محاذاة القراءة الفرعية - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

محاذاة القراءة الفرعية - أداة محاذاة دقيقة وفعالة لرسم خرائط قراءات تسلسل الحمض النووي الجينومي
ويقرأ RNA-seq (لغرض تحليل التعبير)

الاستعمال

محاذاة القراءة الفرعية [خيارات] -i -r -o -t

الحجج المطلوبة:

-i
الاسم الأساسي للفهرس.

-r
اسم ملف الإدخال. تنسيقات الإدخال بما في ذلك gzipped fastq و fastq و fasta can
يتم الكشف عنها تلقائيًا. في حالة اقتران النهاية ، يجب أن يعطي هذا اسم الملف
بما في ذلك القراءات الأولى.

-t
نوع بيانات تسلسل الإدخال. تتضمن قيمها 0: بيانات RNA-seq 1: الجينومية
بيانات تسلسل الحمض النووي.

وسيطات اختيارية:

-o
اسم ملف الإخراج. بشكل افتراضي ، يكون الإخراج بتنسيق BAM.

-n
عدد النقاط الفرعية المحددة ، 10 افتراضيًا.

-m
حد الإجماع للإبلاغ عن نتيجة (الحد الأدنى من البيانات الفرعية التي يتم تحديدها بتنسيق
إجماع) . إذا كانت النهاية مقترنة ، فهذا يعطي حد الإجماع لقراءة الارتساء.
3 بشكل افتراضي

-M
حدد الحد الأقصى لعدد القواعد غير المتطابقة المسموح بها في المحاذاة. 3 قبل
إفتراضي. لا يتم احتساب التطابقات الخاطئة الموجودة في قواعد softclipped.

-T
عدد خيوط وحدة المعالجة المركزية المستخدمة ، 1 افتراضيًا.

-I
أقصى طول (بي بي) من indels التي يمكن اكتشافها. 5 بشكل افتراضي. البرنامج
يمكن الكشف عن indels يصل طولها إلى 200 نقطة أساس.

-B
يجب الإبلاغ عن أقصى عدد لمواقع التعيين الأفضل على قدم المساواة. 1 افتراضيًا. ملحوظة
أن -u الخيار له الأسبقية -B.

-P <3: 6>
تنسيق درجات Phred في ملفات الإدخال، "3" لـ phred+33 و"6" لـ phred+64. '3'
بشكل افتراضي.

-u تقرير القراءات المعينة بشكل فريد فقط. عدد القواعد المتطابقة (لـ RNA-seq) أو
يتم استخدام القواعد غير المتطابقة (لتسلسل الحمض النووي الجينومي) لكسر التعادل.

-b قم بتحويل قواعد قراءة مساحة اللون إلى قواعد قراءة مساحة القاعدة في إخراج التعيين. ملحوظة
أن قراءة التعيين يتم إجراؤها في مساحة اللون.

--sv اكتشاف المتغيرات الهيكلية (مثل indel الطويل، والانعكاس، والازدواجية، و
الإزاحة) والإبلاغ عن نقاط التوقف. ارجع إلى دليل المستخدم لمعرفة نقطة التوقف
إعداد التقارير.

--SAM الإدخال
قراءات الإدخال بتنسيق SAM.

--مدخل
قراءات الإدخال بتنسيق BAM.

--SAM الإخراج
حفظ نتيجة التعيين بتنسيق SAM.

- تقليم 5
تقليم قبالة عدد القواعد من 5 'نهاية كل قراءة. 0 افتراضيًا.

- تقليم 3
تقليم قبالة عدد القواعد من 3 'نهاية كل قراءة. 0 افتراضيًا.

--rg-id
إضافة معرف مجموعة القراءة إلى الإخراج.

--rg
يضيف إلى رأس مجموعة القراءة (RG) في الإخراج.

--DPGapOpen عقوبة فتح الثغرة في الكشف القصير عن indel. -1 by
افتراضي.

--DPGapExt
عقوبة لتمديد الفجوة في الكشف القصير indel. 0 افتراضيًا.

- DPMismatch عقوبة لعدم التطابق في الكشف القصير indel. 0 بواسطة
افتراضي.

- دى بى ماتش
يسجل للقواعد المتطابقة في اكتشاف indel القصير. 2 بشكل افتراضي.

- مجمع إنديلز
اكتشف العديد من indels القصيرة التي تحدث بشكل متزامن في منطقة جينومية صغيرة
(يمكن أن تكون هذه indels قريبة من 1 نقطة أساس).

-v إصدار إخراج البرنامج.

الوسيطات الاختيارية للقراءات ذات النهاية المزدوجة:

-R
اسم الملف بما في ذلك القراءات الثانية.

-p
عتبة الإجماع للقراءة غير المرساة (تلقي أصوات أقل من المرساة
قراءة من نفس الزوج). 1 افتراضيًا.

-d
الحد الأدنى لطول القطعة / الإدخال ، 50 نقطة أساس افتراضيًا.

-D
أقصى طول للجزء / الإدخال ، 600 نقطة أساس افتراضيًا.

-S
اتجاه القراءة الأولى والثانية ، "fr" افتراضيًا (للأمام / للخلف).

الرجوع إلى دليل المستخدمين للحصول على وصف مفصل للحجج.

استخدم محاذاة القراءة الفرعية عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net