناءً على هوية التسلسل والتغطية والطول.
mergePolishes - دمج المحاذاة من ملفات متعددة
SortPolishes - فرز المحاذاة بواسطة cDNA أو فهرس التسلسل الجيني أو اسم التسلسل
؛ convertToExtent - التحويل من تنسيق sim4db إلى تنسيق محدد بعلامات جدولة من سطر واحد
fixPolishesIID - يحدّث ملف sim4db لاستخدام فهرس التسلسل لملف fasta معين.
يمكن أيضًا استخدامها لاستخراج مجموعة فرعية من المحاذاة من ملف sim4db.
عمق التلميع - لإخراج رسم بياني محدد بعلامات جدولة لعمق التلميع في مختلف
أحجام النوافذ.
تلميع الرأس - اطبع محاذاة N الأولى في ملف ، على غرار رئيس1
pickBestPolish - الإبلاغ فقط عن "أفضل" محاذاة لكل cDNA
pickUniquePolish - تقارير المحاذاة حيث يوجد أفضل محاذاة واحدة واضحة لها
كل [كدنا].
plotCoverageVsIdentity - يولد (1) رسم بياني للهوية المئوية ، (2) أ
الرسم البياني للتغطية المئوية ، و (3) قائمة النسبة المئوية للهوية والتغطية (لـ
استخدم في مخطط مبعثر).
uniqPolishes - تقوم بتصفية جميع المحاذاة لـ cDNA مع محاذاة متعددة (-uniq) أو
بمحاذاة واحدة (-dupl). مشابه ل فريد1
realignPolishes - إعادة حساب المحاذاة المدرجة في ملف sim4db.
reportAlignmentDifferences - يولد مدرج تكراري لأنواع الأخطاء في مجموعة من
المحاذاة غير معتمد و
مقارنة - تلميع - ربط المحاذاة في ملفين.
convertToAtac - يحول من تنسيق sim4db إلى تنسيق ATAC.
DiscoverChimera - يفحص المحاذاة للتسلسلات التي قد تكون خيالية.
mappedCoverage - يوضح مقدار تسلسل الاستعلام (EST ، cDNA) الذي يتم تغطيته بواسطة
المحاذاة.
parseSNP - يحلل محاذاة تعدد الأشكال.
removeDuplicate - يبحث في الإدخال عن محاذاة مكررة.
vennPolishes - يولد مخطط Venn لملفات sim4db متعددة. مستعملة داخليا by
ESTMapper تنظيف ملمعات
تلخيصالملمعات
الوصف
هذه البرامج هي مجموعة من المرافق للعمل معها sim4db(1) ملفات المحاذاة التي تم إنشاؤها.
استخدم headPolishes عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
