الأستاذ - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

الأستاذ - البنية الثانوية والتنبؤ بإمكانية الوصول إلى المذيبات

موجز

الأستاذ [ملف الإدخال+] [خيارات]

الوصف

يتم التنبؤ بالبنية الثانوية من خلال نظام تصنيف الشبكات العصبية بشكل متوقع
متوسط ​​الدقة> 72٪ للحالات الثلاث اللولبية والحبلا والحلقة (Rost & Sander ، PNAS ،
1993 ، 90 ، 7558-7562 ؛ روست وساندر ، JMB ، 1993 ، 232 ، 584-599 ؛ وروست وساندر ،
البروتينات ، 1994 ، 19 ، 55-72 ؛ تقييم الدقة). تم تقييمها على نفس مجموعة البيانات ،
تم تصنيف PROFsec بدقة ثلاث حالات أعلى بعشر نقاط مئوية من الطرق المستخدمة
معلومات تسلسل واحد فقط ، وبأكثر من ست نقاط مئوية أعلى من ،
على سبيل المثال ، طريقة تستخدم معلومات المحاذاة بناءً على الإحصائيات (Levin و Pascarella و Argos &
غارنييه ، بروت. Engng.، 6، 849-54، 1993). تنبؤات PHDsec لها ثلاث ميزات رئيسية:

1. تحسين الدقة من خلال المعلومات التطورية من محاذاة التسلسل المتعددة
2. تحسين التنبؤ ببيتا ستراند من خلال إجراء تدريب متوازن
3. تنبؤ أكثر دقة لأجزاء البنية الثانوية باستخدام نظام متعدد المستويات

يتم توقع إمكانية الوصول إلى المذيبات من خلال تصنيف طريقة الشبكة العصبية عند الارتباط
معامل (الارتباط بين المذيب النسبي المرصود تجريبياً والمتوقع
إمكانية الوصول) من 0.54 تم التحقق من صحتها عبر مجموعة من 238 بروتينًا كرويًا (Rost & Sander ،
البروتينات ، 1994 ، 20 ، 216-226 ؛ تقييم الدقة). ناتج الشبكة العصبية
رموز لـ 10 حالات من إمكانية الوصول النسبي. معبرا عنها بوحدات من الفرق
بين التنبؤ بنمذجة التماثل (أفضل طريقة) والتنبؤ العشوائي (الأسوأ
طريقة) ، PROFacc هو حوالي 26 نقطة مئوية متفوقة على شبكة عصبية مماثلة
باستخدام ثلاث حالات إخراج (مدفون ، وسيط ، مكشوف) ولا يستخدم أي معلومات من
محاذاة متعددة.

يتم توقع الحلزونات عبر الغشاء في بروتينات الغشاء المتكامل بواسطة نظام عصبي
الشبكات. عيب نظام الشبكة هو أنه غالبًا ما تكون الحلزونات الطويلة جدًا
وتوقع. يتم قطع هذه بواسطة مرشح تجريبي. التنبؤ النهائي (روست وآخرون ،
علم البروتين ، 1995 ، 4 ، 521-533 ؛ تقييم الدقة) متوقع لكل بقايا
دقة تصل إلى حوالي 95٪. عدد الإيجابيات الكاذبة ، أي الحلزونات عبر الغشاء
في البروتينات الكروية بحوالي 2٪. توقع الشبكة العصبية لـ
يتم تنقيح حلزونات الغشاء (PHDhtm) بواسطة خوارزمية ديناميكية تشبه البرمجة. هذه
أدت الطريقة إلى تنبؤات صحيحة لجميع حلزونات الغشاء لـ 89 ٪ من 131
البروتينات المستخدمة في اختبار التحقق المتبادل ؛ أكثر من 98 ٪ من الحلزون عبر الغشاء كانت
توقعت بشكل صحيح. يتم استخدام ناتج هذه الطريقة للتنبؤ بالطوبولوجيا ، أي
اتجاه المصطلح N فيما يتعلق بالغشاء. الدقة المتوقعة من
تنبؤات الطوبولوجيا> 86٪. دقة التنبؤ أعلى من المتوسط ​​لحقيقيات النواة
البروتينات وأقل من المتوسط ​​بدائيات النوى. PHDtopology أكثر دقة من الجميع
طرق أخرى تم اختبارها على مجموعات بيانات متطابقة.

إذا لم يكن هناك خيار ملف الإخراج (مثل --ملفردب or --ملف خارج) يتم منحه تنسيق RDB
هو مكتوب في الإخراج ./INPUTFILENAME.prof حيث يستبدل "prof" امتداد امتداد
ملف الإدخال. في حالة عدم وجود امتداد ".prof" يتم إلحاق اسم ملف الإدخال.

