هذا هو تطبيق Linux المسمى SOAP3-DP والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له باسم Soap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في مزود الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل وتشغيل هذا التطبيق عبر الإنترنت المسمى SOAP3-DP مع OnWorks مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
SCREENSHOTS
Ad
SOAP3-DP
الوصف
أحدث كود على جيثب:
https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp ، من خلال الاستفادة من القوة الحسابية لكل من وحدة المعالجة المركزية ووحدة معالجة الرسومات باستخدام خوارزميات محسّنة ، يوفر سرعة عالية وحساسية في وقت واحد. مقارنةً بالمحاذاة المعتمدة على نطاق واسع بما في ذلك BWA ، و Bowtie2 ، و SeqAlto ، و CUSHAW2 ، و GEM ، ومحاذاة GPU BarraCUDA و CUSHAW ، تم العثور على SOAP3-dp أسرع مرتين إلى عشرات المرات ، مع الحفاظ على أعلى حساسية وأدنى معدل اكتشاف خاطئ (FDR) ) في Illumina تقرأ بأطوال مختلفة. يدعم SOAP3-dp في الأصل تنسيق ملف BAM ويوفر نفس مخطط تسجيل النقاط مثل BWA ، والذي يمكّن من دمجه في خطوط أنابيب التحليل الحالية.
الاقتباس: Luo R و Wong T و Zhu J و Liu CM و Zhu X et al. (2013) SOAP3-dp: محاذاة قراءة قصيرة سريعة ودقيقة وحساسة تعتمد على وحدة معالجة الرسومات. بلوس واحد 8 (5): e65632. دوى: 10.1371 / journal.pone.0065632
الجمهور
بحث علمي
واجهة المستخدم
وحدة التحكم / المحطة
لغة البرمجة
سي ++ ، سي
الفئات
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/soap3dp/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.