mincreshape - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

mincreshape - يقطع hyperslab من ملف minc (مع إعادة ترتيب الأبعاد)

موجز

com.mincreshape [ ] .mnc .mnc

الوصف

Mincreshape's تتمثل المهمة الرئيسية في قطع ملف hyperslab من ملف minc ووضعه في ملف
ملف minc. تسأل "ما هو مختبر hyperslab؟". إنه ببساطة صندوق متعدد الأبعاد محدد
مع فهرس البداية (متجه يعطي إحداثيات فوكسل) ومتجه العد (عدد من
voxels على طول كل محور). شريحة مفردة من الحجم عبارة عن مخطط مفرط (مع عدد 1
في اتجاه الشريحة) ، كتلة صغيرة مسحوبة من حجم كبير هي hyperslab ، أ
حجم صدى واحد من مجموعة بيانات التصوير بالرنين المغناطيسي متعددة الصدى هو مخطط مفرط ، نقطة واحدة من أصل
الاستحواذ الديناميكي هو مختبر فائق - تحصل على الفكرة. تفحص ال -بداية, -العد و
-غير المدى خيارات لمزيد من التفاصيل حول كيفية القيام بذلك (وإلقاء نظرة على الأمثلة!). اذا أنت
تقوم بسحب نقطة واحدة فقط على طول أحد الأبعاد ، فلديك خيار جعل
البعد تختفي ، لذلك com.mincreshape يمنحك القدرة على تقليل أبعاد
ملف minc. بالإضافة إلى ذلك ، لست مقيدًا بتحديد مخطط فرعي موجود فقط في الداخل
ملف الإدخال ، يمكنك توسيع حدود الأبعاد في ملف الإدخال ، و
علاوة على ذلك ، يمكنك إعطاء عدد من شأنه أن يقلب البيانات على طول أحد الأبعاد.

كأن كل هذا لا يكفي ، com.mincreshape لديه القدرة على إعادة ترتيب الأبعاد. أكثر
الحالة الواضحة هي تحويل الصورة المستعرضة إلى صورة إكليلية. ولكن يمكنك كتابة أ
قائمة أسماء الأبعاد للحصول على ترتيب عشوائي للأبعاد.

تريد المزيد!؟! حسنا حسنا. مينكرشيب يجعل جميع عمليات ICV لمكتبة minc
متاح في سطر الأوامر. بالنسبة لأولئك الذين يحبون الأشياء المحددة ، فإن القيمة المحلية المضافة هي صورة
متغير التحويل (لا تسألني عن سبب تسميته بهذا) والذي يتيح لك في الأساس معرفة ملف
البيانات بالشكل الذي ستبدو عليه. بمعنى آخر ، إنها تقوم بمجموعة من التحويلات لك.
تتضمن هذه التحويلات تغيير النوع والمدى وتطبيع قيم فوكسل ،
توسيع أو تقليص الصور (عن طريق نسخ voxel أو المتوسط) لإعطاء ملف
حجم الصورة ، وتحويل الصور المتجهة إلى الحجمي.

فقط حتى لا تشعر بالارتباك ، دعني أخبرك بوضوح هنا: com.mincreshape يفعل كل من
يتم تطبيق تحويلات القيمة المحلية المضافة (ICV) أولاً ثم على عناصر إعادة ترتيب المعمل الفائق والأبعاد
نتيجة ذلك. لذلك إذا كنت تريد مزجها معًا (مثل - بحجم, -بداية, -العد),
اجعله واضحًا في رأسك أولاً.

حسنًا ، تمسك بمقعدك: إليك قائمة بالخيارات.

OPTIONS

لاحظ أنه يمكن تحديد الخيارات بصيغة مختصرة (طالما أنها فريدة) و
يمكن إعطاؤها في أي مكان على سطر الأوامر.

العلاجات العامة الخيارات

-2 قم بإنشاء ملفات الإخراج بتنسيق MINC 2.0.

-ضرب بقسوة
الكتابة فوق ملف موجود.

-نوكلوبر
لا تكتب فوق ملف موجود (افتراضي).

