abyss-pe - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

abyss-pe - assemble reads into contigs

সাইনোপিসিস

abyss-pe [অনুযায়ী OPTION]... [প্যারামিটার=VALUE না]... [MAKE_TARGET] ...

বর্ণনাঃ

ইনপুট ফাইলগুলির রিডগুলিকে কনটিগগুলিতে একত্রিত করুন। পঠিত হতে পারে FASTA, FASTQ,
qseq, রপ্তানি, SRA, SAM বা BAM বিন্যাস এবং gz, bz2 বা xz দিয়ে সংকুচিত হতে পারে এবং হতে পারে
tarred

abyss-pe একটি মেকফাইল স্ক্রিপ্ট। মেক এর যেকোন অপশন এবিস-পি এর সাথেও ব্যবহার করা যেতে পারে।

পরামিতি of abyss-pe
নাম, কাজের নাম
এই সমাবেশের নাম। ফলে স্ক্যাফোল্ডস সংরক্ষণ করা হবে
${name}-scaffolds.fa.

in ইনপুট ফাইল। একটি একক লাইব্রেরি থেকে ডেটা একত্রিত করার সময় এই ভেরিয়েবলটি ব্যবহার করুন।

liberal এর সংক্ষিপ্ত রূপ হোয়াইটস্পেস-বিচ্ছিন্ন পেয়ারড-এন্ড লাইব্রেরি নামের একটি উদ্ধৃত তালিকা। এই ভেরিয়েবল ব্যবহার করুন
একাধিক পেয়ারড-এন্ড লাইব্রেরি থেকে ডেটা একত্রিত করার সময়। প্রতিটি লাইব্রেরির নামের জন্য
lib, ব্যবহারকারীকে একই নামের সাথে কমান্ড লাইনে একটি ভেরিয়েবল সংজ্ঞায়িত করতে হবে, যা
সেই লাইব্রেরির জন্য পঠিত ফাইলগুলি নির্দেশ করে। দেখা উদাহরণ একটি কংক্রিট জন্য নীচে
ব্যবহারের উদাহরণ।

pe পেয়ারড-এন্ড লাইব্রেরিগুলির তালিকা যা শুধুমাত্র ইউনিটিগুলিকে একত্রিত করার জন্য ব্যবহার করা হবে৷
contigs এবং ঐকমত্য অনুক্রমের দিকে অবদান রাখবে না।

mp সঙ্গী-জোড়া লাইব্রেরির তালিকা যা ভারা জন্য ব্যবহার করা হবে। মেট-পেয়ার লাইব্রেরি
ঐকমত্য ক্রম দিকে অবদান না.

দীর্ঘ দীর্ঘ অনুক্রমের লাইব্রেরির তালিকা যা রিস্ক্যাফোল্ডিংয়ের জন্য ব্যবহার করা হবে। দীর্ঘ ক্রম
লাইব্রেরিগুলি ঐকমত্য ক্রম দিকে অবদান রাখে না।

se একক শেষ রিড ধারণকারী ফাইল

a একটি বুদবুদের সর্বোচ্চ সংখ্যক শাখা [2]

b একটি বুদ্বুদের সর্বোচ্চ দৈর্ঘ্য (বিপি) [10000]

c একটি ইউনিটিগের ন্যূনতম গড় কে-মের কভারেজ [বর্গ(মধ্যমা)]

d একটি দূরত্ব অনুমানের অনুমতিযোগ্য ত্রুটি (বিপি) [6]

e ন্যূনতম ক্ষয় কে-মের কভারেজ [বর্গ(মধ্যমা)]

E স্ট্র্যান্ড প্রতি ন্যূনতম ক্ষয় কে-মের কভারেজ [1]

j থ্রেড সংখ্যা [2]

k একটি কে-মেরের আকার (যখন কে সেট করা হয় না) বা একটি কে-মের জোড়ার স্প্যান (যখন কে সেট করা হয়)

