ক্লোনালফ্রেম - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

ক্লোনালফ্রেম - মাল্টিলোকাস সিকোয়েন্স ডেটা ব্যবহার করে ব্যাকটেরিয়া মাইক্রোবিবর্তনের অনুমান

সাইনোপিসিস

ক্লোনালফ্রেম [বিকল্প] ইনপুটফাইল আউটপুট ফাইল

বর্ণনাঃ

ClonalFrame একটি নমুনার সদস্যদের মধ্যে ক্লোনাল সম্পর্ক সনাক্ত করে, যখন
এছাড়াও সমজাতীয় পুনর্মিলন ইভেন্টগুলির ক্রোমোসোমাল অবস্থান অনুমান করে যা আছে
ক্লোনাল উত্তরাধিকার ব্যাহত।

বিকল্প:

-x NUM বার্ন-ইন করার পরে পুনরাবৃত্তির সংখ্যা সেট করে (ডিফল্ট 50000)

-y NUM বার্ন-ইন পুনরাবৃত্তির সংখ্যা সেট করে (ডিফল্ট 50000)

-z NUM নমুনার মধ্যে পুনরাবৃত্তির সংখ্যা সেট করে (ডিফল্ট হল 100)

-e NUM প্রতি পুনরাবৃত্তির শাখা-অদলবদল চালের সংখ্যা সেট করে (ডিফল্ট তাই অর্ধেক
সময় ব্যয় করা হয় শাখা-অদলবদল)

-m NUM থিটার প্রাথমিক মান NUM এ সেট করে (ডিফল্ট ওয়াটারসন অনুমান)

-d NUM ডেল্টার প্রাথমিক মান NUM এ সেট করে (ডিফল্ট হল 0.001)

-n NUM nu এর প্রাথমিক মান NUM এ সেট করে (ডিফল্ট হল 0.01)

-r NUM R এর প্রাথমিক মান NUM এ সেট করে (ডিফল্ট হল প্রাথমিক থিটা/10)

-M থিটা মান আপডেট না

-D ডেল্টার মান আপডেট করবেন না

-N nu এর মান আপডেট করবেন না

-R R এর মান আপডেট করবেন না

-T টপোলজি আপডেট করবেন না

-A নোডের বয়স আপডেট করবেন না

-G সমস্ত ফাঁক সরান

-H অ-পলিমরফিক অবস্থানে সমস্ত ফাঁক সরান

-t NUM কোন প্রাথমিক ট্রি ব্যবহার করতে হবে তা নির্দেশ করে: শূন্য গাছের জন্য 0, অভিন্নভাবে নির্বাচিত একটির জন্য 1
সমন্বিত গাছ এবং 2টি UPGMA গাছের জন্য (ডিফল্ট)

-w ফাইল
প্রাথমিক গাছের জন্য Newick ফাইল ব্যবহার করুন

-a NUM বিটা nu এর পূর্বে বিতরণের প্রথম প্যারামিটার সেট করে

-b NUM বিটা nu এর পূর্বে বিতরণের দ্বিতীয় প্যারামিটার সেট করে

-U rho, থিটা এবং ডেল্টার জন্য ইউনিফর্ম পূর্বের ব্যবহার করুন

-B BURST মোডে চালান

-C সাইট-বাই-সাইট বুটস্ট্র্যাপ পদ্ধতির সাথে UPGMA মোডে চালান

-c একটি টুকরো টুকরো বুটস্ট্র্যাপ পদ্ধতির সাথে UPGMA মোডে চালান

-S NUM এলোমেলো সংখ্যা জেনারেটরের জন্য বীজকে NUM এ সেট করে

-E NUM সূচকীয় বৃদ্ধির হার সেট করে (ডিফল্ট হল 0)

-I প্রান্তিককরণের প্রথম ব্লক উপেক্ষা করে

-L ClonalFrame চালানোর আগে সারিবদ্ধকরণ পরিষ্কার করুন

-l দুটি রেফারেন্স সাইটের মধ্যে ন্যূনতম দূরত্ব (ডিফল্ট 50)

-v ভার্বোজ মোড

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে ClonalFrame ব্যবহার করুন