-إفراط
اطبع معلومات التقدم لكل جزء من البيانات المنسوخة (افتراضي). قطعة
تختلف في الحجم اعتمادًا في الغالب على ما إذا كنت تعيد ترتيب الأبعاد أم لا و
ما هو حجم المخزن المؤقت الداخلي المسموح به.

-هادئ لا تطبع معلومات التقدم.

-الحد الأقصى_الحجم_في_الكيب المقاسات
حدد الحجم الأقصى لمخزن النسخ المؤقت (بالكيلو بايت). الافتراضي هو 4096 كيلو بايت
(4 ميغا).

صورة تحويل الخيارات (بكسل نوع و يتراوح):

الافتراضي للنوع والتوقيع والنطاق الصالح هو استخدام تلك الخاصة بملف الإدخال. إذا كان النوع
المحدد ، ثم يتم تعيين كل من النطاق الصالح والتوقيع على الإعداد الافتراضي لهذا النوع. إذا كانت العلامة
محدد ، ثم يتم تعيين النطاق الصالح على الإعداد الافتراضي للنوع والتوقيع.

-نوع الملف
لا تقم بأي نوع من أنواع التحويل (افتراضي).

بايت تخزين وحدات البكسل الناتجة في تنسيق عدد صحيح 8 بت.

-قصيرة تخزين وحدات البكسل الناتجة في تنسيق عدد صحيح 16 بت.

-int تخزين وحدات البكسل الناتجة في تنسيق عدد صحيح 32 بت.

لونغ حلت محلها -int.

-يطفو تخزين وحدات البكسل الناتجة في تنسيق النقطة العائمة 32 بت.

-مزدوج
تخزين وحدات البكسل الناتجة في تنسيق النقطة العائمة 64 بت.

-وقعت
اكتب القيم كأعداد صحيحة موقعة (الافتراضي للقصر والطويل). تم التجاهل لـ
أنواع الفاصلة العائمة.

غير موقعة
اكتب القيم كأعداد صحيحة بدون إشارة (افتراضي للبايت). تم تجاهله من أجل الطفو
أنواع النقاط.

-مجال صحيح دقيقة ماكس
يحدد النطاق الصالح لقيم voxel الإخراج في تمثيلها الصحيح.
الافتراضي هو النطاق الكامل للنوع والتوقيع. تم تجاهل هذا الخيار ل
قيم الفاصلة العائمة.

-نطاق_صورة دقيقة ماكس
تطبيع الصور لقيمة حقيقية الحد الأدنى والحد الأقصى (وليس قيمة فوكسل).

- تطبيع
تطبيع الصور إلى الحد الأدنى الحقيقي والحد الأقصى لملف الإدخال بأكمله.

- غير طبيعي
لا تطبيع الصور (افتراضي).

-نوبيكسفيل
لا تقم بتحويل القيم خارج النطاق في ملف الإدخال ، فقط قم بنسخها من خلال.

-بكسل ملء
استبدل القيم خارج النطاق في ملف الإدخال بأصغر قيمة ممكنة (افتراضي).

-قيمة تعبئة البكسل قيمنا
حدد قيمة بكسل جديدة لاستبدال القيم خارج النطاق في ملف الإدخال.

صورة تحويل الخيارات (البعد اتجاه و مقاس):

-العددية
تحويل الصور المتجهة إلى صور رقمية (الصورة المتجهة هي واحدة ذات Vector_dimension
باعتباره البعد الأسرع تباينًا). يتم إزالة البعد المتجه والقيم
متوسط.

-نوسكالار
لا تقم بتحويل الصور المتجهة إلى صور رقمية (افتراضي).

+ الاتجاه
اقلب الصور لإعطاء قيمة خطوة موجبة للمحاور المكانية. لاحظ أن التقليب
من المحاور المكانية تنطبق فقط على "أبعاد الصورة". هذان هما الأسرع
أبعاد مختلفة (غير متجهية) في الملف. إذا كنت تريد قلب صورة غير
البعد ، يمكنك تحويله إلى بعد الصورة باستخدام - الحجم خافت= -1 (لل
-1 يعني عدم تغيير الحجم حقًا). تحقق من الأمثلة.

-اتجاه
قلب الصور لإعطاء قيمة خطوة سلبية للمحاور المكانية.