K কে-মের জোড়ায় একক কে-মেরের আকার (বিপি)

l একটি রিডের ন্যূনতম প্রান্তিককরণ দৈর্ঘ্য (বিপি) [কে]

m দুই ইউনিটিগের সর্বনিম্ন ওভারল্যাপ (বিপি) [৩০]

n কন্টিগ নির্মাণের জন্য ন্যূনতম সংখ্যক জোড়া প্রয়োজন [১০]

N ভারা নির্মাণের জন্য ন্যূনতম সংখ্যক জোড়া প্রয়োজন [n]

p একটি বুদবুদের ন্যূনতম ক্রম পরিচয় [0.9]

q ছাঁটাই করার সময় সর্বনিম্ন ভিত্তি গুণমান [৩]
রিডের প্রান্ত থেকে বেস ট্রিম করুন যার গুণমান কম q।

Q ন্যূনতম ভিত্তি গুণমান [0]
পাঠের সমস্ত ভিত্তিকে মাস্ক করুন যার গুণমান Q-এর চেয়ে কম `N' হিসাবে।

s কনটিগস (বিপি) নির্মাণের জন্য ন্যূনতম ইউনিটিগ আকার প্রয়োজন [200]
বীজের দৈর্ঘ্য k এর মানের কমপক্ষে দ্বিগুণ হওয়া উচিত। আরো ক্রম হলে
প্রত্যাশিত জিনোম আকারের চেয়ে একত্রিত, s বাড়ানোর চেষ্টা করুন।

S স্ক্যাফোল্ড (বিপি) নির্মাণের জন্য ন্যূনতম কনটিগ আকার প্রয়োজন [গুলি]

SS SS=--এসএস স্ট্র্যান্ড-নির্দিষ্ট মোডে একত্রিত করা
প্রয়োজন যে সমস্ত লাইব্রেরি স্ট্র্যান্ড-নির্দিষ্ট RNA-Seq লাইব্রেরি। ধরে নেয় যে
একটি পঠিত জোড়ায় প্রথম পঠিত ট্রান্সক্রিপ্ট ক্রমানুসারে WRT হয়।

t ন্যূনতম টিপের আকার (bp) [2k]

v v=-v ভার্বোজ লগিং সক্ষম করতে

np, NSLOTS
একটি MPI সমাবেশের প্রক্রিয়ার সংখ্যা

mpirun mpirun এর পথ

সারিবদ্ধ
কন্টিগ [ম্যাপ]-এ রিডগুলি সারিবদ্ধ করার জন্য ব্যবহার করা প্রোগ্রাম।
অনুমোদিত মানগুলি হল: মানচিত্র, কালিগনার, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. দেখুন
DIDA ডিডা বিকল্পের আরও তথ্যের জন্য নীচের বিভাগে।

cs রং-স্পেস কনটিগসকে নিউক্লিওটাইড কনটিগসে রূপান্তর করুন

অপশন সমূহ of করা
-n, --শুষ্ক রান
যে কমান্ডগুলি কার্যকর করা হবে তা প্রিন্ট করুন, কিন্তু সেগুলি কার্যকর করবেন না।

করা লক্ষ্যমাত্রা উন্নত abyss-pe
ডিফল্ট
`স্ক্যাফোল্ডস স্ক্যাফোল্ডস-ডট স্ট্যাটস'-এর সমতুল্য।

ইউনিটিগ
ইউনিটিগুলি একত্রিত করুন।

unitigs-ডট
ইউনিটিগ ওভারল্যাপ গ্রাফটি আউটপুট করুন।

pe-sam ম্যাপ পেয়ারড-এন্ড ইউনিটিগকে রিড করে এবং একটি SAM ফাইল আউটপুট করে। SAM ফাইল শুধুমাত্র হবে
বিভিন্ন কনটিগে রিডস ম্যাপিং এবং রিড আইডি, সিকোয়েন্স এবং কোয়ালিটি থাকে
স্ট্রিংগুলি '*' অক্ষর দিয়ে প্রতিস্থাপিত হবে।

