nifti_tool - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

nifti_tool - أداة معالجة متعددة الأغراض لملفات NIfTI

موجز

nifti_tool -مساعدة أظهر هذه المساعدة

nifti_tool -help_hdr عرض معلومات حقل nifti_1_header

nifti_tool -help_nim عرض معلومات الحقل nifti_image

nifti_tool -help_ana عرض معلومات الحقل nifti_analyze75

nifti_tool -مساعدة_أنواع البيانات إظهار جدول نوع البيانات

nifti_tool -أكثر تظهر النسخة الحالية

nifti_tool -الخلفية عرض تاريخ التعديل

nifti_tool -أخبار اعرض نسخة مكتبة نيفتي

nifti_tool -الاخيرة عرض تاريخ مكتبة نيفتي

nifti_tool -مع_zlib تم تجميع مكتبة مع zlib

nifti_tool -شيك_هدر - ملفات f1

nifti_tool -شيك_نيم - ملفات f1

nifti_tool -نسخ_قائمة_طوب - ملفات f1 "[مؤشرات ...]"

nifti_tool -نسخ_صورة_طيعة I J K T U V W - ملفات f1

nifti_tool -نسخ_إيم - ملفات f1

nifti_tool -جعل -اختصار new_im.nii

nifti_tool -disp_hdr [-مجال اسم الحقل] [...] - ملفات f1

nifti_tool -دسب_نيم [-مجال اسم الحقل] [...] - ملفات f1

nifti_tool -نقص_انا [-مجال اسم الحقل] [...] - ملفات f1

nifti_tool - نصوص - ملفات f1

nifti_tool -تنقص I J K [-dci_lines] - ملفات f1

nifti_tool -تقسيم I J K T U V W [-dci_lines] - ملفات f1

nifti_tool -مود_هدر [-mod_field اسم الحقل NEW_VAL] [...] - ملفات f1

nifti_tool -mod_nim [-mod_field اسم الحقل NEW_VAL] [...] - ملفات f1

nifti_tool -swap_as_nifti -الكتابة فوق - ملفات f1

nifti_tool -swap_as_analyze -الكتابة فوق - ملفات f1

nifti_tool - swap_as_old -الكتابة فوق - ملفات f1

nifti_tool -إضافة_أفني_النص "امتداد in يقتبس" [...] - ملفات f1

nifti_tool -إضافة_التعليق_النص "امتداد in يقتبس" [...] - ملفات f1

nifti_tool -إضافة_التعليق_النص "ملف FILENAME "[...] ملفات f1

nifti_tool -rm_ext INDEX [...] - ملفات f1

nifti_tool - شريط_إضافات - ملفات f1

nifti_tool -diff_hdr [-مجال اسم الحقل] [...] - ملفات f1 f2

nifti_tool -الفرق [-مجال اسم الحقل] [...] - ملفات f1 f2

الوصف

يمكن لهذه الأداة

عرض أو تعديل أو مقارنة هياكل nifti في مجموعات البيانات

انسخ مجموعة بيانات عن طريق تحديد قائمة وحدات التخزين من الأصل

قم بنسخ مجموعة بيانات ، مع طي أي أبعاد ، كل منها في فهرس واحد

عرض سلسلة زمنية لـ voxel ، أو بشكل عام ، البيانات من أي انهيار
صورة بنص ASCII

يمكن استخدام هذا البرنامج لعرض المعلومات من مجموعات بيانات nifti لتعديل المعلومات
في مجموعات بيانات nifti ، للبحث عن الاختلافات بين مجموعتي بيانات nifti (مثل UNIX
"فرق") ، ونسخ مجموعة بيانات إلى مجموعة جديدة ، إما عن طريق تقييد أي أبعاد ،
أو عن طريق نسخ قائمة وحدات التخزين (البعد الزمني) من مجموعة البيانات.

يُسمح بنوع إجراء واحد فقط ، على سبيل المثال لا يمكن تعديل مجموعة بيانات ثم أخذ "فرق".

يمكن للمرء أن يعرض

أي أو كل الحقول في بنية nifti_1_header

أي أو كل الحقول في بنية nifti_image

أي أو كل الحقول في بنية nifti_analyze75

الامتدادات في هيكل nifti_image

السلسلة الزمنية من مجموعة بيانات 4-D ، معطى i ، j ، k

البيانات من أي صورة منهارة ، مع مراعاة التعتيم. قائمة

يمكن للمرء أن يتحقق

إجراء فحص داخلي على بنية nifti_1_header (بواسطة nifti_hdr_looks_good ())

إجراء فحص داخلي على بنية nifti_image (بواسطة nifti_nim_is_valid ())

يمكن للمرء أن يعدل

أي أو كل الحقول في بنية nifti_1_header

أي أو كل الحقول في بنية nifti_image

قم بتبديل جميع الحقول في بنية رأس NIFTI أو ANALYZE add / rm - أي منها أو جميعها
إزالة الامتدادات في بنية nifti_image - جميع الامتدادات والأوصاف
من مجموعات البيانات

