زالين - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

zalign - محاذاة محلية موازية للتسلسلات البيولوجية

موجز

زالين [-s Scores] [-S Split] [-H hblk] [-V vblk] file1 file2

الوصف

zAlign هو محاذاة تسلسل محلي ، مصمم خصيصًا للاستخدام مع الحمض النووي البيولوجي الكبير
التسلسل ، مع أكثر من 1 ميجا بايت (ملايين الأزواج الأساسية). يستخدم بالضبط Smith-Waterman
خوارزمية مع وظيفة تكلفة فجوة أفيني لأداء هذه المهمة.

أسئلة عامة الخيارات:
-h عرض هذه المساعدة والخروج

-s
تحديد قائمة من الدرجات مفصولة بفواصل لاستخدامها أثناء حساب المحاذاة
المصفوفات في جميع أنحاء البرنامج. يجب أن تكون القائمة بالتنسيق
"-sMATCH و MISMATCH و GAP_OPEN و GAP_EXTENSION" (بدون علامات اقتباس) ، ويتم تحليلها في هذا
ترتيب دقيق لا يسمح بأي مسافات بين القيم. إذا كان هناك أي غير محدد
المعلمات ، يتم تعيينها على القيم الافتراضية ويتم إصدار رسالة تحذير ؛
يتم تجاهل المعلمات التي تتجاوز

المرحلة 2 الخيارات:
-S
(mpialign فقط) عدد الأجزاء التي يتم فيها تقسيم مصفوفة المحاذاة ؛ بعد هذا
خطوة يتم تطبيق نموذج الكتلة الدورية ، وتقسيم كل جزء بالتساوي بين الجميع
العقد المتاحة

-H
(mpialign فقط) عدد التقسيمات الأفقية التي صنعتها كل عقدة لها
مصفوفة محاذاة فرعية نظرًا لأن هذه القيمة تحدد عرض الكتلة ، يجب أن يكون الاختيار الجيد
السماح لخطين مصفوفتين كاملين لملاءمة صفحات ذاكرة التخزين المؤقت للمعالج ، مما يؤدي إلى تحسين الخوارزمية
أداء

-V
(mpialign فقط) عدد التقسيمات الرأسية التي تم إجراؤها بواسطة كل عقدة لمحاذاةها
مصفوفة فرعية. تؤثر هذه القيمة بشكل مباشر على مقدار الاتصال الداخلي وهي
يُستخدم فقط إذا تم تعيين "تقسيم" على 1 ، وإلا فسيتم تعيينه على عدد المتاح
العقد

استخدم zalign عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net