آلات ثقب الصخور - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

jackhmmer - تسلسل البحث بشكل متكرر مقابل قاعدة بيانات البروتين

موجز

آلة ثقب [خيارات]

الوصف

آلة ثقب يبحث بشكل متكرر في كل تسلسل استعلام في ضد الهدف
تسلسل (ق) في . التكرار الأول مطابق لـ فمر يبحث. بالنسبة إلى
التكرار التالي ، محاذاة متعددة للاستعلام مع جميع التسلسلات المستهدفة
إشباع إدراجه الحدود القصوى يتم تجميعها ، يتم إنشاء ملف تعريف من هذه المحاذاة
(مطابق لاستخدام hmmbuild على المحاذاة) ، والبحث عن ملف تعريف تم
(مطابق لـ hmmsearch مع الملف الشخصي).

الاستعلام قد يكون "-" (حرف شرطة) ، وفي هذه الحالة تكون تسلسل الاستعلام
اقرأ من أ الأنابيب بدلاً من الملف. ال لا يمكن قراءتها من أ
تيار ، لأن آلة ثقب يحتاج إلى القيام بتمريرات متعددة على قاعدة البيانات.

تم تصميم تنسيق الإخراج ليكون قابلاً للقراءة من قبل الإنسان ، ولكنه غالبًا ما يكون ضخمًا جدًا
قراءتها غير عملية وتحليلها ألم. ال --tblout و --domtblout الخيارات
حفظ الإخراج بتنسيقات جدولية بسيطة تكون موجزة وأسهل في التحليل. ال -o خيار
يسمح بإعادة توجيه المخرجات الرئيسية ، بما في ذلك التخلص منها في / dev / null.

OPTIONS

-h يساعد؛ اطبع تذكيرًا موجزًا ​​باستخدام سطر الأوامر وجميع الخيارات المتاحة.

-N قم بتعيين الحد الأقصى لعدد التكرارات على . الافتراضي هو 5. إذا كان N = 1 ، النتيجة
ما يعادل فمر بحث.

OPTIONS المتابعة OUTPUT

بشكل افتراضي ، يظهر الإخراج لكل تكرار على stdout في ملف يمكن قراءته إلى حد ما ،
شكل قابل للتحليل إلى حد ما. تسمح هذه الخيارات بإعادة توجيه هذا الإخراج أو الحفظ
أنواع إضافية من الإخراج إلى الملفات ، بما في ذلك ملفات نقاط التحقق لكل تكرار.

-o قم بتوجيه الإخراج الذي يمكن قراءته بواسطة الإنسان إلى ملف .

-A بعد التكرار النهائي ، احفظ محاذاة متعددة مشروحة لجميع النتائج
تلبية حدود التضمين (بما في ذلك الاستعلام الأصلي أيضًا) إلى in
تنسيق ستوكهولم.

--tblout
بعد التكرار النهائي ، احفظ ملخصًا جدوليًا لأهم نتائج التسلسل في في
تنسيق قابل للتحليل ، عمودي ، محدد بمسافات بيضاء.

--domtblout
بعد التكرار النهائي ، احفظ ملخصًا جدوليًا لأهم نتائج النطاق في في
تنسيق قابل للتحليل ، عمودي ، محدد بمسافات بيضاء.

- تشخمم
في بداية كل تكرار ، حدد الاستعلام HMM ، واحفظه في ملف باسم
- .همم أين هو رقم التكرار (من 1.N).

- شكالي
في نهاية كل تكرار ، حدد محاذاة لجميع المجالات مرضية
حدود التضمين (على سبيل المثال ، ما سيصبح استعلام HMM للتكرار التالي) ،
حفظه في ملف باسم <نقطة تفتيش ملف بادئة> - .sto بتنسيق ستوكهولم ،
أين هو رقم التكرار (من 1.N).

--acc استخدم المداخلات بدلاً من الأسماء في المخرجات الرئيسية ، حيثما كان ذلك متاحًا للتوصيفات
و / أو المتتاليات.

--نوالي
حذف قسم المحاذاة من الإخراج الرئيسي. هذا يمكن أن يقلل بشكل كبير من الإخراج
وحدة التخزين.

- لا نص
قم بإلغاء تحديد طول كل سطر في الإخراج الرئيسي. الحد الافتراضي هو 120
أحرف لكل سطر ، مما يساعد في عرض الإخراج بشكل نظيف على المحطات الطرفية و
في المحررين ، ولكن يمكنه اقتطاع سطور وصف الملف الشخصي الهدف.