يمكن للمرء أن يقارن

أي أو كل أزواج الحقول من هياكل nifti_1_header

أي أو كل أزواج المجال لهياكل nifti_image

يمكن للمرء أن ينسخ

قائمة عشوائية بأحجام مجموعة البيانات (النقاط الزمنية)

مجموعة بيانات ، قابلة للانهيار عبر أبعاد عشوائية (يتم تقييد هذه الأبعاد بـ
المؤشرات المعطاة)

يمكن للمرء أن يخلق

مجموعة بيانات جديدة من لا شيء

ملحوظة: للتعرف على المجالات الموجودة في أي من الهياكل ، أو لمعرفة الحقول
اكتب أو حجم كل عنصر أو عدد العناصر في الحقل ، استخدم إما
خيار "-help_hdr" ، أو خيار "-help_nim". لا مزيد من الخيارات المطلوبة.

OPTIONS

تحقق الخيارات

-شيك_هدر : تحقق من بنية nifti_1_header صالحة

يستخدم هذا الإجراء للتحقق من بنية nifti_1_header بحثًا عن المشكلات. ال
تُستخدم الدالة nifti_hdr_looks_good () للاختبار ، وتتحقق حاليًا من:

قاتمة [] ، حجم_هدر ، سحر ، نوع بيانات

يمكن طلب المزيد من الاختبارات من المؤلف.

على سبيل المثال ، إجراء عمليات فحص على رؤوس بعض مجموعات البيانات nifti_tool -check_hdr -infiles
dset0.nii dset1.nii nifti_tool -check_hdr -infiles * .nii * .hdr

على سبيل المثال ، أضف الخيار -quiet ، بحيث يتم الإبلاغ عن أخطاء فقط nifti_tool -check_hdr -quiet
-infiles * .nii * .hdr

-شيك_نيم : تحقق من بنية nifti_image صالحة

يستخدم هذا الإجراء للتحقق من بنية nifti_image للمشكلات. يتم اختبار هذا عبر
كل من nifti_convert_nhdr2nim () و nifti_nim_is_valid () ، على الرغم من تسمية الوظائف الأخرى
تحتها بالطبع. الشيكات الحالية هي:

خافت []، sizeof_hdr، datatype، fname، iname، nifti_type

لاحظ أن إنشاء بنية nifti_image يعتمد على حقول الرأس الجيدة. لذا أخطاء
هي محطة ، مما يعني أن هذا الاختيار من المحتمل أن يبلغ عن خطأ واحد على الأكثر ، حتى لو كان أكثر من ذلك
يوجد. ال -شيك_هدر العمل أكثر اكتمالا.

يمكن طلب المزيد من الاختبارات من المؤلف.

على سبيل المثال nifti_tool -check_nim -infiles dset0.nii dset1.nii على سبيل المثال nifti_tool -check_nim
-infiles * .nii * .hdr

إنشاء الخيارات

-جعل : إنشاء مجموعة بيانات جديدة من لا شيء

باستخدام هذا ، يمكن للمستخدم إنشاء مجموعة بيانات جديدة ذات نمط أساسي ، والتي يمكن تعديلها بعد ذلك
مع خيارات أخرى. سيؤدي هذا إلى إنشاء بيانات مملوءة بصفر بالحجم المناسب.

الافتراضي هو صورة 1x1x1 من السراويل القصيرة. يمكن تعديل هذه الإعدادات باستخدام -new_dim
الخيار ، لتعيين قيم الأبعاد الثمانية ، و -new_datatype ، لتوفير نوع متكامل
للبيانات.

راجع -new_dim و -new_datatype و -infiles لمزيد من المعلومات.

لاحظ أنه سيتم أيضًا إنشاء أي مجموعة بيانات -infiles بالاسم MAKE_IM بسرعة.

-جديد D0 .. D7: حدد المصفوفة المعتمة لمجموعة البيانات الجديدة.

على سبيل المثال -new_dim 4 64 64 27 120 0 0

ستنطبق قائمة الأبعاد هذه على أي مجموعة بيانات تم إنشاؤها عبر MAKE_IM أو -make_im. الكل 8
القيم مطلوبة. تذكر أن D0 هو عدد الأبعاد ، وأن D1 إلى D7 هي
الأحجام.

-نوع_بيانات جديد النوع: حدد المصفوفة المعتمة لمجموعة البيانات الجديدة.

eg -new_datatype 16 الافتراضي: -new_datatype 4 (short)

ستنطبق قائمة الأبعاد هذه على أي مجموعة بيانات تم إنشاؤها عبر MAKE_IM أو -make_im. يكتب
يجب أن يكون أحد أرقام NIFTI_TYPE_ * ، ​​من nifti1.h.

