هذا هو تطبيق Linux المسمى SPANDx والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له باسم SPANDx_v3.2.tar.gz. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في موفر الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل هذا التطبيق المسمى SPANDx وتشغيله عبر الإنترنت مجانًا مع OnWorks.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
SCREENSHOTS
Ad
سباندكس
الوصف
SPANDx هي أداتك الشاملة لتحديد متغيرات SNP وindel في الجينومات الفردية باستخدام بيانات NGS.
يقوم SPANDx بإجراء محاذاة لقراءات NGS الأولية مقابل الجينوم المرجعي الذي اخترته أو الجينوم الشامل، متبوعًا باستدعاء متغير وتعليق توضيحي دقيق، وتحديد التواجد/الغياب الموضعي. تنتج SPANDx مصفوفات SNP وindel لتحليلات النشوء والتطور النهائية. يمكن أيضًا تحديد أشكال SNPs وindels المشروحة على مستوى الجينوم إذا تم تحديدها، ويتم إخراجها بتنسيق يمكن قراءته بواسطة الإنسان. يتم أيضًا إنشاء مصفوفة الحضور/الغياب للسماح لك بتحديد محتوى الجينوم الأساسي/الملحقات عبر جميع الجينومات الخاصة بك.
يمكن استيراد المخرجات الناتجة عن SPANDx إلى PLINK لتحليلات دراسة الارتباط على مستوى الجينوم الميكروبي (mGWAS).
يمكن لـ SPANDx استخدام PBS أو SGE أو SLURM لإدارة الموارد. يمكن أيضًا تشغيل SPANDx مباشرة على سطر الأوامر في حالة عدم توفر مدير الموارد.
للحصول على أحدث إصدار من SPANDx، تابعنا على GitHub: https://github.com/dsarov/SPANDx
شرح المميزات:
- 30 نوفمبر 16: يستخدم SPANDx 3.2 الآن BWA-mem لإجراء محاذاة أسرع وأكثر دقة
- 31 مايو 16: يعمل SPANDx 3.1.1 الآن على أنظمة TORQUE/PBS السابقة للإصدار 2.3.1.
- 14 فبراير 16: SPANDx 3.1 يمكن الآن تعيين العلامة -z لتشمل تعدد الأشكال الأليلي ثلاثي ورباعي في مخرجات .nex.
- 26 ديسمبر 15: يحتوي SPANDx 3.0 على الكثير من الترقيات بما في ذلك التوافق المحسّن مع أدوات samtools، وتكامل PLINK أفضل لـ GWAS، ويمكنه استدعاء ما يصل إلى 9 indels وجميع SNPs الأربعة في موضع واحد!
- 05 أغسطس 15: يعمل الإصدار 2.7 من SPANDx الآن على SGE وPBS وSLURM والأنظمة بدون مدير موارد.
الجمهور
بحث علمي
واجهة المستخدم
سطر الأوامر
لغة البرمجة
شل يونكس
التصنيفات
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/spandx/. وقد تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمة التشغيل المجانية لدينا.
