هذا هو الأمر idba الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
idba_hybrid - مجمع الرسم البياني التكراري لبروين لبيانات التسلسل الهجين
موجز
idba_hybrid -r read.fa -o الإخراج_dir [--المرجعي المرجع]
الوصف
IDBA-Tran هو مجمع قراءة قصير متكرر من De Bruijn Graph De Novo للنسخة.
إنه مُجمّع de novo محض يعتمد على قراءات تسلسل RNA فقط. يستخدم IDBA-Tran ملفات
التجميع لإعادة بناء k-mers المفقودة في النصوص منخفضة التعبير ثم توظف
قطع تدريجي على contigs لفصل الرسم البياني إلى مكونات. كل مكون
يتوافق مع جين واحد في معظم الحالات ولا يحتوي على العديد من النصوص. ارشادي
ثم يتم استخدام الخوارزمية القائمة على قراءات نهاية الزوج للعثور على الأشكال الإسوية.
OPTIONS
-o, --خارج arg (= خارج)
دليل الإخراج
-r, --يقرأ الأرجنتين
فاستا قراءة ملف (<= 128)
--read_level_2 الأرجنتين
يقرأ الطرف المقترن fasta لسقالات المستوى الثاني
--read_level_3 الأرجنتين
يقرأ الطرف المقترن fasta لسقالات المستوى الثالث
--read_level_4 الأرجنتين
نهاية مزدوجة تقرأ fasta لسقالات المستوى الرابع
--read_level_5 الأرجنتين
نهاية مقترنة تقرأ fasta لسقالات المستوى الخامس
-l, --قراءة طويلة الأرجنتين
فاستا ملف قراءة طويل (> 128)
--المرجعي الأرجنتين
الجينوم المرجعي
- التفكير أرج (= 20)
الحد الأدنى لقيمة k (<= 124)
- ماكسك أرج (= 100)
الحد الأقصى لقيمة k (<= 124)
--خطوة أرج (= 20)
زيادة k-mer لكل تكرار
- inner_mink أرج (= 10)
الحد الأدنى لقيمة k الداخلية
- inner_step أرج (= 5)
الزيادة الداخلية لـ k-mer
--اختصار أرج (= 3)
طول البادئة المستخدمة لبناء جدول فرعي k-mer
- min_count أرج (= 2)
الحد الأدنى من التعددية لتصفية k-mer عند إنشاء الرسم البياني
- min_support أرج (= 1)
الحد الأدنى من الدعم في كل تكرار
- عدد_خيوط أرج (= 0)
عدد المواضيع
- البذور_كمير أرج (= 30)
حجم كمر البذور للمحاذاة
- min_contig أرج (= 200)
الحد الأدنى لحجم contig
- min_region أرج (= 500)
الحد الأدنى لحجم المنطقة في الجينوم المرجعي
--مشابه أرج (= 0.95)
تشابه المحاذاة
- الحد الأقصى للتطابق أرج (= 3)
أقصى عدم تطابق لتصحيح الخطأ
- min_pairs أرج (= 3)
الحد الأدنى لعدد الأزواج
- الحد الأقصى للفجوة أرج (= 50)
أقصى فجوة في الإشارة
- لا محلي
لا تستخدم التجميع المحلي
--لا توجد تغطية
لا تتكرر على التغطية
--لا تصحيح
لا تصحح
- التصحيح المسبق
إجراء التصحيح المسبق قبل التجميع
استخدم idba عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