Copy الخيارات

-نسخ_قائمة_طوب : انسخ قائمة المجلدات إلى مجموعة بيانات جديدة

-cbl : (نموذج بديل أقصر)

-نسخ_إيم : (نموذج بديل أقصر)

يسمح هذا الإجراء للمستخدم بنسخ قائمة وحدات التخزين (بمرور الوقت) من مجموعة بيانات واحدة إلى
آخر. يمكن أن تكون المجلدات المدرجة بأي ترتيب وتحتوي على تكرارات ، لكنها بالطبع
يقتصر على مجموعة القيم {1 ، 2 ، ... ، nt-1} ، من البعد 4.

هذا الخيار هو علم. يتم تحديد قائمة الفهرس بمجموعة بيانات الإدخال المضمنة في
أقواس مربعة. لاحظ أن الأقواس المربعة تعتبر خاصة بالنسبة لمعظم قذائف UNIX ، لذا فهي كذلك
يجب تضمينها ضمن علامات اقتباس مفردة. بناء جملة قائمة الفهرس:

ملاحظات:

تبدأ المؤشرات من الصفر

تنتهي المؤشرات عند nt-1 ، والتي لها الرمز الخاص "$"

يجب فصل الفهارس المفردة بفاصلات ، "،" على سبيل المثال -infiles
dset0.nii "[0,3,8,5,2,2,2،XNUMX،XNUMX،XNUMX،XNUMX،XNUMX،XNUMX]"

يمكن تحديد النطاقات باستخدام ".." أو "-" على سبيل المثال -infiles dset0.nii "[2..95]" على سبيل المثال
-infiles dset0.nii "[2 .. $]"

قد تحتوي النطاقات على قيم خطوات ، محددة في مثال (): من 2 إلى 95 بخطوة
3 ، على سبيل المثال {2,5,8,11،95،0،XNUMX، ...، XNUMX} على سبيل المثال -infiles dsetXNUMX.nii "[2 95 ..(3)] ​​"

تنطبق هذه الوظيفة فقط على مجموعات البيانات ثلاثية أو رباعية الأبعاد.

على سبيل المثال لنسخ مجموعة بيانات: nifti_tool -copy_im -prefix new.nii -infiles dset0.nii

على سبيل المثال لنسخ الطوب الفرعي 0 و 7: nifti_tool -cbl -prefix new_07.nii -infiles
dset0.nii "[0,7،XNUMX،XNUMX،XNUMX،XNUMX،XNUMX،XNUMX]"

على سبيل المثال لنسخ مجموعة بيانات كاملة: nifti_tool -cbl -prefix new_all.nii -infiles
dset0.nii "[0 .. $]"

على سبيل المثال لنسخ كل نقطة زمنية أخرى ، وتخطي الثلاثة الأولى: nifti_tool -cbl -prefix
new_partial.nii - ملفات dset0.nii "[3 .. $ (2)]"

-نسخ_صورة_طيعة ...: انسخ قائمة وحدات التخزين إلى مجموعة بيانات جديدة

-تشي IJKTUVW: (نموذج بديل أقصر)

يسمح هذا الإجراء للمستخدم بنسخ مجموعة بيانات مطوية ، حيث توجد بعض الأبعاد
إلى فهرس معين. على سبيل المثال ، يمكن تصغير البعد X إلى i = 42 ، و
يمكن تصغير أبعاد الوقت إلى t = 17. لطي أحد الأبعاد ، اضبط Di على ملف
الفهرس المطلوب ، حيث أنا في {0..ni-1}. أي بعد لا ينبغي أن ينهار يجب أن ينهار
يتم إدراجه كـ -1.

يمكن تصغير أي عدد (للأبعاد الصالحة) ، حتى وصولاً إلى قيمة واحدة ، بواسطة
تحديد ما يكفي من المؤشرات الصالحة. سيكون لمجموعة البيانات الناتجة بعد ذلك عدد أقل من
أبعاد غير تافهة.

افترض أن dset0.nii يحتوي على nim-> dim [8] = {4، 64، 64، 21، 80، 1، 1، 1}. لاحظ أن هذا ملف
مجموعة بيانات رباعية الأبعاد.

على سبيل المثال ، انسخ السلسلة الزمنية لـ voxel i، j، k = 5,4,17،5،4 nifti_tool -cci 17 1 1 -1 -1 -XNUMX -XNUMX
-البادئة new_5_4_17.nii

على سبيل المثال ، اقرأ المجلد الفردي عند النقطة الزمنية 26 nifti_tool -cci -1 -1 -1 26 -1 -1 -1 -prefix
new_t26.nii

افترض أن dset1.nii يحتوي على nim-> dim [8] = {6، 64، 64، 21، 80، 4، 3، 1}. لاحظ أن هذا ملف
مجموعة بيانات رباعية الأبعاد.

على سبيل المثال ، انسخ جميع السلاسل الزمنية لـ voxel i ، j ، k = 5,0,17،2،XNUMX ، مع v = XNUMX (وأضف الأمر إلى
التاريخ) nifti_tool -cci 5 0 17 -1 -1 2 -1 -keep_hist -اختصار new_5_0_17_2.nii

على سبيل المثال ، انسخ جميع البيانات حيث i = 3 و j = 19 و v = 2 (لا أدعي معرفة سبب وجيه للقيام بذلك
هذا) nifti_tool -cci 3 19 -1 -1 -1 2 -1 -prefix new_mess.nii

راجع "-disp_ci" لمزيد من المعلومات (التي تعرض / تطبع البيانات ، بدلاً من نسخها
إلى مجموعة بيانات جديدة).

