هذا هو الأمر الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
ssake - تجميع ملايين متواليات الحمض النووي القصيرة جدًا
موجز
تجميع تدريجي لملايين تسلسلات الحمض النووي القصيرة عن طريق البحث k-mer من خلال بادئة
شجرة و 3 'التمديد.
OPTIONS
-f ملف Fasta يحتوي على جميع القراءات [المزدوجة (-p 1) / unpaired (-p 0)] (مطلوب)
يقترن يقرأ يجب زيوت ناو be منفصل by ""
-s يحتوي ملف Fasta على تسلسلات لاستخدامها كبذور حصريًا (حدد فقط إذا كان
مختلفة عن مجموعة القراءة ، اختيارية)
-m الحد الأدنى لعدد القواعد المتداخلة مع البذرة / contig أثناء إجماع overhang
بناء (الافتراضي - 16)
-o الحد الأدنى لعدد القراءات المطلوبة للاتصال بقاعدة أثناء التمديد (افتراضي -3)
-r الحد الأدنى للنسبة الأساسية المستخدمة لقبول قاعدة إجماع متراكمة (الافتراضي -r 0.7)
-t تقليم ما يصل إلى -t قاعدة (قواعد) في نهاية كونتيج عندما يتم استنفاد جميع الاحتمالات
للحصول على ملحق (افتراضي -t 0)>
-p استخدام قراءات نهاية مقترنة؟ (-p 1 = نعم ، -p 0 = لا ، افتراضي -p 0)
-v يعمل في الوضع المطول (-v 1 = نعم ، -v 0 = لا ، افتراضي -v 0 ، اختياري)
-b الاسم الأساسي لملفات الإخراج الخاصة بك (اختياري)
============ يتم النظر في الخيارات أدناه فقط مع -p 1 ============
-d متوسط المسافة المتوقعة / الملاحظة بين قراءات النهاية المزدوجة (الافتراضي -d 200 ، اختياري)
- خطأ e (٪) مسموح به على متوسط المسافة ، على سبيل المثال -e 0.75 == مسافة +/- 75٪ (افتراضي -e
0.75 ، اختياري)
-k الحد الأدنى لعدد الروابط (أزواج القراءة) لحساب السقالة (افتراضي -k 2 ، اختياري)
- نسبة ارتباط قصوى بين اثنين من أفضل أزواج contig * تؤدي القيم الأعلى إلى الأقل
سقالات دقيقة * (افتراضي -a 0.70 ، اختياري)
-z الحد الأدنى لحجم contig لتتبع قراءات النهاية المزدوجة (الافتراضي -z 50 ، اختياري)
-g ملف Fasta الذي يحتوي على قراءات تسلسلية غير مقترنة (اختياري)
استخدم ssake عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
