mincresample - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

mincresample - يعيد تشكيل ملف minc بطول أبعاد مكانية جديدة

موجز

مينكريسبلت [ ]

الوصف

مينكريسببل سيعيد تشكيل ملف minc بطول أبعاد مكانية جديدة باستخدام فوكسل جديد
المواقف. كل وحدة تخزين في ملف الإدخال (معطاة بالأبعاد المكانية xspace ، yspace
و zspace) وفقًا لخيارات سطر الأوامر. الأبعاد غير المكانية هي
محفوظة بترتيبها الأصلي ، ولكن يمكن إعادة ترتيب الأبعاد المكانية لإعطاءها
الصور المستعرضة أو السهمية أو الإكليلية. يتم حساب قيم فوكسل الجديدة باستخدام ثلاثي-
استيفاء خطي أو ثلاثي التكعيب أو أقرب جار.

العالم COORDINATES

إحداثيات العالم تشير إلى الإحداثيات الملليمترية المتعلقة ببعض الأصول المادية
(إما الماسح أو بعض الهياكل التشريحية). إحداثيات Voxel هي ببساطة تنسيق
مؤشرات في حجم الصورة لفوكسل معين. من أجل تحديد المناسب
خيارات إعادة التشكيل ، من الضروري فهم كيفية تنسيق عمل تحويلات MINC.

يتم تحديد كل بُعد من أبعاد حجم صورة MINC بالاسم - يتم تحديد الأبعاد المكانية
xspace و yspace و zspace. الاصطلاح هو أن إحداثيات xspace الإيجابية تعمل من ملف
من الجانب الأيسر للمريض إلى الجانب الأيمن ، تعمل إحداثيات yspace الإيجابية من الخلف للمريض
إلى إحداثيات zspace الأمامية والإيجابية تعمل من أدنى إلى أعلى. لكل من
هذه الأبعاد المكانية ، يتم تحديد تحويل إحداثيات العالم بواسطة زوج من
السمات: الخطوة والبدء. إحداثي عالم xspace ، على سبيل المثال يتم حسابه باستخدام x
= v * step + start ، حيث x هي إحداثيات العالم x و v هي عدد فوكسل (بدءًا من
صفر). وبالتالي فإن حجم سمة الخطوة يحدد المسافة بين وحدات البكسل و
تحدد علامة سمة الخطوة اتجاه المحور.

هناك تطور آخر: يُسمح لملفات MINC بأن تحتوي على محاور غير متعامدة بامتداد
أبعاد غير متوافقة تمامًا مع المحور المحدد. يمكن أن يكون هناك direction_cosine
السمة التي تعطي الاتجاه الحقيقي للمحور. على سبيل المثال ، عادةً xspace
يجب أن يتماشى البعد مع المحور x العالمي ، أي. اتجاه جيب التمام = (1,0,0،XNUMX،XNUMX) ؛ لكن،
من الممكن أن يكون جيب التمام للاتجاه (0.9 ، 0.43589 ، 0).

توفر هذه السمات (الخطوة ، والبدء ، و direction_cosines) تحويلاً من voxel
إحداثيات إحداثيات العالم. يتم دمجه مع عدد من العناصر أو العينات على طول ملف
المحور ، فهي توفر وصفًا كاملاً للمكان الذي يجب أن تكون فيه عينات المخرجات.
ومع ذلك ، عندما نقوم بإعادة أخذ عينات البيانات ، فإننا كثيرًا ما نهتم بتغيير العالم
الإحداثيات: من نظام إحداثيات ماسح التصوير بالرنين المغناطيسي إلى نظام إحداثيات ماسح التصوير المقطعي بالإصدار البوزيتروني ،
على سبيل المثال ، أو من حجم في مساحة الاستحواذ الخاصة به إلى الإحداثيات في معيار
فضاء. يمكن تحديد هذا التغيير في إحداثيات العالم من خلال استخدام ملف
ملف التحويل (.xfm). وبالتالي ، بشكل عام ، تتضمن عملية إعادة التشكيل ثلاثة
التحويلات: من إحداثيات voxel لملف الإدخال إلى إحداثيات عالمه
(محدد بواسطة ملف الإدخال) ، من إحداثيات عالم الإدخال إلى عالم الإخراج
الإحداثيات (المحددة بواسطة ملف التحويل) ، ومن عالم ملف الإخراج
ينسق إلى إحداثيات voxel الخاصة به (المحددة بواسطة خيارات سطر الأوامر).