العرض الخيارات

-disp_hdr : عرض حقول nifti_1_header لمجموعات البيانات

تعني هذه العلامة أن المستخدم يرغب في رؤية بعض حقول nifti_1_header في واحد أو أكثر
مجموعات البيانات nifti. قد يرغب المستخدم في تحديد خيارات متعددة "-field" مع هذا.
يتطلب هذا الخيار إدخال ملف واحد أو أكثر ، عبر "-infiles".

إذا لم يكن خيار "-field" موجودًا ، فسيتم عرض جميع الحقول.

على سبيل المثال لعرض محتويات جميع الحقول: nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii
nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii

على سبيل المثال لعرض محتويات الحقول المختارة: nifti_tool -disp_hdr -field dim -infiles
dset0.nii nifti_tool -disp_hdr -field dim -field descript -infiles dset0.nii

-دسب_نيم : عرض حقول nifti_image لمجموعات البيانات

يعمل خيار العلم هذا بنفس طريقة خيار "-disp_hdr" ، باستثناء الحقول الموجودة في
السؤال من هيكل nifti_image.

-نقص_انا : عرض حقول nifti_analyze75 لمجموعات البيانات

يعمل خيار العلم هذا بنفس طريقة خيار "-disp_hdr" ، باستثناء الحقول الموجودة في
السؤال من هيكل nifti_analyze75.

- نصوص : عرض جميع ملحقات من نوع AFNI

يستخدم خيار العلم هذا لعرض جميع بيانات nifti_1_extension ، لتلك الامتدادات فقط
من النوع AFNI (كود = 4). الخيار الآخر الوحيد المستخدم سيكون "-infiles".

على سبيل المثال لعرض الامتدادات في مجموعات البيانات: nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii
nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii

-تنقص IJK: عرض السلاسل الزمنية ASCII في i، j، k = I، J، K.

يستخدم هذا الخيار لعرض بيانات السلاسل الزمنية لفوكسل في مؤشرات i و j و k I و J و K.
يتم عرض البيانات في نص ، إما كلها في سطر واحد (الافتراضي) ، أو كرقم واحد لكل
الخط (عبر خيار "-dci_lines").

ملاحظة:

تنطبق هذه الوظيفة فقط على مجموعات البيانات رباعية الأبعاد.

يمكن استخدام الخيار "-الهادئ" لمنع رأس النص ، مع ترك البيانات فقط.

هذا الخيار قصير لاستخدام "-disp_ci" (عرض الصورة المطوية) ، يقتصر على
مجموعات البيانات رباعية الأبعاد. أي : -تقسيم IJK -1 -1 -1 -1

على سبيل المثال لعرض السلاسل الزمنية في voxel 23 ، 0 ، 172: nifti_tool -disp_ts 23 0
-infiles dset1_time.nii nifti_tool -disp_ts 23 0 -dci_lines -infiles dset172_time.nii
nifti_tool -disp_ts 23 0-هادئ-الملفات dset172_time.nii

- صورة منقوصة : عرض قيم ASCII لمجموعة البيانات المطوية

-تقسيم IJKTUVW: (نموذج بديل أقصر)

يستخدم هذا الخيار لعرض جميع البيانات من صورة مطوية ، بالنظر إلى البعد
قائمة. يتم عرض البيانات في نص ، إما كلها في سطر واحد (الافتراضي) ، أو كواحد
عدد في كل سطر (باستخدام علامة "-dci_lines").

يمكن استخدام الخيار "-الهادئ" لمنع رأس النص.

على سبيل المثال لعرض السلاسل الزمنية في voxel 23 ، 0 ، 172: nifti_tool -disp_ci 23 0-172 1 0 0
-infiles dset1_time.nii

على سبيل المثال لعرض شريحة z 14 ، في الوقت t = 68: nifti_tool -disp_ci -1-1 14 68 0 0 0 -infiles
dset1_time.nii

راجع "-ccd" لمزيد من المعلومات ، والتي تنسخ هذه البيانات إلى مجموعة بيانات جديدة ، بدلاً من
طباعته في نافذة المحطة.

تعديل الخيارات

-مود_هدر : تعديل حقول nifti_1_header لمجموعات البيانات

يستخدم هذا الإجراء لتعديل بعض حقول nifti_1_header في مجموعة بيانات واحدة أو أكثر.
يجب على المستخدم تحديد قائمة الحقول لتعديلها من خلال خيار واحد أو أكثر من خيارات "-mod_field" ،
التي تتضمن أسماء الحقول ، جنبًا إلى جنب مع (مجموعة) القيم الجديدة.

