بلاست - على الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

plast - أداة البحث عن محاذاة التسلسل المحلي المتوازي

الوصف

بلاست 2.3.1

- تاريخ الإصدار: 2016-02-09 09:47:45 - نظام التشغيل: Linux-4.3.0-1-amd64 - المترجم: /usr/bin/cc
(5.3.1) - وحدة المعالجة المركزية المضيفة: 4 مراكز متاحة

[*] تشير إلى حجة إلزامية.

-p [*]:
اسم البرنامج [plastp أو tplastn أو plastx أو tplastx أو plastn]

-d [*]:
ملف قاعدة بيانات الموضوع

-i [*]:
ملف قاعدة بيانات الاستعلام

-o : ملف إخراج تقرير PLAST

-e : قيمة التوقع

-n : حجم الحي الذي يشكل امتدادًا غير مطبق

-s : عتبة غير محددة تؤدي إلى امتداد فجوة صغير

-g : عتبة لتمديد فجوات صغيرة

-b : عرض النطاق الترددي لتمديد فجوة صغيرة

-a : عدد المعالجات المطلوب استخدامها

-G : تكلفة فتح فجوة

-E : تكلفة توسيع الفجوة

-xdrop-ungap :
قيمة إسقاط X للمحاذاة غير المقطوعة (بالبت) (يستدعي الصفر السلوك الافتراضي 20
بت)

-X : قيمة إسقاط X للمحاذاة ذات الفجوات (بالبتات) (الصفر يستدعي السلوك الافتراضي)

-Z : قيمة إسقاط X للمحاذاة النهائية ذات الفجوات بالبت (0.0 يستدعي السلوك الافتراضي)

-عتبة الفهرس :
عتبة الفهرس لحساب التشابه بين الجار

-F : تصفية تسلسل الاستعلام

-M : مصفوفة النتيجة (BLOSUM62 أو BLOSUM50)

-ساحل :
خيوط البلاستن: "زائد" أو "ناقص" أو "كلاهما" (افتراضي)

-r :مكافأة مقابل تطابق النيوكليوتيدات (بلاستن)

-q : عقوبة لعدم تطابق النيوكليوتيدات (plastn)

-فرض-طلب-طلب :
فرض طلبات البحث في ملف الإخراج.

- الحد الأقصى لحجم قاعدة البيانات :
الحجم الأقصى المسموح به (بالبايت) لقاعدة البيانات. إذا كان أكبر ، تكون قاعدة البيانات مجزأة.

-الحد الأقصى لعدد مرات الظهور لكل استعلام :
الحد الأقصى لعدد مرات الوصول لكل طلب بحث. القيمة 0 سوف تتخلص من جميع النتائج (افتراضي)

-الحد الأقصى لنسبة hsp لكل ضربة :
الحد الأقصى للمحاذاة لكل ضربة. القيمة 0 ستتخلص من جميع النتائج (افتراضي)

-outfmt :
تنسيق الإخراج: 1 للمجدول (افتراضي)، 2 للأنبوب الممتد، 4 لـ NCBI
مثل الانفجار.

-قائمة الخيوط :
قائمة الخيوط (على سبيل المثال: "1,2,6،XNUMX،XNUMX") التي سيتم استخدامها عند استخدام الطحالب باستخدام النيوكليوتيدات
قواعد بيانات.

-optim-codon-stop :
حجم النطاق المسموح به بين آخر حرف غير صالح والمحطة التالية
كودون

-مرسل المصنع :
المصنع الذي يخلق المرسل.

- إحصائيات المصنع :
المصنع الذي يقوم بإنشاء منشئ الإحصائيات.

-فهرسة المصنع :
المصنع الذي ينشئ منشئ الفهرسة.

-ضربة مصنع-ungap :
المصنع الذي يقوم بإنشاء ungap يضرب التكرار.

-مصنع-ضرب-smallgap :
المصنع الذي يخلق فجوة صغيرة يضرب التكرار.

-ضربة المصنع-fullgap :
المصنع الذي يخلق فجوة كاملة يضرب المكرر.

-مصنع-ضرب-تكوين :
المصنع الذي ينشئ تركيبة يضرب التكرار.

-نتيجة فجوة المصنع :
المصنع الذي يخلق فجوات المحاذاة نتيجة.

-مصنع-أفعى-النتيجة :
ينتج المصنع الذي ينشئ محاذاة غير فجوة.

-الفاصل :
المصنع الذي يقوم بإنشاء مقسم محاذاة. السلسلة: "عادية" أو "ذات نطاقات" (افتراضي)

-optim-filter-ungap :
التحسين الذي يرشح من خلال المحاذاة غير الفراغية.

-شريط الرسم البياني :
عرض شريط التقدم أثناء التنفيذ.

-الحجم الخطي :
ملحوظة من أحرف الرسم البياني الخطي.

-ملف التقدم :
تفريغ في ملف نسبة التنفيذ الحالية.

-إفراط :
عرض المعلومات أثناء تنفيذ الخوارزمية.

-الإحصائيات الكاملة :
تفريغ إحصائيات خوارزمية.

-الحالات :
تفريغ الإحصاءات العامة.

- احصائيات FMT :
تنسيق الإحصائيات: "خام" (افتراضي) أو "xml"

- احصائيات السيارات :
إنشاء ملف احصائيات تلقائي

-التقدم-المحاذاة :
قم بتفريغ العدد المتزايد من محاذاة ungap/ungap أثناء الخوارزمية.

-الموارد-التقدم :
تفريغ معلومات الملف حول الموارد أثناء الخوارزمية.

-بلاستك :
اسم مسار ملف التكوين plast.

-xmlfilter :
Uri لملف عامل تصفية XML.

- نسبة استخدام البذور :
نسبة البذور المستخدمة.

-تصفية مؤشر البذور :
طول البذور المستخدم لمرشح الفهرسة.

- ملف إحصائيات قاعدة بيانات الموضوع الكامل :
مسار الملف إلى إحصائيات قاعدة بيانات الموضوع الكاملة

-W : حجم البذور

-h : يساعد

نقلاً عن PLAST: Nguyen VH، Lavenier D. (2009) PLAST: أداة بحث المحاذاة المحلية المتوازية
لمقارنة قاعدة البيانات. BMC Bioinformatics ، المجلد 10 ، رقم 329.

استخدم بلاست عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net