mgaps - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

التمثيل الإيمائي - حزمة لمحاذاة تسلسل الجينومات المتعددة

موجز

التمثيل الإيمائي
الجمع بين MUMs
دنادف [خيارات]أو [خيارات]-d<دلتاملف>
الترادفات الدقيقة
الفجوات
عرض الخريطة [خيارات]<الإحداثياتملف>[UTRكورد][CDSكورد]
مغابس [-د][-F][-ل][-س]
الممثل الإيمائي [الخيارات]
مؤامرة [خيارات]<matchملف>
نوكمير [خيارات]
نومر 2xfig
بروم [خيارات]
كرر المباراة [خيارات]
تشغيل التمثيل الإيمائي 1 <فاستامرجع><فاستاالاستعلام>[-ص]
تشغيل التمثيل الإيمائي 3 <فاستامرجع><متعدد السرعاتالاستعلام>
إظهار المحاذاة [خيارات]<المرجعالمعرف><qryالمعرف>

الإدخال هو إخراج .delta إما لبرنامج "nucmer" أو "promer" الذي يتم تمريره على
سطر الأوامر.

الإخراج هو stdout ، ويتكون من جميع المحاذاة بين الاستعلام والمرجع
التسلسل المحدد في سطر الأوامر.

ملاحظة: لا يتم إجراء الفرز افتراضيًا ، لذلك سيتم ترتيب المحاذاة كما هو موجود في
ال إدخال.
عرض الكورد [خيارات]
عرض snps [خيارات]
عرض التبليط [خيارات]

الوصف

OPTIONS

جميع الأدوات (باستثناء الفجوات) تخضع لخيارات -h و --help و -V و -version كما يفعل المرء
توقع. هذه المساعدة ممتازة وتجعل صفحات الرجال هذه عفا عليها الزمن بشكل أساسي.
الجمع بين MUMs يجمع بين MUMs بتنسيق من خلال تمديد التطابقات بين النهايات وبين MUMs.
هو ملف فاستا للتسلسل المرجعي. متعدد
fasta للتسلسلات المطابقة للمرجع

-D الإخراج فقط ل stdout مواقف الفرق
والشخصيات
-n السماح بالمطابقات بين النيوكليوتيدات فقط ، أي ACGTs
-N num Break تطابق في أو أكثر من غير ACGTs متتالية
-q العلامة المستخدمة لتسمية مطابقة الاستعلام
-r العلامة المستخدمة لتسمية مطابقة مرجع
-S إخراج جميع الاختلافات في السلاسل
-t يتطابق الاستعلام عن التسمية مع رأس الاستعلام fasta
-v الأسطوانات تعيين مستوى مطول للإخراج الإضافي
-W file إعادة تعيين اسم ملف الإخراج الافتراضي witherrors.gaps
-x لا تقم بإخراج ملفات الغلاف
-E قم بتعيين حد معدل الخطأ على e (على سبيل المثال ، 0.02 يساوي اثنين بالمائة)
دنادف قم بإجراء تحليل مقارن لمجموعتي تسلسل باستخدام nucmer والمرتبط به
المرافق مع المعلمات الموصى بها. راجع وثائق MUMmer لمزيد من التفاصيل
وصف الإخراج. ينتج ملفات الإخراج التالية:

. التقرير - ملخص المحاذاة والاختلافات والنماذج المتعددة الأشكال
.delta - إخراج محاذاة nucmer القياسي
.1delta - محاذاة 1 إلى 1 من فلتر دلتا -1
.mdelta - محاذاة M إلى M من مرشح دلتا - m
.1 كوردات - إحداثيات من 1 إلى 1 من أسلاك العرض - THrcl .1delta
.mcoords - إحداثيات M إلى M من حلقات العرض -THrcl .mdelta
.snps - SNPs من show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - نقاط توقف المرجع المصنف من show-diff -rH .mdelta
.qdiff - نقاط توقف qry المصنفة من show-diff -qH .mdelta
.unref - معرفات وأطوال مرجعية غير محاذاة (إن أمكن)
.unqry - معرّفات وأطوال طلبات البحث غير المحاذاة (إن أمكن)

إلزامي:
مرجع قم بتعيين مرجع الإدخال متعدد FASTA اسم الملف
الاستعلام قم بتعيين استعلام الإدخال متعدد اسم ملف FASTA
or
ملف دلتا لم تتم تصفيته. ملف محاذاة delta من nucmer

