এটি bowtie2-align-s কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
bowtie2-align-s - সিকোয়েন্সিং সারিবদ্ধ করার জন্য অতি দ্রুত এবং মেমরি-দক্ষ ব্যাকএন্ড টুল
দীর্ঘ রেফারেন্স ক্রম পড়া
বর্ণনাঃ
বেন ল্যাংমেড দ্বারা বোটি 2 সংস্করণ 2.2.6 ([ইমেল সুরক্ষিত], www.cs.jhu.edu/~langmea)
, USAGE
bowtie2-সারিবদ্ধ [বিকল্প]* -x {-2 -2 | -U } [-এস ]
ইনডেক্স ফাইলের নাম উপসর্গ (মাইনাস ট্রেইলিং .X.bt2)। দ্রষ্টব্য: Bowtie 1 এবং Bowtie 2 সূচক
সামঞ্জস্যপূর্ণ নয়
#1 সঙ্গীর সাথে ফাইল, ফাইলের সাথে পেয়ার করা .
#2 সঙ্গীর সাথে ফাইল, ফাইলের সাথে পেয়ার করা .
যুক্তহীন রিড সহ ফাইল।
SAM আউটপুটের জন্য ফাইল (ডিফল্ট: stdout)
, , কমা দ্বারা পৃথক করা তালিকা হতে পারে (কোনও হোয়াইটস্পেস নেই) এবং নির্দিষ্ট করা যেতে পারে
অনেক বার. যেমন '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'।
বিকল্প (পূর্ব নির্ধারিত in বন্ধনী)
ইনপুট:
-q কোয়েরি ইনপুট ফাইলগুলি হল FASTQ .fq/.fastq (ডিফল্ট)
--qseq কোয়েরি ইনপুট ফাইলগুলি ইলুমিনার qseq বিন্যাসে রয়েছে
-f কোয়েরি ইনপুট ফাইলগুলি হল (মাল্টি-)FASTA .fa/.mfa৷
-r ক্যোয়ারী ইনপুট ফাইলগুলি কাঁচা এক-ক্রম-প্রতি-লাইন
-c , , ক্রমগুলি নিজেরাই, ফাইল নয়৷
-s/---এড়িয়ে যান
প্রথমটি এড়িয়ে যান ইনপুট পড়ে/জোড়া করে (কোনটিই নয়)
-u/--পর্যন্ত
প্রথম পরে থামুন পড়া/জোড়া (কোন সীমা নেই)
-5/-ট্রিম৫
ছাঁটা 5'/পড়ার বাম প্রান্ত থেকে বেস (0)
-3/-ট্রিম৫
ছাঁটা পাঠের 3'/ডান প্রান্ত থেকে বেস (0)
--phred33
গুণাবলী হল Phred+33 (ডিফল্ট)
--phred64
গুণাবলী হল Phred+64
--int-quals
স্থান-সীমাবদ্ধ পূর্ণসংখ্যা হিসাবে এনকোড করা গুণাবলী
প্রিসেটের:
একই রকম:
জন্য --সর্বশেষ সীমা:
--খুব দ্রুত -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50
--দ্রুত -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,0,2.50
-- সংবেদনশীল -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.15 (ডিফল্ট)
--অত্যন্ত সংবেদনশীল -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50
জন্য --স্থানীয়:
--খুব-দ্রুত-স্থানীয় -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S,1,2.00
--দ্রুত-স্থানীয় -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S,1,1.75
--সংবেদনশীল-স্থানীয় -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (ডিফল্ট)
--খুব-সংবেদনশীল-স্থানীয় -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S,1,0.50
সারিবদ্ধতা:
-N
বীজ সারিবদ্ধকরণে সর্বাধিক # অমিল; 0 বা 1 (0) হতে পারে
-L
বীজ সাবস্ট্রিং দৈর্ঘ্য; হতে হবে >3, <32 (22)
-i
বীজ সাবস্ট্রিংগুলির মধ্যে ব্যবধান w/r/t রিড লেন (S,1,1.15)
--এন-সিল
aln (L,0,0.15) এ অনুমোদিত সর্বাধিক # নন-A/C/G/Ts এর জন্য ফাংশন
--ডিপ্যাড
অন্তর্ভুক্ত ডিপি টেবিলের পাশে অতিরিক্ত রেফ অক্ষর (15)
--গবার
মধ্যে ফাঁক অনুমোদন না পঠিত চরমের nucs (4)
--গুণ উপেক্ষা করুন
ফ্রেড স্কেলে 30 হিসাবে সমস্ত মানের মান বিবেচনা করুন (বন্ধ)
--nofw পঠিত (বন্ধ) এর সামনের (মূল) সংস্করণটি সারিবদ্ধ করবেন না
--norc পঠিত (বন্ধ) এর বিপরীত-পরিপূরক সংস্করণ সারিবদ্ধ করবেন না
--no-1mm-আপফ্রন্ট
সর্বোত্তম বীজের জন্য স্ক্যান করার চেষ্টা করার আগে 1টি অমিল সারিবদ্ধকরণের অনুমতি দেবেন না
