هذه هي أداة الأوامر التي يمكن تشغيلها في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
phyutility - أدوات لمعالجة التسلسلات والنسب
موجز
فائدة
الوصف
Phyutility هو برنامج سطر أوامر يقوم بإجراء تحليلات أو تعديلات بسيطة عليه
كل من الأشجار ومصفوفات البيانات.
OPTIONS
للحصول على مساعدة بشأن خيار استخدام أمر محدد -h
أوامر
لـ الأشجار:
إجماع
حساب أشجار الإجماع. استخدم مثل -con -t -في -خارج
.
تحول
تحويل ملفات الشجرة. استخدم مثل -vert -in -خارج .
معرف com لهذا التطبيق هو com.leafstab
حساب مؤشر استقرار الأوراق. استخدم مثل -ls -in .
com.linmove
حساب حركة النسب. استخدم مثل -lm -names -شجرة
-في -خارج .
تقليم
الأنساب تقليم. استخدم مثل -pr -names -في -خارج .
إعادة الجذر
إعادة تجذير الأشجار. استخدم مثل -rr -الأسماء -في -خارج .
رقيق
أشجار رقيقة. استخدم مثل -tt # -in -خارج .
Treeupp
دعم لمجموعة من الأشجار. استخدم مثل -ts -tree -في -خارج .
لـ يتسلسل:
نظيف
تقليم seqs على أساس العتبة. استخدم مثل -clean # -in -خارج -أأ
.
CONCAT
تسلسل المحاذاة. استخدم مثل -concat -in -خارج -أأ
القوة أأ>.
com.ncbiget
جلب التسلسلات من NCBI. للحصول على خيارات، قم بتشغيل phyutility -h ncbiget.
com.ncbisearch
ابحث عن NCBI. للحصول على خيارات، قم بتشغيل phyutility -h ncbisearch.
تحليل
تحليل نتائج بنك الجينات. للحصول على خيارات، قم بتشغيل تحليل phyutility -h.
مثال
phyutility -con -t 0.5-in testall.tre -out test.con
إجماع على مجموعة الأشجار في testall.tre المنهارة الفروع مع أقل من 0.5
تردد.
phyutility -vert -in test.tre -out testvert.nex
قم بتحويل ملف الشجرة من newick في test.tre إلى nexus في testvert.nex.
phyutility -concat -in test.aln test2.aln -out testall.nex
قم بتسلسل ملفي محاذاة في nexus في testall.nex.
استخدم phyutility عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