والخيارات:
-d | دلتا توفر ملف دلتا محسوب مسبقًا لتحليله
-h
--مساعدة في عرض معلومات المساعدة والخروج
-p | بادئة عيّن بادئة ملفات الإخراج (الافتراضي "out")
-V
- الإصدار عرض معلومات الإصدار والخروج

عرض الخريطة
-h
--مساعدة في عرض معلومات المساعدة والخروج
-m | mag اضبط التكبير الذي يتم عرض الشكل عنده ،
هذا خيار لـ fig2dev الذي يستخدم لتوليد
ملفات PDF و PS (الإصدار الافتراضي 1.0)
-n | num عيّن عدد ملفات الإخراج المستخدمة لتقسيم ملف
الإخراج ، وذلك لتجنب إنشاء ملفات أيضًا
كبير للعرض (الافتراضي 10)
-p | بادئة عيّن بادئة ملف الإخراج
(افتراضي "PROMER_graph أو NUCMER_graph")
-v
- مطول التسجيل المطول للملفات المعالجة
-V
- الإصدار عرض معلومات الإصدار والخروج
-x1 تنسيق ضبط الحد الأدنى للإحداثيات للعرض
-x2 تنسيق تعيين حد الإحداثيات العلوي للشاشة
-g | ref إذا تم توفير ملف الإدخال بواسطة "mgaps" ، فاضبط
معرّف التسلسل المرجعي (كما يظهر في العمود الأول
من ملف كوورد UTR / CDS)
-أعرض اسم تسلسل الاستعلام
-Ir عرض اسم الجينات المرجعية
الممثل الإيمائي البحث عن وإخراج (stdout) المواقف وطول جميع طويلة بما فيه الكفاية
أقصى عدد من التطابقات لسلسلة فرعية في و

-mum يحسب المطابقات القصوى الفريدة في كلا التسلسلين
- المومكاند نفس المرجع
- حساب المراجع القصوى المطابقات الفريدة في
التسلسل المرجعي ولكن ليس بالضرورة في تسلسل الاستعلام
(افتراضي)
-maxmatch يحسب جميع التطابقات القصوى بغض النظر عن تفردها
-n تطابق الأحرف a أو c أو g أو t فقط
يمكن أن تكون بأحرف كبيرة أو صغيرة
- l ضبط الحد الأدنى لطول المباراة
إذا لم يتم تعيينها ، فإن القيمة الافتراضية هي 20
-ب حساب المطابقات التكميلية إلى الأمام والعكس
-r يحسب فقط المطابقات التكميلية العكسية
-s تظهر السلاسل الفرعية المطابقة
-c قم بالإبلاغ عن موضع الاستعلام لمطابقة تكميلية عكسية
نسبة إلى تسلسل الاستعلام الأصلي
-F Force 4 تنسيق إخراج عمود بغض النظر عن عدد
مدخلات التسلسل المرجعي
-L إظهار طول تسلسل الاستعلام على سطر الرأس
نانكمير
nucmer يولد محاذاة النوكليوتيدات بين اثنين من المدخلات mutli-FASTA
الملفات. يتم إنشاء ملفي الإخراج. يسرد ملف الإخراج .cluster
مجموعات التطابقات بين كل تسلسل. يسرد ملف .delta ملفات
المسافة بين عمليات الإدراج والحذف التي تنتج أقصى درجات
المحاذاة بين كل تسلسل.

إلزامي:
مرجع قم بتعيين مرجع الإدخال متعدد FASTA اسم الملف
الاستعلام قم بتعيين استعلام الإدخال متعدد اسم ملف FASTA

--mum استخدم مرساة التطابقات الفريدة في كلا المرجع
والاستعلام
- mumcand نفس - الإشارة
--mumreference استخدم مطابقات الارتساء الفريدة في المرجع
ولكن ليس بالضرورة فريدًا في طلب البحث (السلوك الافتراضي)
--maxmatch استخدم جميع مباريات المرساة بغض النظر عن تفردها

