micro_razers - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

micro_razers

موجز

أجهزة micro_razers [خيارات]

الوصف

يستخدم MicroRazerS استراتيجية رسم الخرائط القائمة على البادئة لتعيين قراءات RNA الصغيرة على الأرجح
تحتوي على تسلسل محول 3 بوصات.

(ج) حقوق الطبع والنشر 2009 بواسطة Anne-Katrin Emde.

-h, --مساعدة

يعرض رسالة المساعدة هذه.

--الإصدار

عرض معلومات الإصدار

الخيارات الرئيسية ::

-o, --انتاج FILE

تغيير اسم ملف الإخراج. تقصير: .نتيجة.

-ص, - معدل الاعتراف NUM

قم بتعيين معدل التعرف على النسبة المئوية في النطاق [80..100]. الافتراضي: 100.

-sl, - طول البذور NUM

طول البذرة في النطاق [10..inf]. الافتراضي: 16.

-SE, --خطأ البذور

السماح لخطأ واحد في البذور

-f, --إلى الأمام

تقرأ الخريطة فقط لإعادة توجيه الخيوط.

-r, --يعكس

تقرأ الخريطة فقط لعكس الخيوط.

-م.ن, --مباراة- N

يتطابق الحرف "N" مع جميع الشخصيات الأخرى

-m, - ماكس يضرب NUM

إخراج NUM فقط من أفضل النتائج في النطاق [1..inf]. الافتراضي: 100.

-با, - غموض غامض

قراءة التطهير مع أكثر من أقصى عدد من الضربات الأفضل المطابقات

-للم, --ذاكرة منخفضة

تقليل استخدام الذاكرة على حساب وقت التشغيل

-v, - الإسراف

وضع مفصل

-vv, - مبالغة

وضع مطول للغاية

خيارات تنسيق الإخراج ::

-من, --تنسيق الإخراج NUM

ضبط تنسيق الإخراج. 0 = تنسيق MicroRazerS، 1 = SAM. في النطاق [0..1].

-a, --تنسيق

تفريغ المحاذاة لكل مباراة

-gn, - تسمية الجينوم NUM

حدد كيفية تسمية الجينوم. 0 = استخدم معرّف Fasta ، 1 = عدّد البداية بـ 1. In
النطاق [0..1]. الافتراضي: 0.

-rn, - تسمية القراءة NUM

حدد كيفية تسمية القراءات. 0 = استخدم معرّف Fasta ، 1 = عدّد البداية بـ 1. In
النطاق [0..1]. الافتراضي: 0.

-وبالتالي, --امر ترتيب NUM

حدد كيف يتم فرز التطابقات. 0 = قراءة الرقم ، 1 = موضع الجينوم. في النطاق
[0..1]. الافتراضي: 0.

-pf, - تنسيق الموقف NUM

حدد ترقيم موضع البداية / النهاية (انظر قسم التنسيق أدناه). 0 = مساحة الفراغ ،
1 = مساحة الموضع. في النطاق [0..1]. الافتراضي: 0.

VERSION

إصدار micro_razers: 1.0.1 آخر تحديث في يوليو 2009

استخدم micro_razers عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net