الناتج شكل
تنسيق RDB هو تعليق توضيحي ذاتي ، راجع أمثلة المخرجات بتنسيق / share / profphd / prof / exa.

المراجع

روست ، ب. وساندر ، سي (1994 أ). الجمع بين المعلومات التطورية والشبكات العصبية ل
توقع البنية الثانوية للبروتين. البروتينات ، 19(1)، 55-72.
روست ، ب. وساندر ، سي (1994 ب). الحفظ والتنبؤ بإمكانية الوصول إلى المذيبات في
عائلات البروتين. البروتينات ، 20(3)، 216-26.
روست ، ب. ، كاساديو ، ر. ، فارسيلي ، ب. ، وساندر ، سي (1995). حلزونات عبر الغشاء
تم توقعه بدقة 95٪. علوم البروتين ، 4(3)، 521-33.

OPTIONS

انظر كل كلمة رئيسية لمزيد من المساعدة. من المحتمل أن يتم كسر معظم هذه.

أنماط اتصال بديلة (افتراضي = 3)

3 توقع ثوانٍ + acc + htm

لجنة التنسيق الإدارية توقع إمكانية الوصول إلى المذيبات ، فقط

يضيف علي محاذاة إلى ملف (ملفات) إخراج PROF "المقروءة من قبل الإنسان"

قوس
معمارية النظام (على سبيل المثال: SGI64 | SGI5 | SGI32 | SUNMP | ALPHA)

أسكي
كتابة ملف (ملفات) إخراج PROF "يمكن قراءتها بواسطة الإنسان"

أفضل
PROF بأفضل دقة وأطول وقت تشغيل

على حد سواء
توقع البنية الثانوية وإمكانية الوصول إلى المذيبات

البيانات
البيانات = من أجل إخراج HTML: فقط تلك الأجزاء من التنبؤات المكتوبة

تصحيح
احتفظ بمعظم الملفات الوسيطة ، اطبع رسائل التصحيح

دير وورك
دليل العمل ، الافتراضي: دليل مؤقت من File :: Temp :: tempdir. يجب أن يكون بالكامل
مسار مؤهل.

معروف بالعمل.

doEval
تقييم DO للقائمة (فقط للهياكل والقوائم المعروفة)

doFilterHssp
تصفية ملف HSSP المدخلات (باستثناء بعض الأزواج)

دوهتمفيل
قم بتصفية تنبؤ الغشاء (افتراضي)

قم بالزيارة
هل تحقق من قوة الحلزون الغشائي المتوقع (افتراضي)

doHtmref
قم بتنقية تنبؤ الغشاء (افتراضي)

com.doHtmtop
هل طوبولوجيا الغشاء الحلزوني (افتراضي)

com.dssp
تحويل PROF إلى تنسيق DSSP

توسيع
قم بتوسيع الإدخالات عند تحويل الإخراج إلى تنسيق MSF

بسرعة
PROF بأقل دقة وأعلى سرعة

ملف
اسم إخراج PROF بتنسيق CASP (file.caspProf)

ملف dssp
اسم إخراج PROF بتنسيق DSSP (file.dsspProf)

ملف
اسم إخراج PROF بتنسيق HTML (file.htmlProf)

ملف
اسم إخراج PROF بتنسيق MSF (file.msfProf)

ملف
اسم الملف الذي يشير إلى أنه لم يتم العثور على حلزون غشائي

إخراج الملف
اسم إخراج PROF بتنسيق RDB (ملف rdbProf)

معروف بالعمل.

ملف
اسم إخراج PROF بتنسيق يمكن قراءته بواسطة الإنسان (file.prof)

مكسورة.

ملف Rdb
اسم إخراج PROF بتنسيق RDB (ملف rdbProf)

معروف بالعمل.

fileSaf
اسم إخراج PROF بتنسيق SAF (file.safProf)

تصفية
تصفية ملف HSSP المدخلات (باستثناء بعض الأزواج)

خير
PROF بدقة جيدة وسرعة معتدلة

رسم بياني
أضف رسمًا بيانيًا ASCII إلى ملف (ملفات) إخراج PROF "القابل للقراءة البشرية"

استخدام htm: 'htm = يعطي الحد الأدنى من اللولب الغشائي الذي تم اكتشافه الافتراضي هو 'htm = 0'
(resp. htm = 0.8) أعداد أصغر أكثر إيجابية كاذبة وعدد أقل من السلبيات الكاذبة!

