هذا هو الأمر indigo-depict الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
تصوير النيلي - فائدة تقديم الجزيء والتفاعل
موجز
نيلي يصور ملف.{مول،rxn،cml،smi} ملف خارجي.{png,svg,pdf} [المعلمات]
نيلي يصور ملف.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [المعلمات]
نيلي يصور infile.smi ملف خارجي.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [المعلمات]
نيلي يصور - SMILES ملف خارجي.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [المعلمات]
نيلي يصور -مساعدة
الوصف
نيلي يصور يستخدم لتصوير الجزيئات.
OPTIONS
نيلي يصور يمكن قراءة ملفات الإدخال أو رمز SMILES من الإدخال القياسي. يمكن أن تكون هذه
متبوعًا بواحد أو أكثر من المعلمات التالية.
-w
عرض الصورة بالبكسل
-h
ارتفاع الصورة بالبكسل
-رابطة
متوسط طول الرابطة بالبكسل
- الهوامش
الهوامش الأفقية والرأسية بالبكسل. لا توجد هوامش بشكل افتراضي
-سماكة
ضبط عامل السُمك النسبي. الافتراضي هو 1.0
-عرض الخط
تعيين عامل عرض خط السندات. الافتراضي هو 1.0
-ضع الكلمة المناسبة
ضبط وضع عرض تسمية الذرة. الافتراضي هو محطة مغاير
-هيدرو
عرض الهيدروجين الضمني. الافتراضي هو on
-[دي] أروم
قوة [دي] العطرية
-ستيريو
وضع عرض المجموعات المجسمة. الافتراضي هو قديم
-cdbwsa
الروابط المزدوجة المركزية التي لها رابطة استريو مجاورة (معطلة افتراضيًا)
-استفسار التعامل مع الإدخال كجزيء استعلام أو تفاعل (معطل افتراضيًا)
-الذكاء
التعامل مع الإدخال باعتباره جزيء أو تفاعل استعلام SMARTS (معطل افتراضيًا)
-idfield
سيتم وضع حقل SDF/RDF بدلاً من '%s' في أسماء الملفات المحفوظة (الافتراضي هو
رقم الجزيء/التفاعل)
-المحفزات
رد فعل المحفزات وضع WRT السهم. الافتراضي هو فوق و تحت
-تعليق
تعليق نصي ليتم وضعه فوق الجزيء أو التفاعل. لا توجد قيمة افتراضية
- إزاحة التعليق
المسافة العمودية (بالبكسل) بين التعليق والبنية
- حقل التعليق
استخدم حقل SDF/RDF المحدد كتعليق
-اسم التعليق
استخدم اسم الجزيء/التفاعل كتعليق
-حجم التعليق
عامل حجم خط التعليق النصي بالنسبة لسمك الرابطة. الافتراضي هو 6
-تعليق
موضع التعليق النصي (أسفل افتراضيًا)
-تعليق محاذاة <0..1>
محاذاة التعليق النصي، قيمة عائمة: 0 = يسار ، 0.5 = المركز، 1 = صحيح
-تلوين
تمكين/تعطيل التلوين. الافتراضي هو on
-هلثيك
تمكين التمييز بخطوط سميكة وأحرف غامقة
-hlcolor
تمكين تسليط الضوء على اللون. يجب أن تكون قيم المكونات في النطاق [0 255 ..]
-bgcolor
ضبط لون الخلفية. يجب أن تكون قيم المكونات في النطاق [0 255 ..]
-اللون الأساسي
قم بتعيين اللون الأمامي الافتراضي. يجب أن تكون قيم المكونات في النطاق [0 255 ..]
-amcolor
ضبط لون مؤشرات AAM. يجب أن تكون قيم المكونات في النطاق [0 255 ..]
-dsgcolor
ضبط لون البيانات SGroups. يجب أن تكون قيم المكونات في النطاق [0 255 ..]
-لون التعليق
تحديد لون التعليق. يجب أن تكون قيم المكونات في النطاق [0 255 ..]
-الأرقام الذرية
إظهار الأرقام الذرية (لأغراض التصحيح فقط)
-أرقام السندات
إظهار أرقام السندات (لأغراض التصحيح فقط)
-واحد
بدء مؤشرات الذرة والسندات من واحد. الافتراضي هو من الصفر
-مساعدة اطبع رسالة المساعدة هذه
أمثلة
نيلي يصور infile.mol outfile.png -تلوين خصم -أروم
نيلي يصور قاعدة البيانات.sdf جزيء_%s.png -idfield cdbregno -سماكة 1.1
نيلي يصور data.smi قاعدة البيانات.sdf
نيلي يصور - CC.[O-][*-]([O-])=O query.png -استفسار
نيلي يصور - أوكو>>CC(C)N رد فعل.rxn
استخدم الصورة النيلية عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
