هذا هو الأمر SIBsim4 الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المتعددة المجانية عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
SIBsim4 - محاذاة تسلسلات RNA مع تسلسل DNA، مما يسمح بوجود الإنترونات
موجز
SIBsim4 [ الخيارات ] الحمض النووي قاعدة بيانات rna
الوصف
SIBsim4 هي أداة تعتمد على التشابه لمحاذاة مجموعة من التسلسلات المعبر عنها (EST،
mRNA) مع تسلسل الحمض النووي الجينومي.
إطلاق SIBsim4 بدون أي وسيطات سيتم طباعة قائمة الخيارات، إلى جانب
قيم افتراضية.
SIBsim4 يستخدم تقنية تعتمد على الانفجار لتحديد كتل المطابقة الأساسية أولاً
تمثل "نوى إكسون". في هذه المرحلة الأولى ، يكتشف كل التطابقات الدقيقة الممكنة
من W-mers (أي كلمات DNA بحجم W) بين التسلسل ويمتد إلى
أقصى درجات النقاط الخالية من الفجوات. في المرحلة الثانية ، يتم تمديد نوى exon إلى
الأجزاء المجاورة غير المتطابقة باستخدام خوارزميات المحاذاة الجشعة والاستدلال
يتم استخدامها لتفضيل التكوينات التي تتوافق مع إشارات التعرف على موقع الوصل
(على سبيل المثال، GT-AG). إذا لزم الأمر، يتم تكرار العملية بمعايير أقل صرامة على
شظايا لا مثيل لها.
افتراضيا، SIBsim4 يبحث في كلا السلسلتين ويبلغ عن أفضل المطابقات، والتي يتم قياسها بواسطة
عدد النيوكليوتيدات المتطابقة الموجودة في المحاذاة. R يمكن أن يكون خيار سطر الأوامر
يتم استخدامه لتقييد البحث باتجاه واحد (خيط) فقط.
حاليًا، يتم دعم أربعة خيارات رئيسية لعرض المحاذاة، والتي يتم التحكم فيها بواسطة A الخيار.
بشكل افتراضي، يتم فقط تحديد نقاط النهاية والتشابه العام واتجاه الإنترونات
تم الإبلاغ عنها. تشير علامة السهم ('->' أو '<-') إلى اتجاه الإنترون. العلامة
تشير علامة `==` إلى غياب محاذاة جزء cDNA الذي يبدأ في هذا الموضع.
في الوصف أدناه، المصطلح MSP يشير إلى زوج تسجيل أقصى، أي زوج من
شظايا متشابهة للغاية في التسلسلين ، تم الحصول عليها أثناء إجراء يشبه الانفجار بواسطة
تمديد W-mer المصابة بالمطابقات وربما بعض حالات عدم التطابق.
OPTIONS
-أ
تنسيق الإخراج
0: نقاط نهاية الإكسون فقط
1: محاذاة النص
3: كل من نقاط نهاية الإكسون ونص المحاذاة
4: كل من نقاط نهاية الإكسون ونص المحاذاة مع معلومات polyA
لاحظ أن 2 غير منفذ.
القيمة الافتراضية هي 0.
-ج
عتبة درجة MSP للنجاح الثاني.
القيمة الافتراضية هي 12.
-ج
الحد الأدنى لقيمة الدرجات. لا تُقبل المحاذاة التي تقل درجاتها عن هذه القيمة.
وذكرت.
القيمة الافتراضية هي 50.
-هـ
قيمة القطع.
القيمة الافتراضية هي 3.
-ف
تصفية النتائج كنسبة مئوية. عند اكتشاف نتائج متعددة لنفس عنصر الحمض النووي الريبوزي،
فقط أولئك الذين لديهم درجة ضمن هذه النسبة المئوية من الدرجة القصوى لهذا الحمض النووي الريبي
يتم الإبلاغ عن العناصر. يؤدي تعيين هذه القيمة إلى 0 إلى تعطيل التصفية، وستظهر جميع النتائج.
يجب الإبلاغ عنها، بشرط أن تكون نتيجتها أعلى من قيمة القطع المحددة من خلال c
الخيار.
القيمة الافتراضية هي 75.
-ج
انضم إلى الإكسونات عندما تكون الفجوة في الجينوم والحمض النووي الريبي لها أطوال تختلف على الأكثر بهذا
النسبة المئوية.
القيمة الافتراضية هي 10.
-ح
الإبلاغ عن النسخ الكيميرية عندما تكون أفضل درجة أقل من هذه النسبة المئوية
التغطية الشاملة للحمض النووي الريبي ودرجة الكيميرا أكبر من هذه النسبة المئوية
طول الحمض النووي الريبوزي (0 يعطل هذا التقرير)
القيمة الافتراضية هي 75.
-أنا
عرض النافذة التي سيتم البحث فيها عن ربط الإنترون.
القيمة الافتراضية هي 6.
-ك
عتبة درجة MSP للنجاح الأول.
القيمة الافتراضية هي 16.
-ل
قائمة منفصلة بفاصلة من أنواع الوصل الأمامي.
القيمة الافتراضية هي "GTAG،GCAG،GTAC،ATAC".
-م
تسجيل مواقع الوصل، وتقييم التطابق داخل نيوكليوتيدات M.
القيمة الافتراضية هي 10.
-و
عند طباعة النتائج، قم بإزاحة مواضع nt في تسلسل الحمض النووي بهذا المقدار.
القيمة الافتراضية هي 0.
-q
عقوبة لعدم تطابق النوكليوتيدات.
القيمة الافتراضية هي -5.
-ر
اتجاه البحث
0: ابحث عن السلسلة '+' (المباشرة) فقط
1: ابحث عن السلسلة '-' فقط
2: البحث في كلا السلسلتين
القيمة الافتراضية هي 2.
-ر
مكافأة لمطابقة النوكليوتيدات.
القيمة الافتراضية هي 1.
-س
نطاق البحث في موقع الوصلة. عند تحديد أفضل موضع للوصلة،
موقع، SIBsim4 سيتم تقييم إضافة هذا العدد على الأكثر من عمليات الإدراج والحذف
على خيط الحمض النووي على جانبي نقطة الوصل.
القيمة الافتراضية هي 2.
-س
تقسيم النتيجة كنسبة مئوية. أثناء ربط MSP، إذا كانت هناك مجموعتان متتاليتان من الإكسونات
يبدو الأمر كما لو كانا جزءًا من نسختين مختلفتين من نفس الجين، فسوف
يتم اختبارها لمعرفة ما إذا كانت درجة كل مجموعة فردية تتناسب مع أفضل نتيجة إجمالية
النتيجة أكبر من هذه القيمة. إذا كانت كلتا المجموعتين حاصلتين على درجة نسبية أعلى من هذه القيمة
سيتم تقسيمهم عند العتبة.
القيمة الافتراضية هي 75.
-و
حجم الكلمة.
القيمة الافتراضية هي 12.
-X
قيمة لإنهاء امتدادات الكلمات.
القيمة الافتراضية هي 12.
استخدم SIBsim4 عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