-اي اتجاه
لا تقلب الصور على طول المحاور المكانية (افتراضي).

+ xdirection
اقلب الصور لإعطاء xspace موجب: قيمة الخطوة (من اليسار إلى اليمين).

-xdirection
اقلب الصور لإعطاء xspace سالب: قيمة الخطوة (من اليمين إلى اليسار).

-xanydirection
لا تقلب الصور على طول المحور السيني.

+ ydirection
اقلب الصور لإعطاء مسافة موجبة: قيمة الخطوة (من الخلف إلى الأمام).

الاتجاه
اقلب الصور لإعطاء مسافة سالبة yspace: قيمة الخطوة (من الأمام إلى اللاحق).

-yanydirection
لا تقلب الصور على طول المحور ص.

+ zdirection
اقلب الصور لإعطاء zspace موجب: قيمة الخطوة (أدنى إلى متفوق).

-z الاتجاه
اقلب الصور لإعطاء zspace سالب: قيمة الخطوة (أعلى إلى أدنى).

-zanydirection
لا تقلب الصور على طول المحور z.

-حفظه
الحفاظ على نسبة العرض إلى الارتفاع عند تغيير حجم الصور. هذا يعني أن voxels يتم تكرارها
(أو متوسط) نفس عدد المرات على طول كل بُعد للصورة.

-Nokeepaspect
لا تفرض الحفاظ على نسبة العرض إلى الارتفاع عند تغيير حجم الصور (افتراضي).

- بحجم المقاسات
حدد حجم الصورة المطلوب (يُستخدم إذا كان - الحجم or الحجم غير معطى).

- الحجم المقاسات
حدد عدد الصفوف المطلوب في الصورة.

الحجم المقاسات
حدد عدد الأعمدة المطلوب في الصورة.

- الحجم بعد=المقاسات
حدد حجم البعد المسمى (بعد=المقاسات). لاحظ أن تغيير الحجم فقط
ينطبق على "أبعاد الصورة" - عادةً الأسرع تنوعًا (غير المتجه)
أبعاد. للقيام بتغيير حجم البعد ، كل الأبعاد الأسرع تنوعًا حتى حجم
يتم تحويل البعد المسمى إلى أبعاد الصورة ، ثم تتأثر هذه الأبعاد بـ
خيارات الاتجاه. يجب أن يكون اسم البعد وحجمه في سطر أوامر واحد
حجة ، لذلك إذا كنت تستخدم مسافات (وهذا أمر جيد) ، تذكر استخدام علامات الاقتباس لإخفائها
من القشرة.

إعادة تشكيل الخيارات:

-مستعرض
اكتب الشرائح المستعرضة.

-سهمي
اكتب الشرائح السهمية.

-تاجي
اكتب الشرائح الإكليلية.

-dimorder dim1,dim2,dim3، ...
حدد ترتيب الأبعاد ، حيث قاتمة؟ هي أسماء الأبعاد. يمكنك ان تعطي
أبعاد أقل من الموجودة في الملف: يُفترض أنها الأسرع تنوعًا
الأبعاد في ملف الإخراج (so -مستعرض يعادل بالضبط -dimorder
zspace ، yspace ، xspace). مرة أخرى ، يُسمح بالمسافات بين الأسماء ، لكن تذكر
اخفائهم من الصدفة مع الاقتباسات.

-غير المدى أح=بداية[,عد]
حدد نطاق رموز الأبعاد للأبعاد أح. إذا عد مفقود أو
0 ، ثم يتم أخذها على أنها تعني 1 ، ولكن أزل البعد من ملف الإخراج (a
العد 1 سيبقي بعد الحجم 1). سلبي عد يعني قلب البيانات
على طول هذا البعد - في هذه الحالة بداية يحدد أعلى إحداثيات فوكسل
للبعد (-غير المدى xspace = 3، -3 يعطي نسخة مقلوبة من
-غير المدى xspace = 1,3،XNUMX). الخيارات -بداية و -العد توفر طريقة بديلة ل
حدد نفس المعلومات.

-بداية تنسيق 0,تنسيق 1,تنسيق 2، ...