- نص
قم بتعيين حد طول خط الإخراج الرئيسي على أحرف في كل سطر. الافتراضي هو
120

OPTIONS المتابعة وحيدة تسلسل التسجيل (أولاً تكرار)

بشكل افتراضي ، يستخدم التكرار الأول نموذج بحث تم إنشاؤه من استعلام واحد
تسلسل. تم إنشاء هذا النموذج باستخدام مصفوفة إحلال قياسية 20 × 20 للبقايا
الاحتمالات ، ومعلمتان إضافيتان للفجوة المفتوحة والفجوة المستقلة عن الموضع
تمديد الاحتمالات. تسمح هذه الخيارات بالمعلمات الافتراضية لتسجيل النتائج أحادية التسلسل
لتتغير.

- مفتوح
عيّن احتمال فتح الفجوة لنموذج استعلام تسلسلي واحد على . الافتراضي
هو 0.02. يجب أن يكون> ​​= 0 و <0.5.

- امتداد
قم بتعيين احتمال توسيع الفجوة لنموذج استعلام تسلسلي واحد إلى .
الافتراضي هو 0.4. يجب أن يكون> ​​= 0 و <1.0.

--mx
احصل على احتمالات محاذاة البقايا من مصفوفة الاستبدال المضمنة المسماة
. تم تضمين العديد من المصفوفات القياسية ، ولا تحتاج إلى القراءة منها
الملفات. اسم المصفوفة يمكن أن يكون PAM30 ، PAM70 ، PAM120 ، PAM240 ، BLOSUM45 ،
BLOSUM50 أو BLOSUM62 أو BLOSUM80 أو BLOSUM90. واحد فقط من --mx و --ملف
يمكن استخدام الخيارات.

--ملف
الحصول على احتمالات محاذاة البقايا من مصفوفة الاستبدال في الملف
. مصفوفة النتيجة الافتراضية هي BLOSUM62 (هذه المصفوفة داخلية لـ HMMER
وليس من الضروري أن يكون متاحًا كملف). شكل مصفوفة الاستبدال
هو التنسيق القياسي المقبول بواسطة BLAST و FASTA وتسلسل آخر
برمجيات التحليل.

OPTIONS المتابعة التبليغ الحدود القصوى

تتحكم عتبات الإبلاغ في النتائج التي يتم الإبلاغ عنها في ملفات الإخراج (الإخراج الرئيسي ،
--tbloutو --domtblout). في كل تكرار ، يتم ترتيب مرات الدخول التسلسلية ونتائج المجال
حسب الدلالة الإحصائية (القيمة الإلكترونية) ويتم إنشاء الناتج في قسمين يسمى لكل
الهدف والإخراج لكل مجال. في الإخراج لكل هدف ، بشكل افتراضي ، كل التسلسل يضرب بامتداد
تم الإبلاغ عن القيمة الإلكترونية <= 10. في الإخراج لكل مجال ، لكل هدف تم اجتيازه لكل
عتبات التقارير المستهدفة ، جميع المجالات التي تلبي عتبات إعداد التقارير لكل مجال هي
ذكرت. بشكل افتراضي ، هذه هي المجالات ذات القيم الإلكترونية الشرطية من <= 10. التالي
تتيح لك الخيارات تغيير عتبات إعداد التقارير الافتراضية للقيمة الإلكترونية ، أو استخدام درجة البت
عتبات بدلا من ذلك.

-E تقرير التسلسلات بقيم E <= في الإخراج لكل تسلسل. الافتراضي هو 10.0.

-T استخدم حد درجة البت للإخراج لكل تسلسل بدلاً من حد القيمة E
(أي وضع -E تم تجاهله). تقرير التسلسلات بدرجة بت> = . من قبل
الافتراضي هذا الخيار غير مضبوط.

-Z أعلن الحجم الإجمالي لقاعدة البيانات ليكون التسلسل ، لأغراض القيمة الإلكترونية
عملية حسابية. عادة يتم حساب القيم الإلكترونية بالنسبة لحجم قاعدة البيانات
لقد بحثت بالفعل (على سبيل المثال ، عدد التسلسلات في target_seqdb). في بعض
الحالات (على سبيل المثال ، إذا قمت بتقسيم قاعدة بيانات التسلسل المستهدف إلى عدة ملفات
ملفات موازية لبحثك) ، قد تعرف بشكل أفضل الحجم الفعلي
من مساحة البحث الخاصة بك هو.