يمكن للمستخدم تعديل مجموعة بيانات في مكانها ، أو استخدام "-prefix" لإنتاج مجموعة بيانات جديدة ، من أجل
التي تم تطبيق التغييرات عليها. يوصى باستخدام "-prefix" بشكل طبيعي
الخيار ، حتى لا تفسد مجموعة البيانات.

لاحظ أن بعض الحقول لها طول أكبر من 1 ، مما يعني أن الحقل عبارة عن مصفوفة من
الأرقام أو سلسلة من الأحرف. من أجل تعديل مجموعة من الأرقام ، يجب على المستخدم
توفير العدد الصحيح للقيم ، واحتواء هذه القيم في علامات الاقتباس ، بحيث تكون كذلك
ينظر إليها كخيار واحد.

لتعديل حقل سلسلة ، ضع السلسلة بين علامتي اقتباس.

يأخذ الخيار "-mod_field" اسم_الحقل وقائمة من القيم.

على سبيل المثال لتعديل محتويات المجالات المختلفة:

nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_field qoffset_x -17.325

nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_field خافت "4 64 64 20 30 1 1 1
1"

nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_field وصف "البيرة والنقانق و
الجبن ، مممم ... "

على سبيل المثال لتعديل محتويات الحقول المتعددة: nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles
dset0.nii -mod_field qoffset_x -17.325 -mod_field شريحة_بدء 1

على سبيل المثال لتعديل محتويات ملفات متعددة (يجب الكتابة): nifti_tool -mod_hdr
-الكتابة فوق-الحقل qoffset_x -17.325 - ملفات dset0.nii dset1.nii

-mod_nim : تعديل حقول nifti_image لمجموعات البيانات

يتم استخدام خيار الإجراء هذا بنفس طريقة استخدام "-mod_hdr" ، باستثناء الحقول الموجودة في
السؤال من هيكل nifti_image.

- شريط_إضافات : إزالة الامتدادات والأوصاف من مجموعات البيانات

يستخدم هذا الإجراء لمحاولة "تنظيف" مجموعة بيانات من النص العام ، من أجل القيام بذلك
مجهول أكثر. يتم مسح الامتدادات وحقل وصف nifti_image من خلال هذا الإجراء.

على سبيل المثال لإزالة جميع مجموعات البيانات * .nii في هذا الدليل: nifti_tool -strip -overwrite -infiles
* .nii

-swap_as_nifti : تبديل الرأس وفقًا لـ nifti_1_header

ربما يكون رأس NIfTI غير صحيح ، ويريد المستخدم صراحة تبديله من قبل
إجراء عمليات أخرى. سيقوم هذا الإجراء بتبديل بايتات الحقل وفقًا للافتراض
أن العنوان بتنسيق NIfTI.

** الإجراء الموصى به هو عمل نسخة من مجموعة البيانات والكتابة فوق
رأس عبر الكتابة. إذا كان الرأس يحتاج إلى مثل هذه العملية ، فمن المحتمل أن البيانات
لن تتم قراءتها بشكل صحيح بخلاف ذلك.

-swap_as_analyze : تبديل الرأس وفقًا لـ nifti_analyze75

ربما تم تشكيل رأس ANALYZE بشكل غير صحيح ، ويريد المستخدم صراحة تبديله من قبل
إجراء عمليات أخرى. سيقوم هذا الإجراء بتبديل بايتات الحقل وفقًا للافتراض
أن الرأس بتنسيق ANALYZE 7.5.

** الإجراء الموصى به هو عمل نسخة من مجموعة البيانات والكتابة فوق
رأس عبر الكتابة. إذا كان الرأس يحتاج إلى مثل هذه العملية ، فمن المحتمل أن البيانات
لن تتم قراءتها بشكل صحيح بخلاف ذلك.

- swap_as_old : تبديل الرأس باستخدام الطريقة القديمة

اعتبارًا من إصدار المكتبة 1.35 (3 أغسطس 2008) ، يقوم nifticlib الآن بتبديل جميع حقول NIfTI
مجموعة البيانات (بما في ذلك غير المستخدمة) ، وتقوم بمبادلة مجموعات البيانات ANALYZE وفقًا لـ
هيكل nifti_analyze75. هذا اختلاف كبير في حالة ANALYZE
مجموعات البيانات.

تمت إضافة الخيار -swap_as_old لمقارنة نتائج طرق المبادلة ، أو إلى
التراجع عن إحدى طرق المبادلة واستبدالها بأخرى (مثل التراجع عن الطريقة القديمة و
تطبيق الجديد).

إضافة ، إزالة الخيارات

-إضافة_أفني_النص EXT: أضف امتداد AFNI إلى مجموعة البيانات

يُستخدم هذا الخيار لإضافة امتدادات من نوع AFNI إلى مجموعة بيانات واحدة أو أكثر. هذا الخيار قد
تستخدم أكثر من مرة لإضافة أكثر من امتداد.

إذا كان EXT من النموذج "file: FILENAME" ، فسيتم قراءة الامتداد من الملف ،
اسم الملف.