-b | breaklen عيّن المسافة التي سيحاول تمديد المحاذاة لها
تمديد مناطق التسجيل الضعيفة قبل الاستسلام (افتراضي 200)
-c | mincluster يعيّن الحد الأدنى لطول مجموعة التطابقات (الافتراضي 65)
- [لا] دلتا تبديل إنشاء ملف دلتا (افتراضي - دلتا)
--اعتماد طباعة معلومات التبعية والخروج
-d | diagfactor اضبط عامل فصل الفرق القطري للتكتل
(الافتراضي 0.12)
- [لا] تمديد تبديل خطوة تمديد الكتلة (افتراضي - تمديد)
-f
- Forward استخدم فقط الخيط الأمامي لتسلسلات الاستعلام
-g | maxgap عيّن الحد الأقصى للفجوة بين مطابقتين متجاورتين في ملف
الكتلة (الافتراضي 90)
-h
--مساعدة في عرض معلومات المساعدة والخروج
-l | minmatch تعيين الحد الأدنى لطول المباراة الواحدة (الافتراضي 20)
-o
--الأحزمة تقوم تلقائيًا بإنشاء أسلاك NUCmer1.1 الأصلية
الملف الناتج باستخدام برنامج "show-coords"
- [لا] تحسين تبديل درجة المحاذاة الأمثل ، أي في حالة المحاذاة
يصل الامتداد إلى نهاية التسلسل ، فسوف يتراجع
لتحسين نتيجة المحاذاة بدلاً من إنهاء
المحاذاة في نهاية التسلسل (افتراضي - تحسين)
-p | بادئة عيّن بادئة ملفات الإخراج (الافتراضي "out")
-r
- العكسي استخدم فقط المكمل العكسي لتسلسلات الاستعلام
- [لا] تبسيط المحاذاة عن طريق إزالة الكتل المظللة. منعطف أو دور
يتم إيقاف تشغيل هذا الخيار في حالة محاذاة تسلسل إلى نفسه للنظر
للتكرار (افتراضي - تبسيط)

بروم
برومر يولد محاذاة الأحماض الأمينية بين اثنين من مدخلات DNA-FASTA
الملفات. يتم إنشاء ملفي الإخراج. يسرد ملف الإخراج .cluster
مجموعات التطابقات بين كل تسلسل. يسرد ملف .delta ملفات
المسافة بين عمليات الإدراج والحذف التي تنتج أقصى درجات
المحاذاة بين كل تسلسل. يتم ترجمة مدخلات الحمض النووي إلى الكل 6
قراءة الإطارات من أجل توليد الإخراج ، ولكن إحداثيات الإخراج
الرجوع إلى مدخلات DNA الأصلية.

إلزامي:
مرجع قم بتعيين مرجع الإدخال لملف FASTA DNA المرجعي
الاستعلام قم بتعيين ملف FASTA DNA الخاص باستعلام الإدخال

--mum استخدم مرساة التطابقات الفريدة في كلا المرجع
والاستعلام
- mumcand نفس - الإشارة
--mumreference استخدم مطابقات الارتساء الفريدة في المرجع
ولكن ليس بالضرورة فريدًا في طلب البحث (السلوك الافتراضي)
--maxmatch استخدم جميع مباريات المرساة بغض النظر عن تفردها

-b | breaklen عيّن المسافة التي سيحاول تمديد المحاذاة لها
تمديد مناطق التسجيل الضعيفة قبل الاستسلام ، مقاسة بـ
الأحماض الأمينية (الافتراضي 60)
-c | mincluster يعيّن الحد الأدنى لطول مجموعة التطابقات ، ويُقاس بوحدة
الأحماض الأمينية (الافتراضي 20)
- [لا] دلتا تبديل إنشاء ملف دلتا (افتراضي - دلتا)
--اعتماد طباعة معلومات التبعية والخروج
-d | diagfactor اضبط عامل فصل الفرق القطري للتكتل
(افتراضي .11)
- [لا] تمديد تبديل خطوة تمديد الكتلة (افتراضي - تمديد)
-g | maxgap عيّن الحد الأقصى للفجوة بين مطابقتين متجاورتين في ملف
الكتلة ، تقاس بالأحماض الأمينية (الافتراضي 30)
-l | minmatch عيّن الحد الأدنى لطول المباراة الواحدة ، مُقاسًا بالأمينو
الأحماض (الافتراضي 6)
-m | masklen اضبط الحد الأقصى لإخفاء الواجهة الخلفية ، المقاس بالأمينو
الأحماض (الافتراضي 8)
-o
- الأسطوانات تقوم تلقائيًا بإنشاء PROmer1.1 الأصلي ".coords"
الملف الناتج باستخدام برنامج "show-coords"
- [لا] تحسين تبديل درجة المحاذاة الأمثل ، أي في حالة المحاذاة
يصل الامتداد إلى نهاية التسلسل ، فسوف يتراجع
لتحسين نتيجة المحاذاة بدلاً من إنهاء
المحاذاة في نهاية التسلسل (افتراضي - تحسين)

