bp_genbank2gffp - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

bp_genbank2gff.pl - GENBANK ফাইল থেকে একটি Bio::DB::GFF ডাটাবেস লোড করুন।

সাইনোপিসিস

% bp_genbank2gff.pl -d genbank -f localfile.gb
% bp_genbank2gff.pl -d genbank --accession AP003256
% bp_genbank2gff.pl --accession AP003256 --stdout

বর্ণনাঃ

এই স্ক্রিপ্টটি একটি বায়ো::ডিবি::জিএফএফ ডাটাবেস লোড করে যা স্থানীয়
genbank ফাইল বা একটি অ্যাক্সেস যা genbank থেকে আনা হয়। বিভিন্ন কমান্ড-লাইন বিকল্প
কোন ডাটাবেস লোড করতে হবে এবং একটি বিদ্যমান ডাটাবেসকে অনুমতি দিতে হবে কিনা তা নিয়ন্ত্রণ করতে আপনাকে অনুমতি দেয়
ওভাররাইট করা

ডাটাবেস ইতিমধ্যে তৈরি করা আবশ্যক এবং বর্তমান ব্যবহারকারী উপযুক্ত হতে হবে
ঢোকান এবং বিশেষাধিকার আপডেট করুন। --create বিকল্পটি এর সাথে একটি নতুন ডাটাবেস শুরু করবে
উপযুক্ত স্কিমা, যে কোনো টেবিল মুছে যা আগে থেকেই ছিল।

কম্যান্ড-লাইন বিকল্প

কমান্ড-লাইন বিকল্পগুলিকে একক-অক্ষর বিকল্পগুলিতে সংক্ষেপিত করা যেতে পারে। যেমন -d এর পরিবর্তে
--তথ্যশালা.

-- ফোর্স তৈরি করুন এবং ডাটাবেস শুরু করুন
--ডিএসএন ডেটা উৎস (ডিফল্ট dbi:mysql:test)
-- ব্যবহারকারী MySQL প্রমাণীকরণের জন্য ব্যবহারকারীর নাম
--পাস MySQL প্রমাণীকরণের জন্য পাসওয়ার্ড
--প্রক্সি দূরবর্তী অ্যাক্সেসের জন্য ব্যবহার করার জন্য প্রক্সি সার্ভার
--stdout STDOUT-এ সরাসরি আউটপুট
-- অ্যাডাপ্টর ব্যবহার করার জন্য অ্যাডাপ্টার (যেমন dbi::mysql, dbi::pg, dbi::oracle) --ভাইরাল আপনি যে জিনোমটি লোড করছেন সেটি ভাইরাল (ট্যাগ পরিবর্তন করে
পছন্দ)
--সূত্র বৈশিষ্ট্যগুলির জন্য উত্স ক্ষেত্র ['জেনব্যাঙ্ক']
হয় --ফাইল আর্গুমেন্ট যা অনুসরণ করে তা হল Genbank/EMBL ফাইলের নাম
OR --gb_folder যা অনুসরণ করে তা প্রক্রিয়া করার জন্য জিবি ফাইলে পূর্ণ একটি ফোল্ডার বা --অ্যাক্সেশন আর্গুমেন্ট যা অনুসরণ করে তা হল জেনব্যাঙ্ক অ্যাকসেশান নম্বর
(জি না!)
অথবা --acc_file অ্যাকসেসন নম্বর (gi না!) একটি ফাইলে (প্রতি লাইনে একটি, কোনো punc নয়)
অথবা --acc_pipe একটি STDIN পাইপ (একটি) থেকে অ্যাক্সেস নম্বর (gi না!)
প্রতি লাইন)

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে bp_genbank2gffp ব্যবহার করুন