পে-বাম ম্যাপ পেয়ারড-এন্ড ইউনিটিগকে রিড করে এবং একটি BAM ফাইল আউটপুট করে। BAM ফাইল শুধুমাত্র হবে
বিভিন্ন কনটিগে রিডস ম্যাপিং এবং রিড আইডি, সিকোয়েন্স এবং কোয়ালিটি থাকে
স্ট্রিংগুলি '*' অক্ষর দিয়ে প্রতিস্থাপিত হবে।

pe-সূচক
abyss-map দ্বারা ব্যবহৃত ইউনিটিগগুলির একটি সূচক তৈরি করুন।

contigs
কনটিগস একত্রিত করুন।

contigs-dot
কনটিগ ওভারল্যাপ গ্রাফটি আউটপুট করুন।

এমপি-স্যাম ম্যাপ মেট-পেয়ার কনটিগদের কাছে পড়ে এবং একটি SAM ফাইল আউটপুট করে। SAM ফাইল শুধুমাত্র হবে
বিভিন্ন কনটিগে রিডস ম্যাপিং এবং রিড আইডি, সিকোয়েন্স এবং কোয়ালিটি থাকে
স্ট্রিংগুলি '*' অক্ষর দিয়ে প্রতিস্থাপিত হবে।

এমপি-ব্যাম Map mate-pair contigs কে পড়ে এবং একটি BAM ফাইল আউটপুট করে। BAM ফাইল শুধুমাত্র হবে
বিভিন্ন কনটিগে রিডস ম্যাপিং এবং রিড আইডি, সিকোয়েন্স এবং কোয়ালিটি থাকে
স্ট্রিংগুলি '*' অক্ষর দিয়ে প্রতিস্থাপিত হবে।

mp-সূচক
অ্যাবিস-ম্যাপ দ্বারা ব্যবহৃত কনটিগগুলির একটি সূচক তৈরি করুন।

ভারা
ভারা জড়ো করা।

scaffolds-বিন্দু
স্ক্যাফোল্ড ওভারল্যাপ গ্রাফটি আউটপুট করুন।

স্ক্যাফটিগস
ভারা ভাঙ্গুন এবং AGP ফাইল তৈরি করুন।

দীর্ঘ-স্ক্যাফস
RNA-Seq একত্রিত কন্টিগ ব্যবহার করে রিস্ক্যাফোল্ড।

long-scaffs-dot
RNA স্ক্যাফোল্ড ওভারল্যাপ গ্রাফ আউটপুট করুন।

পরিসংখ্যান সমাবেশ সংলগ্নতা পরিসংখ্যান প্রদর্শন.

পরিষ্কার মধ্যবর্তী ফাইল সরান.

সংস্করণ
abyss-pe এর সংস্করণ প্রদর্শন করুন।

সংস্করণ
abss-pe দ্বারা ব্যবহৃত সমস্ত প্রোগ্রামের সংস্করণ প্রদর্শন করুন।

সাহায্য একটি সহায়ক বার্তা প্রদর্শন করুন.

DIDA

ABySS একটি MPI-ভিত্তিক DIDA (ডিস্ট্রিবিউটেড ইনডেক্সিং ডিসপ্যাচড অ্যালাইনমেন্ট) ব্যবহার সমর্থন করে
একাধিক মেশিন জুড়ে কম্পিউটিং অনুক্রম প্রান্তিককরণের জন্য প্রান্তিককরণ কাঠামো। ব্যবহার করা
ABySS এর সাথে DIDA, প্রথমে DIDA থেকে ডাউনলোড করে ইন্সটল করুন
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, তারপর এর মান হিসাবে `dida` নির্দিষ্ট করুন
দ্য সারিবদ্ধ প্যারামিটারে abyss-pe.

DIDA- সম্পর্কিত abyss-pe পরামিতি
DIDA_MPIRUN
DIDA কাজ চালানোর জন্য ব্যবহৃত `mpirun` কমান্ড।

DIDA_RUN_OPTIONS
রানটাইম বিকল্প যেমন MPI র‌্যাঙ্ক প্রতি থ্রেডের সংখ্যা এবং পরিবেশের মান
ভেরিয়েবল (যেমন PATH, LD_LIBRARY_PATH)। একটি তালিকার জন্য `abyss-dida --help` চালান
উপলব্ধ বিকল্প.