--قبة
الإبلاغ عن المجالات ذات القيم الإلكترونية المشروطة <= في الإخراج لكل مجال ، بالإضافة إلى ذلك
إلى النطاق الحاصل على أعلى الدرجات لكل نتيجة تسلسل مهم. الافتراضي هو 10.0.

--domT
استخدم حد درجة البت للإخراج لكل مجال بدلاً من حد القيمة الإلكترونية
(أي وضع --domT تم تجاهله). الإبلاغ عن المجالات بدرجة صغيرة من> = in
لكل مجال ، بالإضافة إلى المجال الذي حصل على أعلى الدرجات لكل تسلسل مهم
يضرب. افتراضيًا ، لا يتم ضبط هذا الخيار.

--domZ
قم بتعريف عدد المتتاليات المهمة لتكون التسلسلات ، لأغراض
حساب القيمة الإلكترونية المشروط لأهمية المجال الإضافية. عادة
يتم حساب قيم E المشروطة بالنسبة إلى عدد التسلسلات التي تمر
عتبة الإبلاغ لكل تسلسل.

OPTIONS المتابعة تضمين الحدود القصوى

تتحكم عتبات التضمين في النتائج التي يتم تضمينها في المحاذاة المتعددة والملف الشخصي
تم إنشاؤه لتكرار البحث التالي. بشكل افتراضي ، يجب أن يحتوي التسلسل على كل
تسلسل القيمة E <= 0.001 (انظر -E الخيار) المراد تضمينها ، وأي نطاقات إضافية في
إلى جانب أعلى الدرجات ، يجب أن يكون لدى المرء قيمة E مشروطة تبلغ <= 0.001 (انظر --قبة
خيار). الفرق بين عتبات الإبلاغ وعتبات التضمين هو ذلك
تتحكم عتبات التضمين في النتائج التي يتم استخدامها فعليًا في التكرار التالي (أو ملف
الإخراج النهائي محاذاة متعددة إذا كان -A يتم استخدام الخيار) ، في حين أن عتبات الإبلاغ
السيطرة على ما تراه في الإخراج. تعد حدود الإبلاغ بشكل عام أكثر سهولة ، لذا يمكنك ذلك
رؤية ضربات حدية في الجزء العلوي من الضوضاء التي قد تكون ذات أهمية.

--incE
قم بتضمين التسلسلات بقيم E <= في التكرار اللاحق أو المحاذاة النهائية
الإخراج بواسطة -A. الافتراضي هو 0.001.

--incT
استخدم حد درجة بت للإدراج في كل تسلسل بدلاً من قيمة E
عتبة (أي إعداد --incE تم تجاهله). قم بتضمين التسلسلات بدرجة صغيرة من
>= . افتراضيًا ، لا يتم ضبط هذا الخيار.

--الملكية
قم بتضمين المجالات بقيم E المشروطة <= في التكرار اللاحق أو النهائي
إخراج المحاذاة بواسطة -A، بالإضافة إلى النطاق الحاصل على أعلى الدرجات لكل كبير
ضرب التسلسل. الافتراضي هو 0.001.

- الحكمة
استخدم حد درجة بت للإدراج لكل مجال بدلاً من حد القيمة الإلكترونية
(أي وضع --incT تم تجاهله). قم بتضمين المجالات بدرجة صغيرة من> = . من قبل
الافتراضي هذا الخيار غير مضبوط.

OPTIONS المتابعة التعجيل الاستدلال

يتم تسريع عمليات البحث HMMER3 في خط أنابيب مرشح من ثلاث خطوات: مرشح MSV ، و
مرشح Viterbi ، ومرشح Forward. المرشح الأول هو الأسرع والأكثر
تقريبي؛ الأخير هو خوارزمية التسجيل الكامل للأمام ، الأبطأ ولكن الأكثر دقة.
توجد أيضًا خطوة تصفية التحيز بين MSV و Viterbi. أهداف تجتاز جميع الخطوات
في خط أنابيب التسريع ثم تخضع للمعالجة اللاحقة - تحديد المجال
والتسجيل باستخدام خوارزمية Forward / Backward.

