هذا هو الأمر load_genbankp الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
load_genbank.pl - قم بتحميل قاعدة بيانات Bio :: DB :: GFF من ملفات GENBANK.
موجز
٪ load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
٪ load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
ملاحظة: البرنامج النصي bp_genbank2gff.pl في توزيع BioPerl هو نفسه هذا البرنامج النصي.
الوصف
يقوم هذا البرنامج النصي بتحميل قاعدة بيانات Bio :: DB :: GFF مع الميزات المضمنة في أيٍّ من محلي
genbank أو ملحق يتم جلبه من genbank. خيارات سطر الأوامر المختلفة
تسمح لك بالتحكم في قاعدة البيانات المراد تحميلها وما إذا كنت تريد السماح لقاعدة بيانات موجودة أم لا
يمكن الكتابة فوقها.
يستخدم هذا البرنامج النصي حاليًا MySQL فقط ، على الرغم من أنه إثبات لمبدأ ويمكنه ذلك بسهولة
يمكن تمديدها للعمل مع RDMS الأخرى التي يدعمها GFF من خلال المحولات.
سطر الأوامر OPTIONS
يمكن اختصار خيارات سطر الأوامر إلى خيارات أحادية الحرف. على سبيل المثال -d بدلاً من
--قاعدة البيانات.
- إنشاء قوة إنشاء وتهيئة قاعدة البيانات
--dsn مصدر البيانات (الافتراضي dbi: mysql: test)
--المستعمل اسم المستخدم لمصادقة MySQL
--يمر كلمة المرور لمصادقة MySQL
--الوكيل خادم وكيل لاستخدامه للوصول عن بعد
- وسيطات الملفات التالية هي أسماء ملفات Genbank / EMBL (افتراضي)
- الحجج التالية هي أرقام الانضمام إلى بنك الجينات
--stdout اكتب ملف GFF المحول إلى stdout بدلاً من تحميله
استخدم load_genbankp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