بشكل عام ، نادرًا ما يتم استخدام جيب التمام للاتجاه - يتم تحديد إعادة توجيه المحور بواسطة a
تغيير إحداثيات العالم (ملف التحويل). كذلك ، إعادة تشكيل المواقف
(عالم الإخراج لتحويل فوكسل) غالبًا ما يتم تحديده بالنسبة لملف نموذج (أي.
إعادة تشكيل هذا الملف بحيث يبدو مثل هذا الملف). على الرغم من وجود العديد من الخيارات لملف
المواصفات الكاملة للتحول ، لا يحتاج المرء عادة إلى تحديد المزيد
من عدد قليل منهم.

OPTIONS

لاحظ أنه يمكن تحديد الخيارات بصيغة مختصرة (طالما أنها فريدة) و
يمكن إعطاؤها في أي مكان على سطر الأوامر.

العلاجات العامة الخيارات

-2 قم بإنشاء ملفات الإخراج بتنسيق MINC 2.0.

-ضرب بقسوة
الكتابة فوق ملف موجود.

-نوكلوبر
لا تكتب فوق ملف موجود (افتراضي).

-إفراط
اطبع معلومات التقدم لكل شريحة محسوبة (افتراضيًا).

-هادئ لا تطبع معلومات التقدم.

جارى الاختزال مواصفة

الخيارات التي تعطي عينات الإخراج (كل ما يلي باستثناء -تحويل) هي
يتم تحليلها بالترتيب الذي تظهر به في سطر الأوامر. وبالتالي فإن الأمر مع -مثل
file.mnc -الزنابير 34 -Zstep 2 سيعطي عينة من هذا القبيل في ملف في file.mnc لكن
مع 34 عينة في 2 مم على طول com.zspace محور. يتم أخذ العينات الافتراضية من
ملف الإدخال ، تم تحويله وفقًا لأي تحويل.

-تحويل file.xfm
حدد ملفًا يعطي العالم تحويلاً في الإحداثيات (الافتراضي هو الهوية
تحويل).

-invert_transformation
اقلب التحويل قبل استخدامه.

- noinvert_transformation
لا تقم بعكس التحويل (افتراضي).

-tfm_input_sampling
تحويل أخذ العينات المدخلات (باستخدام التحويل المحدد بواسطة -تحويل)
جنبًا إلى جنب مع البيانات واستخدام هذا كعينة افتراضية (افتراضي).

-use_input_sampling
استخدم أخذ العينات المدخلة كعينة افتراضية ، كما هي ، بدون تحويل ، حتى
على الرغم من أن البيانات يتم تحويلها (السلوك القديم).

-مثل file.mnc
حدد ملف نموذج يعطي عالم الإخراج لتحويل voxel ورقمه
من العناصر (أي تحويل هذا الملف بحيث يبدو مثل ذلك).

- أخذ العينات المعياري
اضبط أخذ العينات على القيم القياسية (البداية = 0 ، الخطوة = 1 ، نقطة جيب التمام في الاتجاه
على طول المحاور المناسبة).

نوع الفضاء سلسلة
عيّن اسم مساحة الإخراج (عادةً محلي____ or تاليراش).

-تاليراخ
اضبط اسم مساحة الإخراج على talairach_.

-وحدات سلسلة
اضبط وحدات مساحة الإخراج.

-الأصل ox oy oz
حدد إحداثيات فوكسل الأول. هذه ليست نفس قيمة البداية
إذا كان اتجاه جيب التمام غير قياسي. كذلك ، فإن البداية ليست مجرد ملف
الإسقاط العمودي للأصل على المحور ، إنه إسقاط موازٍ
(كما هو الحال في إسقاط متوازي الأضلاع متعدد الأبعاد). يتم التعامل مع التحويل
بشكل صحيح من خلال هذا الخيار.