يوصى باستخدام الخيار "-prefix" لإنشاء مجموعة بيانات جديدة. في مثل هذه الحالة ، فقط أ
يمكن اعتبار ملف واحد كإدخال. يسمح استخدام "-overwrite" للمستخدم بالكتابة فوق
الحالي ، أو لإضافة الامتدادات (الامتدادات) إلى ملفات متعددة ، والكتابة فوقها.

على سبيل المثال لإضافة امتداد AFNI عام: nifti_tool -add_afni_ext "wow، my first extension"
-البادئة dnew - ملفات dset0.nii

على سبيل المثال لإضافة عدة امتدادات AFNI: nifti_tool -add_afni_ext "واو ، أول امتداد لي
:) " -إضافة_أفني_النص "انظر ، ثاني ..." -اختصار dnew-infiles dset0.nii

على سبيل المثال لإضافة امتداد ، والكتابة فوق مجموعة البيانات: nifti_tool -add_afni_ext "بعض AFNI
التمديد "-الكتابة - ملفات dset0.nii dset1.nii

-إضافة_التعليق_النص EXT: أضف ملحق COMMENT إلى مجموعة البيانات

يُستخدم هذا الخيار لإضافة ملحقات من نوع COMMENT إلى مجموعة بيانات واحدة أو أكثر. هذا الخيار
يمكن استخدامها أكثر من مرة لإضافة أكثر من امتداد. يمكن استخدام هذا الخيار أيضًا
مع "-add_afni_ext".

إذا كان EXT من النموذج "file: FILENAME" ، فسيتم قراءة الامتداد من الملف ،
اسم الملف.

يوصى باستخدام الخيار "-prefix" لإنشاء مجموعة بيانات جديدة. في مثل هذه الحالة ، فقط أ
يمكن اعتبار ملف واحد كإدخال. يسمح استخدام "-overwrite" للمستخدم بالكتابة فوق
الحالي ، أو لإضافة الامتدادات (الامتدادات) إلى ملفات متعددة ، والكتابة فوقها.

على سبيل المثال لإضافة تعليق حول مجموعة البيانات: nifti_tool -add_comment "تم التحويل من
MY_AFNI_DSET + أصلي " -اختصار الندى - ملفات dset0.nii

على سبيل المثال لإضافة عدة امتدادات: nifti_tool -add_comment "أضف ملحق تعليق"
-إضافة_أفني_النص "وامتداد نمط AFNI XML" -أضف تعليق "مجموعة البيانات المنسوخة من
dset0.nii " -اختصار dnew-infiles dset0.nii

-rm_ext INDEX: قم بإزالة الامتداد المقدم من INDEX

يُستخدم هذا الخيار لإزالة أي امتداد فردي من مجموعة البيانات. ملحقات متعددة
تتطلب خيارات متعددة.

ملاحظات - مؤشرات التمديد تبدأ ب 0 (صفر)

لعرض الامتدادات الحالية ، راجع "-disp_exts"

يمكن إزالة جميع الامتدادات باستخدام ALL أو -1 لـ INDEX

على سبيل المثال لإزالة الامتداد # 0: nifti_tool -rm_ext 0 -overwrite -infiles dset0.nii

على سبيل المثال لإزالة جميع الامتدادات: nifti_tool -rm_ext ALL -prefix dset1 -infiles dset0.nii
nifti_tool -rm_ext -1 -البادئة dset1 -infiles dset0.nii

على سبيل المثال لإزالة الامتدادات # 2 و # 3 و # 5: nifti_tool -rm_ext 2 -rm_ext 3 -rm_ext 5
-الكتابة فوق - ملفات dset0.nii

فرق الخيارات

-diff_hdr : يختلف حقل رأس العرض بين مجموعتي بيانات

يُستخدم هذا الخيار للعثور على الاختلافات بين مجموعتي بيانات. إذا كانت أي من الحقول
بشكل مختلف ، يتم عرض محتويات هذه الحقول (ما لم يتم استخدام الخيار "- هادئ").

يمكن تحديد قائمة الحقول باستخدام خيارات "-field" متعددة. إذا لم يكن هناك "-field"
يتم إعطاء الخيار ، سيتم فحص جميع الحقول.

يجب تقديم اسمي مجموعة بيانات بالضبط عبر "-infiles".

على سبيل المثال لعرض جميع اختلافات حقل nifti_1_header: nifti_tool -diff_hdr -infiles
dset0.nii dset1.nii

على سبيل المثال لعرض اختلافات حقل nifti_1_header المحددة: nifti_tool -diff_hdr -field dim
-حقل القصد_كود - ملفات dset0.nii dset1.nii

-الفرق : عرض الحقل nifti_image يختلف بين مجموعات البيانات

يعمل هذا الخيار بنفس طريقة عمل "-diff_hdr" ، باستثناء أن الحقول المعنية من ملف
هيكل nifti_image.

منوع الخيارات

-ديبوغ LEVEL: اضبط مستوى التصحيح

سيحاول المستوى 0 العمل بدون إخراج الشاشة ، ولكن مع وجود أخطاء. المستوى 1 هو
تقصير. يقدم المستويان 2 و 3 مزيدًا من المعلومات بشكل تدريجي.

