هذا هو الأمر hmm-assembler.pl الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
hmm-assembler.pl - وحدة SNAP hmm-assembler.pl
موجز
همم-assembler.pl [-والخيارات [-MORE_OPTIONS]] [--] [PROGRAM_ARG1 ...]
OPTIONS
• متابعيك حرف واحد الخيارات . قبلت:
بالحجج: -i -e -A -D -M -S -C -I -N -a -3 -5 -Z -c
قيمة منطقية (بدون وسيطات): -r -o -x -p -t -1
يمكن دمج الخيارات معًا. -- توقف عن معالجة الخيارات. الفضاء غير مطلوب
بين الخيارات وحججها.
خيارات:
-i [500]
-e [1000]
-A [0:30]
-D [0:9]
-M [0:15]
-S [0:9]
-C [4]
-I [4]
-N [4]
-3 [] تشمل 3'UTR نموذج يتطلب -a
-a يتطلب [] تضمين نموذج PolyA -3
-5 [] تشمل 5'UTR moel ، يتطلب -p
-p يتضمن نموذج المروج العام ، يتطلب -5
-r تشمل نموذج التكرار العام
-o تشمل نموذج ORF العكسي
-x استخدام نموذج intron صريح المدة
-t تشمل C.elegans trans-splicing ، يتطلب -p, -5
-Z يحدد القيم الخاصة بالكتلة (دودة ، ذبابة ، نبات)
-1 نموذج جين واحد
-c
تشمل نموذج مانح لصق GC-AG
استخدم hmm-assembler.pl عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
