এটি হল bp_seqfeature_loadp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
bp_seqfeature_load.pl - একটি SeqFeature ডাটাবেসে GFF লোড করুন
বর্ণনাঃ
লোড করতে যেকোন সংখ্যক GFF বা ফাস্টা ফরম্যাট ফাইল (বা এমবেডেড ফাস্তা সহ GFF) পাস করুন
একটি SeqFeature ডাটাবেসে বৈশিষ্ট্য এবং ক্রম। ডাটাবেস (এবং অ্যাডাপ্টর) ব্যবহার করা হয়
কমান্ড লাইনে নির্দিষ্ট করা হয়েছে। একটি নতুন SeqFeature ডাটাবেস তৈরি করতে --create পতাকা ব্যবহার করুন।
সাইনোপিসিস
bp_seqfeature_load.pl [বিকল্প] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]
আরও তথ্যের জন্য 'bp_seqfeature_load.pl --help' বা '--man' ব্যবহার করে দেখুন।
বিকল্প
-d, --dsn
DBI ডেটা উৎস (ডিফল্ট dbi:mysql:test)
-n, --নামস্থান
ব্যবহার করার জন্য টেবিল উপসর্গ (ডিফল্ট undef) বেশ কয়েকটি স্বাধীন ক্রম বৈশিষ্ট্যকে অনুমতি দেয়
ডাটাবেস একটি একক ডাটাবেসে সংরক্ষণ করতে হবে
-s, --seq বৈশিষ্ট্য
যে ধরনের SeqFeature তৈরি করতে হবে... RTSC (ডিফল্ট Bio::DB::SeqFeature)
-এ, --অ্যাডাপ্টর
স্টোরেজ অ্যাডাপ্টার (শ্রেণী) ব্যবহার করার জন্য (ডিফল্ট DBI::mysql)
-v, --ভার্বোস
ভার্বোস প্রগ্রেস রিপোর্টিং চালু করুন (ডিফল্ট সত্য) এটি বন্ধ করতে --noverbose ব্যবহার করুন।
-f, --দ্রুত
দ্রুত লোডিং সক্রিয় করুন। (ডিফল্ট 0) শুধুমাত্র কিছু অ্যাডাপ্টারের জন্য উপলব্ধ।
-টি, --অস্থায়ী-ডিরেক্টরি
দ্রুত লোড করার জন্য অস্থায়ী ডিরেক্টরি নির্দিষ্ট করুন (ডিফল্ট ফাইল::বিশেষ->tmpdir())
-i, -- উপেক্ষা-সিকরিজিয়ন
যদি সত্য হয়, তাহলে GFF3 ফাইলে ## অনুক্রম-অঞ্চল নির্দেশাবলী উপেক্ষা করুন (ডিফল্ট, একটি তৈরি করুন
প্রতিটি অঞ্চলের জন্য বৈশিষ্ট্য)
-c, -- তৈরি করুন
ডাটাবেস তৈরি করুন এবং এটি পুনরায় চালু করুন (ডিফল্ট মিথ্যা) নোট, এটি পূর্ববর্তী মুছে ফেলবে
ডাটাবেস বিষয়বস্তু, যদি থাকে।
-u, --ব্যবহারকারী
ব্যবহারকারী হিসাবে ডাটাবেসের সাথে সংযোগ করতে
-p, --পাসওয়ার্ড
ডাটাবেসের সাথে সংযোগ করতে ব্যবহার করার জন্য পাসওয়ার্ড
-z, --zip
স্থান বাঁচাতে ডাটাবেস টেবিল সংকুচিত করুন (ডিফল্ট মিথ্যা)
-এস, --উপ বৈশিষ্ট্য
সাবফিচারের ইন্ডেক্সিং চালু করুন (ডিফল্ট সত্য) এটি বন্ধ করতে --nosubfeatures ব্যবহার করুন।
--সারসংক্ষেপ
কভারেজ গ্রাফের জন্য সারাংশ পরিসংখ্যান তৈরি করুন (ডিফল্ট মিথ্যা) এটি একটিতে চালানো যেতে পারে
পূর্বে লোড করা ডাটাবেস বা লোডের সময়। --create হলে এটি সত্যে ডিফল্ট হবে
ব্যবহার করা হয়েছে।
-N, --nosummary
কিছু স্থান এবং লোড সময় বাঁচাতে সারাংশ পরিসংখ্যান তৈরি করবেন না (ডিফল্ট যদি
--create নির্দিষ্ট করা নেই, সারাংশ পরিসংখ্যান স্পষ্টভাবে বন্ধ করতে এই বিকল্পটি ব্যবহার করুন
যখন --create নির্দিষ্ট করা হয়)
--noalias-টার্গেট
একটি উপনাম অ্যাট্রিবিউট তৈরি করবেন না যার মান টার্গেট অ্যাট্রিবিউটে টার্গেট_আইডি (যদি
বৈশিষ্ট্যটিতে একটি টার্গেট অ্যাট্রিবিউট রয়েছে, ডিফল্ট হল একটি উপনাম অ্যাট্রিবিউট তৈরি করা
যার মান টার্গেট অ্যাট্রিবিউটে টার্গেট_আইডি)
দয়া করে দেখুন http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml GFF3 সম্পর্কে তথ্যের জন্য
বিন্যাস BioPerl একটি ##index-subfeatures নির্দেশিকা যোগ করে বিন্যাসটিকে কিছুটা প্রসারিত করে। সেট
যদি আপনি ডাটাবেস একটি বৈশিষ্ট্য পুনরুদ্ধার করতে সক্ষম হতে চান তাহলে এটি একটি সত্য মান
স্বতন্ত্র অংশগুলি (যেমন একটি প্রতিলিপির এক্সন) শীর্ষ স্তরের স্বাধীনভাবে
বৈশিষ্ট্য:
##সূচী-উপ বৈশিষ্ট্য 1
এটি দ্বারা কেস-বাই-কেস ভিত্তিতে সাব-ফিচারগুলির সূচী নিয়ন্ত্রণ করাও সম্ভব
বৈশিষ্ট্যের বৈশিষ্ট্য তালিকায় "index=1" বা "index=0" যোগ করা হচ্ছে। এই শুধুমাত্র ব্যবহার করা উচিত
সাব-ফিচারের জন্য।
সাবফিচার ইনডেক্সিং ডিফল্টরূপে সত্য। ডাটাবেসের প্রচুর স্থান সংরক্ষণ করতে মিথ্যা (0) এ সেট করুন
এবং গতি কর্মক্ষমতা। আপনি এটি জোর করতে --nosubfeatures ব্যবহার করতে পারেন।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে bp_seqfeature_loadp ব্যবহার করুন