يحدد ركن البداية من اللوح التشعبي (تنتقل الإحداثيات من أبطأ اختلاف
البعد إلى الأسرع). إذا تم إعطاء إحداثيات أقل من الأبعاد الموجودة في
ملف ، ثم يفترض أنها تنطبق على أبطأ أبعاد متغيرة و
الإحداثيات المتبقية مضبوطة على 0. انظر -غير المدى لمزيد من التفاصيل. كلاهما -بداية و
-العد إعطاء المتجهات التي تتوافق مع أبعاد ملف الإدخال بعد الصورة
تم تطبيق خيارات التحويل (ICV).

-العد size0,size1,size2، ...
يحدد أطوال حواف المصفوفة الفائقة للقراءة (تنتقل الإحداثيات من أبطأ اختلاف
البعد إلى الأسرع). إذا تم تحديد أحجام أقل من الأبعاد الموجودة في الملف ،
ثم يفترض أنها تنطبق على أبطأ الأبعاد المتغيرة والباقي
يتم ضبط الأحجام على الحجم الكامل للبعد. يرى -غير المدى لمزيد من التفاصيل.
يبلغ قطر كلاً من -بداية و -العد إعطاء المتجهات التي تتوافق مع أبعاد ملف الإدخال بعد
تم تطبيق خيارات تحويل الصور (ICV).

مفقود البيانات الخيارات:

-بدون تعبئة
استخدم القيمة صفر للنقاط خارج حجم الإدخال (افتراضي).

-يملأ استخدم قيمة تعبئة للنقاط خارج حجم الإدخال (أدنى قيمة ممكنة).

-ملء قيمنا
حدد قيمة تعبئة للنقاط خارج حجم الإدخال (هذه قيمة حقيقية ،
ليس قيمة بكسل).

عام الخيارات For من جميع أوامر:

-مساعدة اطبع ملخصًا لخيارات سطر الأوامر واخرج.

-الإصدار
اطبع رقم إصدار البرنامج واخرج.

أمثلة:

افترض أن لدينا مجلدًا بأبعاد zspace و yspace و xspace (وهذا عرضي)
وأحجام 128 ، 256 ، 256. إذا أردنا إخراج شريحة 40 منها (مع الاحتفاظ بالإحداثيات
معلومات عن البعد zspace) ، ثم يمكننا استخدام

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace = 40,1،XNUMX

بدلا من ذلك ، يمكننا استخدام

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40,0,0،1,256,256،XNUMX -count XNUMX،XNUMX،XNUMX

أو ببساطة

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40،1،XNUMX -count XNUMX،XNUMX،XNUMX

إذا أردنا التخلص من بُعد zspace ، فيمكننا استخدام

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace = 40,0،XNUMX

دعنا نحصل على كتلة من المنتصف ونقلبها على طول xspace:

مينكرشيب original.mnc new.mnc \
- البداية 40,10,240،1,200،200 - العد XNUMX،XNUMX، -XNUMX

لكن لماذا تكبح جماح أنفسنا؟ دعنا نخرج من الحدود:

مينكرشيب original.mnc new.mnc \
-البدء 40 ، -100,340،1,200 -العد 200 ، -XNUMX

إذا كنت تريد حجمًا سهميًا ، فاستخدم هذا:

mincreshape original.mnc new.mnc -sagittal

ماذا عن بعض الرؤوس الجانبية - اقلب x و y. وتحويلها إلى بايت لتوفير المساحة أثناء
نحن فيه:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace، yspace -byte

ترغب في تخزين وحدات التخزين بترتيب x ، y ، z (هذا هو أسرع اختلاف في z! أعرف بعض الأشخاص الذين
افعلها!)؟ تمام.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace، yspace، zspace

لكنك معتدل (ولا تمانع في المخاطرة). هذا هو نفس الشيء (لكنه
قد ينكسر لملف آخر):

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder zspace

دعنا نتأكد من أن جميع الأبعاد لها سمة خطوة سلبية (انظر الخيار + الاتجاه
للحصول على بعض التفاصيل):

mincreshape original.mnc new.mnc -deamion -dimsize zspace = -1

استخدم mincreshape عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net