على سبيل المثال -debug 2

-حقل FIELDNAME: قدم حقلاً للعمل به

يستخدم هذا الخيار لتوفير حقل للعرض أو التعديل أو المقارنة. يمكن أن يكون هذا الخيار
تستخدم جنبًا إلى جنب مع أحد خيارات العمل المعروضة أعلاه.

راجع "-disp_hdr" أعلاه للحصول على أمثلة كاملة.

على سبيل المثال nifti_tool -field descrip على سبيل المثال nifti_tool -field descrip -field dim

- ملفات file0 ...: قدم قائمة بالملفات للعمل معها

هذه المعلمة مطلوبة لأي من الإجراءات ، من أجل توفير قائمة بالملفات إلى
عملية. إذا كانت أسماء ملفات الإدخال لا تحتوي على امتداد ، فسيتم البحث عن الدليل الذي نبحث عنه
أية ملفات مناسبة (مثل .nii أو .hdr).

ملحوظة: إذا كان اسم الملف على الشكل MAKE_IM ، فسيتم إنشاء مجموعة بيانات جديدة ، بدون
الحاجة إلى إدخال الملف.

راجع "-mod_hdr" أعلاه ، للحصول على أمثلة كاملة.

على سبيل المثال nifti_tool -infiles file0.nii على سبيل المثال nifti_tool -infiles file1.nii file2 file3.hdr

-mod_field NAME "VALUE_LIST": قدم قيمًا جديدة للحقل

هذه المعلمة مطلوبة لأي إجراءات تعديل. إذا كان المستخدم يريد التعديل
أي من حقول مجموعة البيانات ، هذا هو المكان الذي يتم فيه تحديد الحقول والقيم.

NAME هو اسم حقل (إما في بنية nifti_1_header أو nifti_image
بناء). إذا كان خيار الإجراء هو "-mod_hdr" ، فيجب أن يكون NAME هو اسم ملف
nifti_1_header الحقل. إذا كان الإجراء "-mod_nim" ، يجب أن يكون NAME من nifti_image
بناء.

يجب أن تكون VALUE_LIST قيمة واحدة أو أكثر ، بقدر ما هو مطلوب للحقل ، المضمن في
يقتبس إذا تم توفير أكثر من واحد.

استخدم "nifti_tool -help_hdr" للحصول على قائمة بحقول nifti_1_header استخدم "nifti_tool
-help_nim "للحصول على قائمة بالحقول nifti_image

راجع "-mod_hdr" أعلاه ، للحصول على أمثلة كاملة.

على سبيل المثال ، تعديل حقول nifti_1_header: -mod_field وصف "توجا ، توجا ، توجا"

-mod_field qoffset_x 19.4 -mod_field qoffset_z -11

-mod_field pixdim "1 0.9375 0.9375 1.2 1 1 1 1"

- حفظ_القائمة : أضف الأمر كـ COMMENT (إلى "history")

عند استخدام هذا الخيار ، سيتم إضافة الأمر الحالي كنوع NIFTI_ECODE_COMMENT
امتداد. يوفر هذا القدرة على الاحتفاظ بسجل للأوامر التي تؤثر على مجموعة البيانات.

على سبيل المثال -keep_hist

-الكتابة فوق : سيتم إجراء أي تعديلات على الملفات المدخلة

يتم استخدام هذا الخيار بحيث يتم استخدام جميع تعديلات الحقول ، بما في ذلك الإضافات أو الإضافات
سيتم إجراء عمليات الحذف على الملفات التي يتم إدخالها.

بشكل عام ، يوصى المستخدم باستخدام خيار "-prefix" لإنشاء ملفات جديدة. لكن
إذا كان يُفضل الكتابة فوق محتويات ملفات الإدخال ، فهذه هي الطريقة للقيام بذلك.

راجع "-mod_hdr" أو "-add_afni_ext" أعلاه ، للحصول على أمثلة كاملة.

على سبيل المثال ، الكتابة

-اختصار : حدد ملف الإخراج لكتابة التغيير فيه

يستخدم هذا الخيار لتحديد ملف الإخراج المراد كتابته ، بعد إجراء التعديلات
صنع. في حالة إجراء تعديلات ، يلزم إما "-prefix" أو "-overwrite".

إذا لم يتم إعطاء أي امتداد ، فسيكون امتداد الإخراج ".nii".

على سبيل المثال -prefix new_dset eg -prefix new_dset.nii eg -prefix new_dset.hdr

-هادئ : الإبلاغ عن الأخطاء أو المعلومات المطلوبة فقط

هذا الخيار يعادل "-debug 0".