প্রান্তিককরণ
--সর্বশেষ সীমা
সম্পূর্ণ পঠন সারিবদ্ধ করা আবশ্যক; কোন ক্লিপিং নেই (চালু)
OR
--স্থানীয়
স্থানীয় প্রান্তিককরণ; প্রান্ত নরম ক্লিপ করা হতে পারে (বন্ধ)
স্কোরিং:
--মা
ম্যাচ বোনাস (0 এর জন্য --সর্বশেষ সীমা, 2 জন্য --স্থানীয়)
--এমপি
অমিলের জন্য সর্বোচ্চ শাস্তি; নিম্ন গুণ = নিম্ন শাস্তি (6)
--এনপি
রিড/রেফ এ নন-A/C/G/Ts এর জন্য জরিমানা (1)
--rdg ,
পড়ুন ফাঁক খোলা, প্রসারিত শাস্তি (5,3)
--আরএফজি ,
রেফারেন্স ফাঁক খোলা, জরিমানা প্রসারিত (5,3)
--স্কোর-মিনিট ন্যূনতম গ্রহণযোগ্য প্রান্তিককরণ স্কোর w/r/t পড়ার দৈর্ঘ্য
(স্থানীয় জন্য G,20,8, শেষ থেকে শেষের জন্য L,-0.6, -0.6)
প্রতিবেদন:
(ডিফল্ট)
একাধিক প্রান্তিককরণের জন্য দেখুন, সেরা রিপোর্ট করুন, MAPQ সহ
OR
-k
পর্যন্ত রিপোর্ট করুন পড়া প্রতি alns; MAPQ অর্থপূর্ণ নয়
OR
-a/---সমস্ত
সমস্ত প্রান্তিককরণ রিপোর্ট করুন; খুব ধীর, MAPQ অর্থপূর্ণ নয়
প্রচেষ্টা:
-D
পরে প্রসারিত ছেড়ে দিন ব্যর্থ একটি সারিতে প্রসারিত (15)
-R
পুনরাবৃত্ত বীজের সাথে পড়ার জন্য, চেষ্টা করুন বীজের সেট (2)
পেয়ারড-এন্ড:
-I/---মিনিনস
ন্যূনতম খণ্ড দৈর্ঘ্য (0)
-X/---ম্যাক্সিনস
সর্বোচ্চ খণ্ড দৈর্ঘ্য (500)
--fr/--আরএফ/--এফএফ -1, -2 সঙ্গী সারিবদ্ধ fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)
--না-মিশ্র
জোড়া পড়ার জন্য জোড়াবিহীন প্রান্তিককরণ দমন করুন
--কোনো-বিরোধপূর্ণ
জোড়া পড়ার জন্য বিরোধপূর্ণ প্রান্তিককরণ দমন করুন
--নো-ডোভেটেল
সঙ্গী যখন একে অপরকে অতিক্রম করে তখন সঙ্গতিপূর্ণ হয় না
--নো-ধারণ
এক সঙ্গী প্রান্তিককরণ অন্য ধারণ করলে সঙ্গতিপূর্ণ নয়
--নো-ওভারল্যাপ
সঙ্গী যখন একেবারেই ওভারল্যাপ করে তখন সঙ্গতিপূর্ণ নয়
আউটপুট:
-t/-সময়
প্রিন্ট ওয়াল-ক্লক সময় অনুসন্ধান পর্যায়ক্রমে নেওয়া
-- শান্ত
গুরুতর ত্রুটি ছাড়া stderr এ কিছুই প্রিন্ট করবেন না
--মেট-ফাইল
এ ফাইলে মেট্রিক্স পাঠান (বন্ধ)
--met-stderr
stderr এ মেট্রিক পাঠান (বন্ধ)
--মিলিত
অভ্যন্তরীণ কাউন্টার এবং মেট্রিক্স প্রতি রিপোর্ট করুন সেকেন্ড (1)
--না-উনাল
আনলাইনড রিডের জন্য SAM রেকর্ড দমন করুন
--না-মাথা
হেডার লাইনগুলি দমন করুন, অর্থাৎ @ দিয়ে শুরু হওয়া লাইনগুলি
--no-sq
@SQ হেডার লাইন দমন করুন
--আরজি-আইডি
রিড গ্রুপ আইডি সেট করুন, @RG লাইন এবং RG:Z: অপট ফিল্ডে প্রতিফলিত হয়
--আর জি
যোগ করুন ("ল্যাব:মান") থেকে SAM হেডারের @RG লাইন। দ্রষ্টব্য: @RG লাইন শুধুমাত্র মুদ্রিত
কখন --আরজি-আইডি সেট করা হয়
--omit-sec-seq
সেকেন্ডারি সারিবদ্ধকরণের জন্য SEQ এবং QUAL ক্ষেত্রে '*' রাখুন।
কর্মক্ষমতা:
-p/---থ্রেড লঞ্চ করার জন্য সারিবদ্ধ থ্রেডের সংখ্যা (1)
--পুনঃক্রম
ইনপুট রিডের ক্রম মেলে SAM আউটপুট অর্ডার বল করুন
- মিম সূচকের জন্য মেমরি-ম্যাপ করা I/O ব্যবহার করুন; অনেক 'বোটি' শেয়ার করতে পারেন
অন্য:
--qc-ফিল্টার
QSEQ ফিল্টার অনুযায়ী খারাপ পড়া ফিল্টার আউট করুন
--বীজ
এলোমেলো নম্বর জেনারেটরের জন্য বীজ (0)
--অ-নির্ধারক বীজ রান্ড সাধারণ পঠিত বৈশিষ্ট্য ব্যবহার করার পরিবর্তে ইচ্ছামত
--সংস্করণ
প্রিন্ট সংস্করণ তথ্য এবং প্রস্থান
-h/--- সাহায্য
এই ব্যবহার বার্তা প্রিন্ট করুন
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে bowtie2-align-s অনলাইন ব্যবহার করুন
