هذا هو الأمر WigeoN الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
wigeon - إعادة تنفيذ الأداة المساعدة للكشف عن شذوذ الحمض النووي Pintail 16S
الوصف
يفحص WigeoN حفظ التسلسل بين استعلام ومرجع موثوق
التسلسل ، كلاهما بتنسيق NAST المحاذاة. بناءً على هوية التسلسل بين الاستعلام
والتسلسل المرجعي ، هناك قدر متوقع من الاختلاف بين المحاذاة.
إذا كان التباين الملحوظ أكبر من 95٪ كمي لتوزيع
لوحظ تباين بين التسلسلات غير الشاذة ، ثم يتم تمييزها على أنها حالة شاذة.
WigeoN عبارة عن إعادة تطبيق مرنة تعتمد على سطر الأوامر لتطبيق خوارزمية Pintail
البيئة ميكروبيول. 2005 ديسمبر ؛ 7112: 7724-36.
WigeoN مفيد في وضع علامة على الكيميرات والشذوذ فقط في الرنا الريباسي 16S كامل الطول
التسلسلات. تفتقر WigeoN إلى الحساسية مع تسلسل أقل من 1000 نقطة أساس.
لتشغيل WigeoN ، تحتاج إلى تسلسلات بتنسيق NAST تم إنشاؤها بواسطة الأداة المساعدة nast-ier.
WigeoN هو جزء من مجموعة microbiomeutil.
OPTIONS
مطلوب:
--query_NAST
ملف متعدد Fasta يحتوي على تسلسل استعلام بتنسيق المحاذاة
اختياري:
--db_NAST
ديسيبل بتنسيق NAST
--db_FASTA
ديسيبل بتنسيق Fasta (تنسيق megablast)
- عدد_أعلى_أوقات
الافتراضي 1: يستخدم فقط أفضل تطابق فردي.
--قطعة
--ديبوغ
- exec_dir
cd إلى exec_dir قبل التشغيل
استخدم WigeoN عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