المساعدة الخيارات

-مساعدة : إظهار هذه المساعدة

على سبيل المثال nifti_tool-help

-help_hdr : عرض معلومات حقل nifti_1_header

على سبيل المثال nifti_tool -help_hdr

-help_nim : عرض معلومات الحقل nifti_image

على سبيل المثال nifti_tool -help_nim

-help_ana : عرض معلومات الحقل nifti_analyze75

على سبيل المثال nifti_tool -help_ana

-مساعدة_أنواع البيانات [TYPE]: عرض جدول نوع البيانات

على سبيل المثال nifti_tool -help_datatypes ، مثل nifti_tool -help_datatypes N

هذا يعرض محتويات جدول nifti_type_list. حرف "D" أو "N" إضافي
ستقيد المعلمة اسم النوع على أسماء "DT_" أو "NIFTI_TYPE_" ، وسيختبر "T".

-أكثر : إظهار رقم إصدار البرنامج

على سبيل المثال nifti_tool -ver

-الخلفية : عرض تاريخ تعديل البرنامج

على سبيل المثال nifti_tool -hist

-أخبار : إظهار رقم إصدار مكتبة نيفتي

على سبيل المثال nifti_tool -nifti_ver

-الاخيرة : عرض تاريخ تعديل مكتبة نيفتي

على سبيل المثال nifti_tool -nifti_hist

-مع_zlib : طباعة ما إذا كانت المكتبة تم تجميعها باستخدام zlib

على سبيل المثال nifti_tool -with_zlib

أمثلة

A. الشيكات رأس (لل مشاكل):

1. nifti_tool -check_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii 2. nifti_tool -check_hdr -infiles
* .nii * .hdr 3. nifti_tool -check_hdr -quiet -infiles * .nii * .hdr

B. إظهار رأس اختلافات:

1. nifti_tool -diff_hdr -field dim -fieldint_code - ملفات dset0.nii dset1.nii

2. nifti_tool -diff_hdr-new_dims 3 10 20 30 0 0 0 0 - ملفات my_dset.nii MAKE_IM

C. عرض الهياكل or مجالات:

1. nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii 2. nifti_tool -disp_hdr
-حقل خافت-وصف الحقل -infiles dset.nii 3. nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii
dset1.nii dset2.nii 4. nifti_tool -disp_ts 23 0 -infiles dset172_time.nii 1. nifti_tool
-disp_ci 23 0-172 1 0 0 -infiles dset0_time.nii

6. nifti_tool -disp_ana -infiles analysis.hdr 7. nifti_tool -disp_nim -infiles nifti.nii

D. خلق a جديد بيانات تبدأ من لا شئ:

1. nifti_tool -make_im -prefix new_im.nii 2. nifti_tool -make_im -prefix float_im.nii
-جديد_أحجام 3 10 20 30 0 0 0 0 -نوع_ جديد 16

3. nifti_tool -mod_hdr -mod_field descrip "مجموعة بيانات مع تعديل" -جديد_أحجام 3 10 20 30 0 0 0
0 -اختصار new_desc.nii ملفات MAKE_IM

E. نسخة مجموعة البيانات لبنة الإدارية or انهار صورة:

1. nifti_tool -copy_im -prefix new.nii -infiles dset0.nii 2. nifti_tool -cbl -prefix
new_07.nii -infiles dset0.nii "[0,7،3]" XNUMX. nifti_tool -cbl -prefix new_partial.nii - ملفات
dset0.nii "[3 .. $ (2)]"

4. nifti_tool -cci 5 4 17 -1 -1 -1 -1 -5 -prefix new_4_17_5.nii 5. nifti_tool -cci 0 17 1 -XNUMX
-1 2 -1-keep_hist -اختصار new_5_0_17_2.nii

F. تعديل القادم رأس (يُعدِّل الحقول or مقايضة كامل رأس):

1. nifti_tool-mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_field خافت "4 64 64 20 30 1 1
1 1 بوصة

2. nifti_tool-mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_field وصف "بيرة ، النقانق
والجبن ، مممم ... "

3. cp old_dset.hdr nifti_swap.hdr nifti_tool -swap_as_nifti -overwrite -infiles
nifti_swap.hdr 4. cp old_dset.hdr analysis_swap.hdr nifti_tool -swap_as_analyze -overwrite
-infiles analysis_swap.hdr 5. nifti_tool -swap_as_old -prefix old_swap.hdr -infiles
old_dset.hdr nifti_tool -diff_hdr -infiles nifti_swap.hdr old_swap.hdr

G. قطاع، تضيف or إزالة ملحقات: (في المثال رقم 3 ، يتم نسخ الامتداد من نص
ملف)

1. nifti_tool -strip -overwrite -infiles * .nii 2. nifti_tool -add_comment "المحولة من
MY_AFNI_DSET + أصلي " -اختصار dnew-infiles dset0.nii

3. nifti_tool -أضف تعليق "الملف: my.extension.txt" \ fR -اختصار dnew-infiles dset0.nii

4. nifti_tool -rm_ext ALL -prefix dset1 -infiles dset0.nii 5. nifti_tool -rm_ext 2 -rm_ext
3 -rm_ext 5- الكتابة فوق - ملفات dset0.nii

استخدم nifti_tool عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net