هذا هو الأمر seqfragglee الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
seqfraggle - يزيل تسلسل الأجزاء من ملفات DHF.
موجز
com.seqfraggle -دفنباث com.dirlist -ثريش عدد صحيح -ذفوتدير com.outdir
com.seqfraggle -مساعدة
الوصف
com.seqfraggle هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من مجموعة (مجموعات) الأوامر "البروتين: هيكل ثلاثي الأبعاد".
OPTIONS
إدخال قسم
-دفنباث com.dirlist
يحدد هذا الخيار موقع ملفات DHF (ملفات زيارات المجال) أو تسلسل آخر
ملفات (إدخال). يحتوي "ملف زيارات المجال" على عدد مرات الدخول إلى قاعدة البيانات (تسلسلات) مع المجال
معلومات التصنيف ، بتنسيق FASTA أو EMBL. الضربات هي أقارب لـ SCOP
أو عائلة CATH ويتم العثور عليها من خلال البحث في قاعدة بيانات التسلسل. الملفات التي تحتوي على ملفات
يتم إنشاء الزيارات التي تم استردادها بواسطة PSIBLAST باستخدام SEQSEARCH. بدلا من ذلك ، SEQFRAGGLE
سيقبل مجموعات التسلسل أو التسلسل في أي من التنسيقات الشائعة. القيمة الافتراضية: ./
مطلوب: قسم
-ثريش عدد صحيح
يحدد هذا الخيار النسبة المئوية لمتوسط الطول لتعريف الأجزاء.
يحدد SEQFRAGGLE أولاً متوسط الطول لجميع التسلسلات في ملف الإدخال ،
ثم يتجاهل أي تسلسلات نتائج ليست ضمن نسبة حد أدنى من
متوسط الطول. تتم كتابة التسلسلات المتبقية إلى ملف الإخراج. القيمة الافتراضية:
50
الناتج قسم
-ذفوتدير com.outdir
يحدد هذا الخيار موقع ملفات DHF (ملفات زيارات المجال) (الإخراج). أ
يحتوي "ملف زيارات المجال" على عدد مرات الدخول إلى قاعدة البيانات (تسلسل) مع تصنيف المجال
المعلومات ، بتنسيقات FASTA أو EMBL. الضربات هي أقارب لعائلة SCOP أو CATH
ويتم العثور عليها من خلال البحث في قاعدة بيانات التسلسل. تم استرداد الملفات التي تحتوي على يضرب بواسطة
يتم إنشاء PSIBLAST باستخدام SEQSEARCH. بدلاً من ذلك ، سيكتب SEQFRAGGLE الإخراج
الملفات بأي من التنسيقات الشائعة. القيمة الافتراضية: ./
استخدم seqfragglee عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