بشكل أساسي المعلمات المجانية الوحيدة التي تتحكم في مرشحات HMMER الموجهة هي P-
عتبات القيمة التي تتحكم في الجزء المتوقع من التسلسلات غير المتجانسة التي تمر
المرشحات. سيؤدي تعيين العتبات الافتراضية أعلى إلى اجتياز نسبة أعلى من
تسلسل غير متماثل ، وزيادة الحساسية على حساب السرعة ؛ بالعكس
سيؤدي تحديد عتبات قيمة P منخفضة إلى اجتياز نسبة أصغر ، مما يقلل الحساسية
وزيادة السرعة. تعيين عتبة القيمة الاحتمالية للمرشح على 1.0 يعني أنه سيمر
كل التسلسلات ، وتعطيل عامل التصفية بشكل فعال.

يؤدي تغيير حدود المرشح فقط إلى إزالة أو تضمين الأهداف من الاعتبار ؛ المتغيرة
عتبات التصفية لا تغير درجات البت أو القيم الإلكترونية أو المحاذاة ، وكلها
مصممة فقط في المعالجة اللاحقة.

--الأعلى الحساسية القصوى. قم بإيقاف تشغيل جميع المرشحات ، بما في ذلك مرشح التحيز ، وتشغيلها بالكامل
معالجة لاحقة إلى الأمام / الخلف على كل هدف. هذا يزيد من الحساسية
قليلاً ، وبتكلفة كبيرة من حيث السرعة.

--F1
عتبة التصفية الأولى ؛ قم بتعيين عتبة القيمة P لخطوة تصفية MSV. ال
الافتراضي هو 0.02 ، مما يعني أن ما يقرب من 2 ٪ من أعلى الدرجات غير متجانسة
من المتوقع أن تجتاز الأهداف عامل التصفية.

--F2
عتبة التصفية الثانية ؛ قم بتعيين عتبة القيمة P لخطوة مرشح Viterbi.
الافتراضي هو 0.001.

--F3
عتبة التصفية الثالثة ؛ قم بتعيين حد القيمة P لخطوة التصفية إلى الأمام. ال
الافتراضي هو 1e-5.

- الرهاب
قم بإيقاف تشغيل مرشح التحيز. هذا يزيد من الحساسية إلى حد ما ، ولكن يمكن أن يأتي في
تكلفة عالية في السرعة ، خاصةً إذا كان الاستعلام يحتوي على تركيبة بقايا متحيزة (مثل
منطقة تسلسل متكرر ، أو إذا كان بروتين غشائي مع مناطق كبيرة من
كره الماء). بدون مرشح التحيز ، قد يمر عدد كبير جدًا من التسلسلات بالفلتر
بطلبات بحث متحيزة ، مما يؤدي إلى أداء أبطأ من المتوقع مثل
تحمل خوارزميات الأمام / الخلف المكثفة حسابيًا ثقيلًا بشكل غير طبيعي
تحميل.

OPTIONS المتابعة الملف الشخصي إنشاءات (لاحقاً تكرارات)

تتحكم هذه الخيارات في كيفية تعريف أعمدة الإجماع في محاذاة متعددة عندما
ملامح البناء. بشكل افتراضي، آلة ثقب يتضمن دائمًا تسلسل طلب البحث الأصلي بتنسيق
نتيجة المحاذاة في كل تكرار ، ويتم تحديد مواقف الإجماع من خلال هذا الاستعلام
التسلسل: هذا افتراضي آلة ثقب ملف التعريف دائمًا بنفس طول ملفك الأصلي
الاستعلام ، في كل تكرار.

--بسرعة حدد أعمدة الإجماع على أنها الأعمدة التي تحتوي على كسر> = سيمفراك من المخلفات مثل
مقابل الثغرات. (انظر أدناه للحصول على - سيمفراك الخيار.) على الرغم من أن هذا هو الإعداد الافتراضي
خيار إنشاء الملف الشخصي في مكان آخر (في hmmbuild، على وجه الخصوص) ، قد يكون
تأثيرات غير مرغوب فيها في آلة ثقب، لأن الملف الشخصي يمكن أن يدخل بشكل متكرر
مسافة التسلسل بعيدًا عن استعلامك الأصلي ، مع ترك عدد قليل من أعمدة الإجماع أو عدم وجودها على الإطلاق
المقابلة لبقاياها.