-p | بادئة عيّن بادئة ملفات الإخراج (الافتراضي "out")
-x | matrix اضبط رقم مصفوفة المحاذاة على 1 [BLOSUM 45] ،
2 [BLOSUM 62] أو 3 [BLOSUM 80] (افتراضي 2)
كرر المباراة ابحث عن جميع التطابقات الدقيقة القصوى في
-E استخدام بحث شامل (بطيء) للعثور على التطابقات
-f Forward strand فقط ، لا تستخدم المكمل العكسي
-n # اضبط الحد الأدنى لطول المطابقة التامة على #
-t يتكرر الإخراج الترادفي فقط
-V # اضبط مستوى الطباعة المطولة (تصحيح الأخطاء) على #
إظهار المحاذاة
-h عرض معلومات التعليمات
-q فرز المحاذاة عن طريق الاستعلام تنسيق بدء التنسيق
-r فرز المحاذاة حسب تنسيق بدء المرجع
-w int اضبط عرض الشاشة - الافتراضي هو 60
-x int اضبط نوع المصفوفة - الافتراضي هو 2 (BLOSUM 62) ،
تشمل الخيارات الأخرى 1 (BLOSUM 45) و 3 (BLOSUM 80)
ملاحظة: له تأثير فقط على محاذاة الأحماض الأمينية
عرض الكورد
-b يدمج المحاذاة المتداخلة بغض النظر عن تطابق dir
أو إطار ولا يعرض أي معلومات عن الهوية.
-B تبديل الإخراج إلى تنسيق btab
-ج قم بتضمين معلومات التغطية المئوية في المخرجات
-d عرض اتجاه المحاذاة في إضافية
أعمدة FRM (افتراضي للعلامة التجارية)
-g خيار موقوف. الرجاء استخدام "فلتر دلتا" بدلاً من ذلك
-h عرض معلومات التعليمات
-H لا تطبع رأس الإخراج
-I float تعيين الحد الأدنى من هوية النسبة المئوية للعرض
-k Knockout (لا تعرض) محاذاة متداخلة
محاذاة أخرى في إطار مختلف بنسبة تزيد عن 50٪
من طولها ، ولديها نسبة تشابه أصغر
أو أقل من 75٪ من حجم المحاذاة الأخرى
(برومير فقط)
-l قم بتضمين معلومات طول التسلسل في الإخراج
-L long اضبط الحد الأدنى لطول المحاذاة للعرض
-o علق على المحاذاة القصوى بين تسلسلين ، أي
التداخل بين تسلسل المرجع والاستعلام
-q فرز خطوط الإخراج بواسطة معرفات الاستعلام والإحداثيات
-r فرز خطوط الإخراج حسب المعرفات المرجعية والإحداثيات
-T تبديل الإخراج إلى تنسيق محدد بعلامات جدولة

الإدخال هو إخراج .delta إما لبرنامج "nucmer" أو "promer" الذي يتم تمريره على
سطر الأوامر.

الإخراج هو stdout ، ويتكون من قائمة الإحداثيات ، والهوية المئوية ، وغيرها
معلومات مفيدة بخصوص بيانات المحاذاة الواردة في ملف .delta المستخدم كملف
إدخال.

ملاحظة: لا يتم إجراء الفرز بشكل افتراضي ، وبالتالي سيتم ترتيب المحاذاة كما تم العثور عليها
في ال إدخال.
عرض snps
-C لا تبلغ عن SNPs من المحاذاة مع الغموض
رسم الخرائط ، أي الإبلاغ فقط عن SNPs حيث [R] و [Q]
تساوي الأعمدة 0 ولا يتم إخراج هذه الأعمدة
-h عرض معلومات التعليمات
-H لا تطبع رأس الإخراج
- أنا لا أبلغ indels
-l قم بتضمين معلومات طول التسلسل في الإخراج
-q فرز خطوط الإخراج حسب معرفات الاستعلام ومواقف SNP
-r فرز خطوط الإخراج حسب المعرفات المرجعية ومواقف SNP
-S تحديد أي محاذاة للإبلاغ عن طريق تمرير
خطوط 'show-coords' إلى stdin
-T التبديل إلى تنسيق محدد بعلامات جدولة
-x int قم بتضمين x أحرف لسياق SNP المحيط في ملف
الإخراج ، الافتراضي 0

الإدخال هو إخراج .delta إما لبرنامج nucmer أو برنامج Promer الذي يتم تمريره على الأمر
الخط.