DIDA_OPTIONS
DIDA বাইনারিতে সরাসরি পাস করা বিকল্পগুলি৷ উদাহরণস্বরূপ, এটি ব্যবহার করা যেতে পারে
সর্বনিম্ন প্রান্তিককরণ দৈর্ঘ্য থ্রেশহোল্ড নিয়ন্ত্রণ করতে. a এর জন্য `dida-wrapper --help` চালান
উপলব্ধ বিকল্পের তালিকা।

এমপিআই সামঞ্জস্য মূলক
মাল্টি-থ্রেডিং ব্যবহারের কারণে, DIDA OpenMPI-এর সাথে অচলাবস্থার সমস্যাগুলি জানে। ব্যবহার
DIDA-এর সাথে সমাবেশগুলি চালানোর সময় MPICH MPI লাইব্রেরি দৃঢ়ভাবে সুপারিশ করা হয়। পরীক্ষামূলক
MPICH 3.1.3 দিয়ে করা হয়েছিল, --enable-threads=funneled দিয়ে কম্পাইল করা হয়েছে।

EXAMPLE টি
DIDA-এর জন্য প্রস্তাবিত রানটাইম কনফিগারেশন হল প্রতি মেশিনে 1 MPI র‌্যাঙ্ক এবং প্রতি 1 থ্রেড
CPU কোর। উদাহরণস্বরূপ, প্রতিটি 3 কোর সহ 12 টি ক্লাস্টার নোড জুড়ে একটি সমাবেশ চালানোর জন্য, করুন:

abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -বাইন্ড-টু বোর্ড'

এই উদাহরণটি `mpirun`-এর জন্য MPICH কমান্ড লাইন বিকল্প ব্যবহার করে। এখানে, `-np 3` নির্দেশ করে
MPI র‌্যাঙ্কের সংখ্যা, `-ppn 1` প্রতি "নোড" প্রতি MPI র‌্যাঙ্কের সংখ্যা নির্দেশ করে, এবং
`-বাইন্ড-টু বোর্ড` একটি মাদারবোর্ড হতে একটি "নোড" সংজ্ঞায়িত করে (যেমন একটি সম্পূর্ণ মেশিন)।

পরিবেশ বৈচিত্র্য

কমান্ড লাইনে নির্দিষ্ট করা যেতে পারে এমন কোনো প্যারামিটারও একটিতে নির্দিষ্ট করা যেতে পারে
পরিবেশ সূচক.

পাথ ABySS এক্সিকিউটেবল ইনস্টল করা আছে এমন ডিরেক্টরি থাকা আবশ্যক। ব্যবহার করুন 'অতল-
PATH সঠিকভাবে কনফিগার করা হয়েছে কিনা তা পরীক্ষা করতে pe versions.

টিএমপিডিআইআর অস্থায়ী ফাইলের জন্য ব্যবহার করার জন্য একটি ডিরেক্টরি নির্দিষ্ট করে

নির্ধারণকারী ইন্টিগ্রেশন
ABySS ক্লাস্টার কাজের সময়সূচীর সাথে ভালভাবে সংহত করে, যেমন:
* SGE (সান গ্রিড ইঞ্জিন)
* পোর্টেবল ব্যাচ সিস্টেম (PBS)
* লোড শেয়ারিং সুবিধা (LSF)
* আইবিএম লোডলেভেলার

SGE এনভায়রনমেন্ট ভেরিয়েবল JOB_NAME, SGE_TASK_ID এবং NSLOTS ব্যবহার করা হতে পারে
পরামিতি নাম, k এবং np, যথাক্রমে, এবং একইভাবে অন্যান্য শিডিউলারের জন্য।

উদাহরণ

এক paired-end লাইব্রেরি
abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

বহু paired-end লাইব্রেরি
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

পেয়ারড-এন্ড এবং mate-pair লাইব্রেরি
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

সুদ্ধ RNA-Seq সমাহারগুলি
abyss-pe k=64 name=ecoli lib=pe1 mp=mp1 long=long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1=long1.fa

এমপিআই
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে abyss-pe অনলাইন ব্যবহার করুন