--يُسلِّم حدد أعمدة الإجماع في ملف التعريف التالي باستخدام التعليق التوضيحي المرجعي إلى المضاعفات
انتقام. آلة ثقب ينتشر التعليق التوضيحي المرجعي من ملف التعريف السابق إلى
المحاذاة المتعددة ، ومن ثم إلى ملف التعريف التالي. هذا هو الافتراضي.

- سيمفراك
حدد عتبة الكسر المتبقي اللازمة لتحديد عمود توافق متى
يستخدم ال --بسرعة خيار. الافتراضي هو 0.5. كسر الرمز في كل عمود هو
محسوبة بعد أخذ ترجيح التسلسل النسبي في الاعتبار ، وتجاهل الفجوة
الأحرف المقابلة لنهايات أجزاء التسلسل (على عكس الداخلية
عمليات الإدراج / الحذف). تعيين هذا على 0.0 يعني أن كل عمود محاذاة سيفعل ذلك
يتم تعيينه كإجماع ، والذي قد يكون مفيدًا في بعض الحالات. ضبطه على 1.0
يعني أن الأعمدة التي تتضمن 0 فجوات فقط (عمليات الإدراج / الحذف الداخلية) ستكون كذلك
كإجماع.

- فراجثريش
نريد فقط حساب الفجوات النهائية على أنها عمليات حذف إذا كان التسلسل المحاذي معروفًا
أن يكون كامل الطول ، ليس إذا كان جزءًا (على سبيل المثال ، لأن جزءًا منه فقط
تم تسلسله). يستخدم HMMER قاعدة بسيطة لاستنتاج الأجزاء: إذا كان طول التسلسل
L أصغر من أو يساوي كسرًا مرات طول المحاذاة في الأعمدة ،
ثم يتم التعامل مع التسلسل على أنه جزء. الافتراضي هو 0.5. جلسة
- فراجثريش0 سيحدد أي تسلسل (غير فارغ) كقطعة ؛ قد ترغب في ذلك
افعل هذا إذا كنت تعلم أنك حصلت على محاذاة كاملة الطول منسقة بعناية
التسلسلات. جلسة - فراجثريش1 سيحدد جميع التسلسلات على أنها شظايا ؛ يمكنك
تريد القيام بذلك إذا كنت تعلم أن محاذاة تتكون بالكامل من أجزاء ، مثل
كما ترجمت قراءات قصيرة في بيانات بندقية ميتاجينومية.

OPTIONS المتابعة نسبيا WEIGHTS

عندما يتم إنشاء ملف تعريف من محاذاة متعددة ، يستخدم HMMER تسلسلًا مخصصًا
خوارزمية الترجيح لتقليل المتواليات وثيقة الصلة وزيادة الوزن ذات الصلة البعيدة
تلك. هذا له تأثير في جعل النماذج أقل تحيزًا بسبب عدم تساوي النشوء والتطور
التمثيل. على سبيل المثال ، عادةً ما يتلقى تسلسلان متطابقان نصف
وزن هذا التسلسل الواحد (وهذا هو السبب آلة ثقب لا تهتم به دائما
بما في ذلك تسلسل طلب البحث الأصلي في محاذاة كل تكرار ، حتى لو وجدها
مرة أخرى في قاعدة البيانات التي تبحث عنها). تتحكم هذه الخيارات في الخوارزمية التي يتم استخدامها.

--wpb استخدم مخطط الوزن المتسلسل المستند إلى الموضع Henikoff [Henikoff و Henikoff ،
J. مول. بيول. 243: 574 ، 1994]. هذا هو الافتراضي.

--wgsc استخدم خوارزمية الترجيح Gerstein / Sonnhammer / Chothia [Gerstein et al، J. Mol.
بيول. 235: 1067 ، 1994].

- بلوسوم
استخدم نفس مخطط التجميع الذي تم استخدامه لوزن البيانات في حساب BLOSUM
مصفوفات الإحالة [Henikoff and Henikoff، Proc. ناتل. أكاد. علوم 89: 10915 ، 1992].
التسلسلات عبارة عن رابطة أحادية الارتباط مجمعة عند عتبة الهوية (الافتراضي 0.62 ؛ راجع
- معرَّض) وضمن كل مجموعة من متواليات c ، يحصل كل تسلسل على وزن نسبي
1 / ج.

- وحيد
لا توجد أوزان نسبية. يتم تعيين وزن موحد لجميع التسلسلات.

- معرَّض
يضبط حد الهوية المستخدم بواسطة نظام المجموعة أحادي الارتباط عند الاستخدام - بلوسوم.
غير صالح مع أي نظام ترجيح آخر. الافتراضي هو 0.62.