الإخراج هو stdout ، ويتكون من قائمة SNPs (أو بدائل الأحماض الأمينية لـ
برومير) مع المناصب والمعلومات المفيدة الأخرى. سيتم فرز الإخراج بـ -r افتراضيًا
وسيشير العمود [BUFF] دائمًا إلى التسلسل الذي تم فرز مواضعه.
تحدد هذه القيمة المسافة من SNP هذا إلى أقرب عدم تطابق (نهاية المحاذاة ،
indel ، SNP ، إلخ) في نفس المحاذاة ، بينما يحدد العمود [DIST] المسافة
من SNP هذا إلى أقرب نهاية تسلسل. SNPs التي لها أعمدة [R] و [Q]
يجب تقييم أكبر من 0 بحذر ، حيث تحدد هذه الأعمدة عدد
المحاذاة الأخرى التي تتداخل مع هذا الموقف. استخدم -C لضمان الإبلاغ عن SNPs فقط من
مناطق محاذاة فريدة.

عرض التبليط
-a وصف مسار التجانب عن طريق طباعة مفصول بعلامات جدولة
إحداثيات منطقة المحاذاة إلى stdout
-c افترض أن التسلسلات المرجعية دائرية ، وتسمح
contigs المبلطة لتغطي الأصل
-g int تعيين أقصى فجوة بين المحاذاة العنقودية [-1 ، INT_MAX]
ستمثل القيمة -1 اللانهاية
(nucmer الافتراضي = 1000)
(الافتراضي للعلامة التجارية = -1)
-i عائم تعيين الحد الأدنى من هوية النسبة المئوية للبلاط [0.0 ، 100.0]
(nucmer الافتراضي = 90.0)
(الافتراضي للعلامة التجارية = 55.0)
-l int تعيين الحد الأدنى للطول للإبلاغ [-1 ، INT_MAX]
ستمثل القيمة -1 اللانهاية
(الافتراضي العام = 1)
-p file إخراج جزيء زائف من contigs الاستعلام إلى "file"
-R التعامل مع contigs المتكررة عن طريق وضعها بشكل عشوائي
في أحد مواقع النسخ الخاصة بهم (يعني -V 0)
-t ملف إخراج قائمة contig نمط TIGR لكل تسلسل استعلام
يتطابق بشكل كافٍ مع المرجع (غير دائري)
-u ملف إخراج إحداثيات منطقة محاذاة محددة بعلامات جدولة
من contigs غير صالحة للاستعمال إلى "ملف"
-v float تعيين الحد الأدنى من تغطية contig للبلاط [0.0 ، 100.0]
(nucmer الافتراضي = 95.0) مجموع المحاذاة الفردية
(العرض الافتراضي للعلامة = 50.0) مدى المنطقة المخلقة
-V float Set أدنى فرق تغطية contig [0.0 ، 100.0]
أي الفرق المطلوب لتحديد محاذاة واحدة
هي "أفضل" من محاذاة أخرى
(nucmer الافتراضي = 10.0) مجموع المحاذاة الفردية
(العرض الافتراضي للعلامة = 30.0) مدى المنطقة المخلقة
-x وصف مسار التجانب عن طريق طباعة XML contig
ربط المعلومات بـ stdout

الإدخال هو إخراج .delta لبرنامج nucmer ، يعمل على بيانات تسلسل متشابهة جدًا ، أو
إخراج delta من البرنامج الترويجي ، يتم تشغيله على بيانات تسلسل متباعد.

الإخراج هو stdout ، ويتكون من الموقع المتوقع لكل استعلام محاذاة
contig كما تم تعيينه إلى التسلسلات المرجعية. هذه الإحداثيات تشير إلى مدى
كونتيج الاستعلام بالكامل ، حتى عندما كانت نسبة معينة فقط من كونتيج في الواقع
محاذاة (ما لم يتم استخدام الخيار -a). الأعمدة هي ، تبدأ في المرجع ، وتنتهي في المرجع ، والمسافة إلى
contig التالي ، طول هذا contig ، تغطية المحاذاة ، الهوية ، الاتجاه ، والمعرف
على التوالي.

استخدم mgaps عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net