هذا هو تطبيق Linux المسمى ViralFusionSeq [VFS] للتشغيل في Linux عبر الإنترنت والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له كـ vfs-2016-08-17.r2.tar.gz. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في مزود الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل وتشغيل هذا التطبيق المسمى ViralFusionSeq [VFS] عبر الإنترنت للتشغيل في Linux عبر الإنترنت باستخدام OnWorks مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
SCREENSHOTS
Ad
ViralFusionSeq [VFS] للتشغيل في Linux عبر الإنترنت
الوصف
تم اختبار VFS بالكامل في ظل نظام Ubuntu / Debian.** الإعلان 1 **: VFS أفضل من Virus-Clip. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
اعتبارًا من عام 2016 ، تعد VFS أداة التكامل الفيروسي الوحيدة المتاحة في نظام NIH HPC.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) هي أداة متعددة الاستخدامات لتسلسل عالي الإنتاجية (HTS) لاكتشاف أحداث التكامل الفيروسي وإعادة بناء نصوص الاندماج بدقة أحادية القاعدة.
تجمع VFS بين معلومات القصاصة الناعمة وتحليل القراءة الزوجية وتجميع de novo المستهدف لاكتشاف أحداث الاندماج البشري الفيروسي والتعليق عليها.
يتم استخدام نموذج إحصائي تجريبي بسيط ولكنه فعال لتقييم جودة نقاط توقف الاندماج.
الحد الأدنى من المعلمات المحددة من قبل المستخدم مطلوبة.
يتوفر كود المصدر مع دليل المستخدم ودليل التثبيت لـ VFS في قسم "الملفات" في sourceforge.
تنويه: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
المميزات
- قابل للتطبيق وتم اختباره بالكامل باستخدام بيانات RNA-Seq و DNA-Seq
- استخدم معلومات التسلسل المقطوع (CS) والنهاية المزدوجة (RP) لاكتشاف التكامل الفيروسي
- إعادة بناء تسلسل نسخة الاندماج باستخدام معلومات CS و RP
الجمهور
بحث علمي
لغة البرمجة
بيرل
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.