OPTIONS المتابعة فعال تسلسل عدد

بعد تحديد الأوزان النسبية ، يتم تطبيعها لتصل إلى إجمالي فعال
رقم التسلسل، افنسيق. قد يكون هذا الرقم هو العدد الفعلي للتسلسلات في ملف
المحاذاة ، لكنها دائمًا ما تكون أصغر من ذلك. ترجيح الانتروبيا الافتراضي
طريقة (- آخر) يقلل من رقم التسلسل الفعال لتقليل محتوى المعلومات
(الانتروبيا النسبية ، أو متوسط ​​الدرجة المتوقعة على المتجانسات الحقيقية) لكل موضع إجماع. ال
يتم التحكم في الانتروبيا النسبية المستهدفة بواسطة دالة ذات معلمتين ، حيث يتم التحكم فيهما
المعلمات قابلة للتعيين باستخدام - هنا و - الحسم.

- حديث اضبط رقم التسلسل الفعال لتحقيق إنتروبيا نسبية محددة لكل
الموقف (انظر - هنا). هذا هو الافتراضي.

- حب
قم بتعيين رقم التسلسل الفعال على عدد الكتل أحادية الارتباط في a
عتبة الهوية المحددة (انظر - عيد). لا ينصح بهذا الخيار؛ انه من أجل
تجارب تقييم مدى أفضل بكثير - حديث هو.

--ينون
قم بإيقاف تشغيل تحديد رقم التسلسل الفعال واستخدم فقط العدد الفعلي لـ
التسلسلات. أحد أسباب رغبتك في القيام بذلك هو محاولة تعظيم الأقارب
إنتروبيا / موضع النموذج الخاص بك ، والذي قد يكون مفيدًا للنماذج القصيرة.

--eset
عيّن بوضوح رقم التسلسل الفعال لجميع الطرز إلى .

- هنا
عيّن الحد الأدنى من هدف الانتروبيا / الموضع النسبي إلى . يتطلب - حديث. إفتراضي
يعتمد على تسلسل الأبجدية ؛ بالنسبة لتسلسل البروتين ، يكون 0.59 بت / موضع.

- الحسم
يضبط الحد الأدنى من الانتروبيا النسبية التي تساهم بها محاذاة النموذج بالكامل ، فوق
طوله بالكامل. هذا له تأثير جعل النماذج القصيرة ذات نسبية أعلى
إنتروبيا لكل موضع من - هنا وحده سيعطي. الافتراضي هو 45.0 بت.

- عيد
يضبط قطع الهوية الجزئي الزوجي المستخدم بواسطة مجموعة الوصلة المفردة مع
ال - حب خيار. الافتراضي هو 0.62.

OPTIONS المتابعة قبل

في إنشاء ملف التعريف ، بشكل افتراضي ، يتم تحويل الأعداد الموزونة إلى متوسطات لاحقة
تقديرات معامل الاحتمال باستخدام خليط ديريتشليت برايور. الخليط الافتراضي ديريتشليت
تم بناء المعلمات السابقة لنماذج البروتين ونماذج الحمض النووي (RNA و DNA)
في. تسمح لك الخيارات التالية بتجاوز الإعدادات المسبقة الافتراضية.

--pnone لا تستخدم أي مقدمات. ستكون معلمات الاحتمالية هي الملاحظة ببساطة
الترددات ، بعد ترجيح التسلسل النسبي.

--يضع استخدم Laplace +1 مسبقًا بدلاً من الخليط الافتراضي Dirichlet مسبقًا.

OPTIONS المتابعة القيمة الإلكترونية معايرة

تقدير معلمات الموقع لتوزيعات النقاط المتوقعة لمرشح MSV
تتطلب النتائج وعشرات مرشح Viterbi والنتائج إلى الأمام ثلاثة تسلسلات عشوائية قصيرة
المحاكاة.

--EmL
يضبط طول التسلسل في المحاكاة الذي يقدر معلمة الموقع mu لـ
القيم الإلكترونية لتصفية MSV. الافتراضي هو 200.

--إم إن
يضبط عدد التسلسلات في المحاكاة التي تقدر معلمة الموقع mu
من أجل القيم الإلكترونية لمرشح MSV. الافتراضي هو 200.

