هذا هو الأمر kalign الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
kalign - يقوم بإجراء محاذاة متعددة للتسلسلات البيولوجية.
موجز
كالين [infile.fasta] [outfile.fasta] [خيارات]
كالين [-أنا infile.fasta] [-O outfile.fasta] [خيارات]
كالين [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [خيارات]
الوصف
كالين هي أداة سطر أوامر لإجراء محاذاة متعددة للتسلسلات البيولوجية. هو - هي
يستخدم خوارزمية مطابقة السلسلة Muth؟ Manber ، لتحسين الدقة والسرعة
من المحاذاة. يستخدم نهج المحاذاة العالمي التدريجي ، المخصب من خلال استخدام
خوارزمية مطابقة السلسلة التقريبية لحساب مسافات التسلسل والدمج
المطابقات المحلية في المحاذاة العالمية خلاف ذلك.
OPTIONS
-s -gpo -جابوبن -Gap_open x
ركلة جزاء مفتوحة.
-e -gpe -gap_ext -توسيع x
عقوبة تمديد الفجوة.
-t -تجبي - الجزاء_النصوي_الجاب_التوسيع_العقوبة x
عقوبات الفجوة النهائية.
-m -علاوة -المصفوفة_المكافأة x
ثابت يضاف إلى مصفوفة التعويض.
-c -نوع <input, شجرة، الفجوات.>
الترتيب الذي تظهر به التسلسلات في محاذاة الإخراج.
-g -خاصية
يحدد وضع الميزة ويحدد الميزات التي سيتم استخدامها: على سبيل المثال ، all ، maxplp ،
هيكل ، PFAM-A؟
نفس_الميزة_الدرجة
يسجل لمحاذاة نفس الميزات.
-الميزة_الميزة
عقوبة محاذاة الميزات المختلفة.
-d -مسافة <wu, زوج>
طريقة المسافة
-b -شجرة -شجرة الدليل <nj, Upgma>
دليل طريقة الشجرة.
-z -زكتوف
المعلمة المستخدمة في حساب المسافة على أساس wu-manber.
-i -في -إدخال
اسم ملف الإدخال.
-o -خارج -انتاج
اسم ملف الإخراج.
-a -غاب_نك
يزيد العقوبات الفجوة حسب عدد الثغرات الموجودة.
-f -شكل <fasta, msf ، آلن clu macsim>
تنسيق الإخراج.
-q -هادئ
لا تطبع شيئًا إلى STDERR. لا تقرأ أي شيء من STDIN.
المراجع
Timo Lassmann and Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - مضاعفة دقيقة وسريعة
خوارزمية محاذاة التسلسل. المعلوماتية الحيوية BMC 6:298
· تيمو لاسمان وأوليفر فرينجز وإريك إل إل سونهامر (2009) Kalign2:
تسمح محاذاة متعددة عالية الأداء لتسلسل البروتين والنيوكليوتيدات
الميزات الخارجية. أبحاث الحمض النووي 3: 858-865.
مؤلفون
زعتر لاسمان <[البريد الإلكتروني محمي]>
مؤلف المنبع من Kalign.
تشارلز بليسي <[البريد الإلكتروني محمي]>
كتب مانباج.
حقوق الطبع والنشر
حقوق النشر © 2004 ، 2005 ، 2006 ، 2007 ، 2008 تيمو لاسمان
Kalign هو برنامج مجاني. يمكنك إعادة توزيعه و / أو تعديله بموجب شروط
رخصة جنو العمومية كما نشرتها مؤسسة البرمجيات الحرة.
كتب هذا الدليل تشارلز بليسي[البريد الإلكتروني محمي]> لـ Debian (TM)
النظام (ولكن يمكن استخدامه من قبل الآخرين). يتم منح الإذن للنسخ والتوزيع و / أو
تعديل هذا المستند تحت نفس شروط kalign نفسها.
في أنظمة دبيان ، يمكن أن يكون النص الكامل من الإصدار 2 من رخصة جنو العمومية العامة
عثر عليه في / usr / share / تراخيص عامة / GPL-2.
استخدم kalign عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
