هذا هو الأمر mirabait الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
ميرابيت - اختر القراءات من مجموعة القراءة
موجز
ميرابيت [-f ] [-t [-ر ...]] [-iklor] ملف الطعم ملف
الوصف
ميرابيت يختار القراءات من مجموعة قراءة متشابهة جزئيًا أو مساوية لها
تسلسلات محددة على أنها الطعوم المستهدفة. يتم تعريف التشابه من خلال إيجاد مستخدم قابل للتعديل
عدد k-mers المشترك (تسلسلات k من القواعد المتتالية) والتي هي نفسها في الطعم
يتم تحديد التسلسلات والتسلسلات المعروضة، إما للأمام أو للخلف
تكملة الاتجاه
OPTIONS
-f
تحميل هذا النوع من ملفات المشروع ، حيث fromtype هو:
تسلسلات الكاف من CAF
تسلسل maf من MAF
تسلسلات الدكتوراه من الدكتوراه
تسلسلات gbf من GBF
تسلسلات fasta من FASTA
تسلسلات fastq من FASTQ
-t
اكتب التسلسلات لهذا النوع (إشارات متعددة لـ -t مسموح):
تسلسلات fasta إلى FASTA
تسلسلات fastq إلى FASTQ
تسلسلات caf إلى CAF
تسلسل maf إلى MAF
أسماء تسلسل النص إلى ملف نصي
-k k-mer، طول الطعم في القواعد (<32، الافتراضي=31)
-n دقيقة. عدد الطعوم k-mer المطلوبة (الافتراضي = 1)
-i الضربة العكسية: تكتب فقط التسلسلات التي لا تضرب الطعم
-r لا يوجد فحص للاتجاه المكمل العكسي
-o إزاحة جودة fastq (فقط لـ -f = 'fastq') إزاحة قيم الجودة في FASTQ
ملف. الافتراضي: 33 تحاول القيمة 0 التعرف تلقائيًا.
-f
تحميل هذا النوع من ملفات المشروع ، حيث fromtype هو:
تسلسلات الكاف من CAF
تسلسل maf من MAF
تسلسلات الدكتوراه من الدكتوراه
تسلسلات gbf من GBF
تسلسلات fasta من FASTA
تسلسلات fastq من FASTQ
-t
اكتب التسلسلات لهذا النوع (إشارات متعددة لـ -t مسموح):
تسلسلات fasta إلى FASTA
تسلسلات fastq إلى FASTQ
تسلسلات caf إلى CAF
تسلسل maf إلى MAF
أسماء تسلسل النص إلى ملف نصي
-k k-mer، طول الطعم في القواعد (<32، الافتراضي=31)
-n دقيقة. عدد الطعوم k-mer المطلوبة (الافتراضي = 1)
-i الضربة العكسية: تكتب فقط التسلسلات التي لا تضرب الطعم
-r لا يوجد فحص للاتجاه المكمل العكسي
-o إزاحة جودة fastq (فقط لـ -f = 'fastq') إزاحة قيم الجودة في FASTQ
ملف. الافتراضي: 33 تحاول القيمة 0 التعرف تلقائيًا.
استخدم ميرابيت عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net