- إيفل
يضبط طول التسلسل في المحاكاة الذي يقدر معلمة الموقع mu لـ
مرشح Viterbi القيم الإلكترونية. الافتراضي هو 200.

- إيفن
يضبط عدد التسلسلات في المحاكاة التي تقدر معلمة الموقع mu
لفلتر فيتربي E- القيم. الافتراضي هو 200.

- EFL
يضبط طول التسلسل في المحاكاة الذي يقدر معلمة الموقع tau
للقيم الإلكترونية إلى الأمام. الافتراضي هو 100.

- EFN
يضبط عدد التسلسلات في المحاكاة التي تقدر معلمة الموقع
tau للقيم الإلكترونية إلى الأمام. الافتراضي هو 200.

- في النهاية
يضبط كسر كتلة الذيل ليلائم المحاكاة التي تقدر الموقع
المعلمة تاو للتقييمات إلى الأمام. الافتراضي هو 0.04.

أخرى OPTIONS

- نول 2
قم بإيقاف تشغيل تصحيحات النتيجة null2 للتكوين المتحيز.

-Z تأكد من أن العدد الإجمالي للأهداف في عمليات البحث الخاصة بك هو ، من أجل غايات
من حسابات القيمة الإلكترونية لكل تسلسل ، بدلاً من العدد الفعلي للأهداف
رأيت.

--domZ
تأكد من أن العدد الإجمالي للأهداف في عمليات البحث الخاصة بك هو ، من أجل غايات
من حسابات القيمة الإلكترونية المشروطة لكل مجال ، بدلاً من عدد الأهداف
التي تجاوزت عتبات إعداد التقارير.

--بذرة
زرع مولد الأرقام العشوائية مع ، عدد صحيح> = 0. إذا هو> 0 ، أي
ستكون المحاكاة العشوائية قابلة للتكرار ؛ نفس الأمر سيعطي نفس الشيء
النتائج. لو هو 0 ، يتم تصنيف مولد الأرقام العشوائية بشكل تعسفي ، و
سوف تختلف عمليات المحاكاة العشوائية من تشغيل إلى تشغيل نفس الأمر. الافتراضي
البذرة 42.

- qformat
تعلن أن الإدخال query_seqfile في شكل . ملف تسلسل مقبول
تتضمن التنسيقات FASTA و EMBL و GenBank و DDBJ و UniProt و Stockholm و SELEX. تقصير
هو الكشف التلقائي عن تنسيق الملف.

- تنسيق
تعلن أن الإدخال target_seqdb في شكل . ملف تسلسل مقبول
تتضمن التنسيقات FASTA و EMBL و GenBank و DDBJ و UniProt و Stockholm و SELEX. تقصير
هو الكشف التلقائي عن تنسيق الملف.

--وحدة المعالجة المركزية
قم بتعيين عدد مؤشرات ترابط العمال المتوازية إلى . بشكل افتراضي ، يقوم HMMER بتعيين هذا إلى
عدد نوى وحدة المعالجة المركزية التي يكتشفها في جهازك - أي أنها تحاول تعظيمها
استخدام نوى المعالج المتوفرة لديك. ضبط أعلى من عدد
النوى المتاحة قليلة القيمة ، إن وجدت ، ولكن قد ترغب في ضبطها على شيء ما
أقل. يمكنك أيضًا التحكم في هذا الرقم عن طريق تعيين متغير بيئة ،
HMMER_NCPU.

هذا الخيار متاح فقط إذا تم تجميع HMMER مع دعم سلاسل عمليات POSIX.
هذا هو الإعداد الافتراضي ، ولكن ربما تم إيقاف تشغيله في وقت الترجمة لموقعك
أو آلة لسبب ما.

--المماطلة
لتصحيح أخطاء إصدار MPI الرئيسي / العامل: توقف مؤقتًا بعد البدء ، لتمكين
مطور لإرفاق مصححات الأخطاء إلى العمليات الرئيسية والعامل (العمال) قيد التشغيل. يرسل
إشارة SIGCONT لتحرير الإيقاف المؤقت. (تحت gdb: (جدب) بسيطة سيجكون) (فقط
متاحًا إذا تم تمكين دعم MPI الاختياري في وقت الترجمة.)

--mpi قم بالتشغيل في MPI master / worker mode باستخدام مبيرون. (متاح فقط إذا كان MPI اختياري
تم تمكين الدعم في وقت الترجمة.)

استخدم آلات ثقب الصخور عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net