-الروابط nx ny nz
عدد العناصر على طول كل أبعاد العالم.

-xnelements nx
عدد العناصر على طول بُعد xspace.

-الآباء ny
عدد العناصر على طول بُعد yspace.

-الزنابير nz
عدد العناصر على طول البعد zspace.

-step com.xstep ystep com.zstep
خطوة بين فوكسل على طول كل أبعاد العالم.

-xstep com.xstep
خطوة بين voxels على طول البعد xspace.

-خطوة ystep
خطوة بين voxels على طول البعد yspace.

-Zstep com.zstep
خطوة بين voxels على طول البعد zspace.

-بداية اكسستارت ystart zstart
موقع مركز فوكسل الأول على طول كل من أبعاد العالم.

-xstart اكسستارت
موقع مركز voxel الأول على طول بُعد xspace.

ابدأ ystart
موقع مركز فوكسل الأول على طول البعد yspace.

-Zstart zstart
موقع مركز فوكسل الأول على طول البعد zspace.

-ديركوس x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
جيب التمام الاتجاه لكل من محاور العالم.

-xdircos x1 x2 x3
جيب التمام الاتجاه لبعد xspace.

-ديركوس y1 y2 y3
جيب التمام الاتجاه لبعد yspace.

-زديركوس z1 z2 z3
جيب التمام الاتجاه لبعد zspace.

بعد تنظيم

الافتراضي هو الحفاظ على ترتيب الأبعاد الأصلي.

-مستعرض
اكتب الشرائح المستعرضة.

-سهمي
اكتب الشرائح السهمية.

-تاجي
اكتب الشرائح الإكليلية.

الناتج البيانات نوع و نطاق

الافتراضي للنوع والتوقيع والنطاق الصالح هو استخدام تلك الخاصة بملف الإدخال. إذا كان النوع
المحدد ، ثم يتم تعيين كل من النطاق الصالح والتوقيع على الإعداد الافتراضي لهذا النوع. إذا كانت العلامة
محدد ، ثم يتم تعيين النطاق الصالح على الإعداد الافتراضي للنوع والتوقيع.

بايت تخزين وحدات البكسل الناتجة في تنسيق عدد صحيح 8 بت.

-قصيرة تخزين وحدات البكسل الناتجة في تنسيق عدد صحيح 16 بت.

-int تخزين وحدات البكسل الناتجة في تنسيق عدد صحيح 32 بت.

لونغ حلت محلها -int.

-يطفو تخزين وحدات البكسل الناتجة في تنسيق النقطة العائمة 32 بت.

-مزدوج
تخزين وحدات البكسل الناتجة في تنسيق النقطة العائمة 64 بت.

-وقعت
اكتب القيم كأعداد صحيحة موقعة (الافتراضي للقصر والطويل). تم التجاهل لـ
أنواع الفاصلة العائمة.

غير موقعة
اكتب القيم كأعداد صحيحة بدون إشارة (افتراضي للبايت). تم تجاهله من أجل الطفو
أنواع النقاط.

-نطاق دقيقة ماكس
يحدد النطاق الصالح لقيم voxel الإخراج. الافتراضي هو النطاق الكامل لـ
اكتب ووقع. يتم تجاهل هذا الخيار لقيم الفاصلة العائمة.

-حفظ_الحقيقية
الحفاظ على الحد الأدنى الحقيقي والحد الأقصى من حجم الإدخال ، بحيث تكون القيم
تحجيم بنفس الطريقة على الإخراج. هذا مفيد بشكل خاص لإعادة تشكيل التسمية
مجلدات حيث لا يكون لإقحام قيم الكثافة معنى.

-نوكييب_ريال_رينج
أعد حساب الحد الأدنى الحقيقي والحد الأقصى لكل شريحة إخراج. هذا هو الافتراضي.

