هذا هو الأمر vcf-query الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
vcf-query - الاستعلام عن ملفات VCF
موجز
الاستعلام- vcf [OPTIONS] file.vcf.gz
OPTIONS
-c, - الأعمدة
قائمة بأسماء الأعمدة المفصولة بفواصل.
-f, --صيغة
الافتراضي هو '٪ CHROM:٪ POS \ t٪ REF [\ t٪ SAMPLE =٪ GT] \ n'
-l, - أعمدة القائمة
سرد الأعمدة.
-r, --منطقة chr: من إلى
استرجع المنطقة. (يدير tabix.)
-h، - ؟، --مساعدة
رسالة المساعدة هذه.
أمثلة
استعلام vcf file.vcf.gz 1: 1000-2000 -c NA001، NA002، NA003 query-vcf file.vcf.gz -r
1: 1000-2000 -f '٪ CHROM:٪ POS \ t٪ REF [\ t٪ SAMPLE:٪ * =،] \ n' query-vcf file.vcf.gz -f
'[٪ GT \ t]٪ LINE \ n' query-vcf file.vcf.gz -f '٪ CHROM \ t٪ POS \ t٪ INFO / DP \ t٪ FILTER \ n'
استخدم vcf-query عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
