هذا هو تطبيق Linux المسمى CUDAlign والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له باسم masa-cudalign-3.9.1.1024.tar.gz. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في موفر الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل هذا التطبيق المسمى CUDAlign وتشغيله عبر الإنترنت مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
CUAlign
Ad
الوصف
CUDAlign هي أداة قادرة على محاذاة تسلسلات الحمض النووي الزوجية ذات الحجم غير المقيد في وحدات معالجة الرسوميات CUDA، باستخدام خوارزمية Smith-Waterman المدمجة مع Myers-Miller. إنها تنتج المحاذاة المثالية لمليون تسلسل أساسي في 1 ثانية باستخدام GTX 45 Ti. يتم تطوير العديد من التحسينات لهذا البرنامج. انظر إلى الأوراق التالية للحصول على معلومات مفصلة:
[1] إيدانس سانديس، ألبا ميلو. استرجاع محاذاة سميث-ووترمان مع تحسينات للتسلسلات البيولوجية Megabase باستخدام GPU. معاملات IEEE على الأنظمة المتوازية والموزعة، المجلد. 99، المطبوعات الأولية، 2012
[2] إيدانس سانديس، ألبا ميلو. محاذاة سميث ووترمان للتسلسلات الضخمة مع وحدة معالجة الرسومات في الفضاء الخطي. IPDPS 2011: 1199-1211
[3] إيدانس سانديس، ألبا ميلو. CUDAlign: استخدام GPU لتسريع مقارنة التسلسلات الجينومية الضخمة. PPPP 2010: 137-146
يمكن العثور على أحدث كود المصدر في جيثب. انظر مشروع MASA في https://github.com/edanssandes/MASA-CUDAlign
الجمهور
بحث علمي
واجهة المستخدم
جافا سوينغ ، سطر الأوامر
لغة البرمجة
C + +
التصنيفات
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/cudalign/. وقد تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمة التشغيل المجانية لدينا.