حجة أتش تي أم أل
"hmtl" أو "html = سينتج عن "كتابة تنسيق HTML للتنبؤ" بتنسيق html
أن إخراج PROF يتم تحويله إلى HTML 'html = body' يقيد ملف HTML بامتداد
يقيد جزء علامة HTML_BODY 'html = head' ملف HTML على جزء علامة HTML_HEADER
يعطي "html = all" كلاً من HEADER و BODY

keepConv
احتفظ بتحويل ملف الإدخال إلى تنسيق HSSP

حجة keepFilter
<* | doKeepFilter = 1> احتفظ بملف HSSP الذي تمت تصفيته

حجة keepHssp
<* | doKeepHssp = 1> احتفظ بملف HSSP الوسيط

حجة keepNetDb
<* | doKeepNetDb = 1> احتفظ بملف (ملفات) DbNet الوسيطة

حجة القائمة
<* | isList = 1> ملف الإدخال هو قائمة بالملفات

MSF تحويل PROF إلى تنسيق MSF

رحلة جميلة
أعطِ "nice-D" لتعيين قيمة لطيفة (أولوية) للوظيفة

noProfHead
لا تقم بنسخ الملف مع الجداول إلى الدليل المحلي

noSearch
اختصار لـ doSearchFile = 0 ، أي عدم البحث عن ملفات قاعدة البيانات

noascii
ضغط كتابة ملفات ASCII (أي يمكن قراءتها بواسطة الإنسان)

nohtml
ضغط كتابة ملفات نتائج HTML

ليس جميل
لن يتم تحسين الوظيفة ، أي لن يتم تشغيلها بأولوية أقل

notEval
لا تتحقق من الدقة حتى عندما تكون الهياكل معروفة

لا
لا ترشح تنبؤات الغشاء

لا هتم زيارة
لا تتحقق مما إذا كان الحلزون الغشائي قويًا بدرجة كافية أم لا

لا
لا تنقح تنبؤ الغشاء

لا
لا غشاء طوبولوجيا الحلزون

nresPerLineAli
عدد الأحرف المستخدمة لملف MSF. الافتراضي: 50.

عدد
أقل عدد من المخلفات لتشغيل الشبكة ، وإلا فإن prd = codePrdShort. الافتراضي: 9.

com.optJury
يضيف درجة الدكتوراه إلى هيئة المحلفين. الافتراضي: "عادي ، usePHD".

العديد من المعلمات الأخرى تغير الإعداد الافتراضي لهذا كأثر جانبي ، القائمة هي
غير شامل:

دكتوراه ، nophd ، / ^ الفقرة (3 | كلاهما | Sec | Acc | Htm | CapH | CapE | CapHE) / ، / ^ الفقرة؟ / ، jct

para3
ملف المعلمة لـ sec + acc + htm. الافتراضي: ` /net/PROFboth_best.par '.

الفقرة
ملف المعلمات للقب. الافتراضي: ` /net/PROFacc_best.par '.

الفقرة
ملف المعلمة لـ sec + acc. الافتراضي: ` /net/PROFboth_best.par '.

الفقرة
ملف المعلمة للثانية. الافتراضي: ` /net/PROFsec_best.par '.

riSubAcc
مؤشر الموثوقية الأدنى (RI) لمجموعة فرعية PROFacc. الافتراضي: 4.

riSubSec
مؤشر الموثوقية الأدنى (RI) لمجموعة فرعية PROFsec. الافتراضي: 5.

riSubSym
تم توقع رمز المخلفات مع RI <riSubSec / Acc. الافتراضي: ".".

يتخطى
مشاكل ، دليل ، تلميحات ، تدوين ، txt ، معروف ، تم ، تاريخ ، تاريخ ، aa ، Lhssp ، numaa ،
الكود

SAF تحويل PROF إلى تنسيق SAF

تعليمات
com.scrGoal
تبديل الشبكة العصبية

com.scrHelpTxt
تنسيقات ملفات الإدخال المقبولة:
hssp و dssp و msf و saf و fastamul و pirmul و fasta و pir و gcg و swiss

سكران
list_of_files (أو ملف واحد) parameter_file

scrName
بروفيسور

scrNarg
2

يتنبأ ثانية بالهيكل الثانوي ، فقط

صامت
لا توجد معلومات مكتوبة على الشاشة - هذا هو الإعداد الافتراضي

تخطي
لا تحبط إذا كان ملف الإدخال مفقود!

مصدر الملف
بروفيسور

تجربه بالعربي
هو مجرد اختبار (أسرع)

ترجمة جوبيد في قيم بارامترات
يتم استبدال String 'jobid' بـ $ par {jobid}

تشغيل سريع من خلال البرنامج ، دقة منخفضة

المستخدم
اسم المستخدم

--الإصدار
النسخة المطبوعة

استخدم الأستاذ عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net