معالجة of غير محدد (غير صالح) فوكسل القيم

-يملأ وحدات فوكسل الإخراج التي تقع خارج حجم الإدخال لها قيم غير محددة. عندما
-يملأ الخيار المستخدم ، يتم إعطاء هذه وحدات البكسل قيمة خارج الصالح
النطاق (أقل من الحد الأدنى الصالح ، إذا كان النوع والتوقيع والمدى الصالح يسمحان بذلك)
أنه يمكن اكتشافها بواسطة برامج أخرى. قيم هذه voxels ليست كذلك
المدرجة في صورة ماكس و الصورة دقيقة المتغيرات.

-بدون تعبئة
استخدم قيمة حقيقية / مادية (وليس قيمة فوكسل) للصفر للنقاط خارج الإدخال
مقدار. يتم تضمين هذه النقاط في حساب صورة ماكس و الصورة دقيقة
المتغيرات. هذا هو الافتراضي.

-ملء قيمة التعبئة
يحدد قيمة حقيقية / فيزيائية (وليس قيمة فوكسل) للنقاط خارج المدخلات
مقدار. لا يتم تضمين النقاط في حساب صورة ماكس و صورة-
دقيقة المتغيرات.

استيفاء الخيارات

-ثلاثي الخطوط
قم بعمل استيفاء ثلاثي الخطي بين وحدات البكسل. حواف الحجم في
مركز وحدات البكسل الأولى والأخيرة ذات البعد. هذا هو الافتراضي.

-تعربية
قم بعمل استيفاء ثلاثي التكعيب بين وحدات البكسل. حواف الحجم في
مركز وحدات البكسل الأولى والأخيرة ذات البعد.

-أقرب جار
قم بإجراء الاستيفاء الأقرب للجيران بين وحدات البكسل (على سبيل المثال ، اعثر على voxel الأقرب إلى
النقطة واستخدام قيمتها). حواف الحجم على حافة الأول
وأخيرًا وحدات فوكسل ذات بُعد (مركز +/- فصل نصف فوكسل).

-سينك قم بإجراء الاستيفاء المعاد تطبيعه في النافذة بين وحدات البكسل ، كما وصفه ثاكر
وآخرون. JMRI 10: 582-588 (1999).

-عرض n
يحدد نصف عرض نواة الاستيفاء الصادق ، في النطاق من 1 إلى
10. العرض الكامل للنواة الصادقة هو n * 2 + 1 ، وبالتالي يختلف من 3 إلى 21.
القيمة الافتراضية هي 5 مما يعطي عرضًا كاملاً لـ 11.

-شانينغ
استخدم نافذة هانينج مع المحرف الصادق. هذا هو الافتراضي.

- التهجم
استخدم نافذة هامنج مع المحرف الصادق.

عام الخيارات

-مساعدة اطبع ملخصًا لخيارات سطر الأوامر واخرج.

-الإصدار
اطبع رقم إصدار البرنامج واخرج.

أمثلة

إعادة أخذ عينة من دماغ الفرد في مساحة قياسية على شبكة أخذ العينات القياسية:

mincresample single.mnc in_std_space.mnc \
-تحويل convert_to_standard_space.xfm \
-مثل standard_sampling.mnc

قم بإعادة تشكيل حجم التصوير بالرنين المغناطيسي ليتم مطابقته مع حجم PET ، ولكن بدقة أكثر دقة:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-تحويل mri_to_pet.xfm- مثل pet.mnc \
-الخطوة 1 1 2 -xstart -0.5-البداية -0.5 \
- التحويلات 256 256

تحويل حجم عرضي إلى حجم سهمي:

عينة صغيرة عرضية.mnc سهمية.mnc \
-السهمي -الأقرب

قم بتحويل حجم عرضي 256 × 256 × 64 (1 × 1 × 2 مم) إلى حجم عرضي 256 × 128 × 256 (1 × 1 × 1 مم):

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc-sagittal \
-Zstep 1 -znelem 128

احصل على عينة محورية أكثر دقة على حجم PET:

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-Zstep 2-زنيلمينتس 46

استخدم mincresample عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net